Di awal bulan puasa ramadhan tahun 2010, Agung Danarto diduga melakukan plagiarisme. Artikel yang diplagiasi oleh Agung ialah tulisan berjudul ''Puasa Ramadhan dan Makna Penting Kejujuran'' yang dimuat Majalah [[Suara Muhammadiyah]] No. 17 Tahun ke-92//1-15 September 2007 M pada Halaman 30-31.<ref>[http://nasional.inilah.com/read/detail/761921/sekretaris-umum-pp-muhammadiyah-lakukan-plagiarisme/#.Uzghwj9_uSo Sekretaris Umum PP Muhammadiyah Lakukan Plagiarisme], nasional.inilah.com, diakses 30 Maret 2014</ref>. Namun, Agung mengakui bahwa ia lalai,<ref>[http://www.yiela.com/view/1305331/jiplak-koleganya-agung-danarto-mengaku-lalai Jiplak Koleganya, Agung Danarto Mengaku Lalai], yiela.com, diakses 30 Maret 2014</ref> Akhirnya, permasalahan ini berakhir dengan jalan damai dan pernyataan damainya telah dimuat di Koran [[Kedaulatan Rakyat]].<ref>[http://www.politikindonesia.com/index.php?k=politik&i=9057 Kasus Plagiarisme Agung Danarto, Berakhir Damai], politikindonesia.com, diakses 30 Maret 2014</ref>
