DNA komplemen: Perbedaan antara revisi

Konten dihapus Konten ditambahkan
BP60Fita (bicara | kontrib)
Tidak ada ringkasan suntingan
Tag: BP2014
BP60Fita (bicara | kontrib)
Tidak ada ringkasan suntingan
Tag: BP2014
Baris 7:
Dalam mensintesis cDNA total, diperlukan mRNA total sebagai cetakan<ref name="Allison"/>. mRNA [[eukariot]] umumnya memiliki ujung 3’ yang telah mengalami [[poliadenilasi]] sehingga membentuk poly(A) tail, sedangkan tipe RNA lain seperti [[rRNA]] dan [[tRNA]] tidak memiliki bagian tersebut<ref name="Allison"/>. Poli A pada ujung 3’ mRNA penting dalam proses purifikasi mRNA dari ekstrak total RNA tipe sel spesifik dan umumnya purifikasi dilakukan dengan menggunakan kolom kromatografi afinitas<ref name="Allison"/>.
 
Setelah didapatkan mRNA murni, terdapat beberapa tahap dalam mensintesis cDNA total, tahap pertama adalah sintesis pita/ untaian pertama cDNA<ref name="Allison"/>. Dalam tahapan ini diperlukan [[enzim]] reverse transcriptase yang akan mengkatalisis sintesis pita tunggal [[DNA]] dari templatecetakan [[mRNA]] dengan bantuan [[primer]] oligo (dT) yang akan menempel pada poli A ujung 3’ dari mRNA<ref name="Allison"/>. Kemudian, mRNA didegradasi dengan menggunakan ribonuklease atau larutan basa<ref name="Allison"/>. Tahapan keduaselanjutnya adalah sintesis pita/ untaian kedua cDNA ini menggunakan metode self-priming yaitu menggunakan primer yang berasal dari dirinya sendiri<ref name="Allison"/>. Terdapat 2 enzim yang berperan, yaitu enzim [[DNA polimerase I]] (Klenow fragment) dan S1 [[nuklease]]<ref name="Allison"/>. Enzim DNA polymerase I merupakan enzim yang memiliki aktivitas 5’ – 3’ polymerase dan 3’ – 5’ [[eksonuklease]], enzim ini akan mensintesis seconduntaian strandkedua dari ujung 3’ menggunakan tikungan terminasi (hairpin) yang terbentuk secara alami dari firstuntaian strandpertama sebagai primer, kemudian hairpin tersebut akan dipotong menggunakan S1 nuklease, sehingga menghasilkan cDNA beruntai ganda (<ref name="Allison 2007)"/>.
 
Sintesis cDNA total ini menguntungkan karena dapat membantu penelitian dalam mengkarakterisasi struktur gen atau ekspresinya, cDNA bersifat lebih stabil dibandingkan dengan RNA yang merupakan molekul untai tunggal yang labil dan mudah terdegradasi, selain itu cDNA lebih tahan dalam jangka waktu panjang/ bersifat permanen. cDNA juga merupakan molekul yang cocok untuk digabungkan atau disisipkan ke dalam berbagai vector kloning seperti plasmid, kosmid, dan bakteriofage, dan dapat digunakan untuk screening berbagai pustaka DNA genomic yang kompleks. Selain itu, populasi mRNA yang telah dibentuk menjadi cDNA dan diklon akan menghasilkan pustaka cDNA yang hanya mempresentasikan informasi pengkode/ sekuens yang terekspresi (ekson) saja, sehingga jauh lebih efektif dalam proses klon (Farrell 2010).