Wikipedia

DNA komplemen: Perbedaan antara revisi

Jelajahi riwayat secara interaktif
← Revisi sebelumnyaRevisi selanjutnya →
Konten dihapus Konten ditambahkan
VisualTeks wiki
BP60Fita (bicara | kontrib)
490 suntingan
Tidak ada ringkasan suntingan
Tag: BP2014
BP60Fita (bicara | kontrib)
490 suntingan
Tidak ada ringkasan suntingan
Tag: BP2014
Baris 1:
{{inuseBP |BP60Fita| 26 April 2014| 9 April 2014}}
[[File:Visualisasi cDNA.jpg|thumb|Visualisasi hasil sintesis cDNA untai pertama]]
'''DNA komplemen''', atau jauh lebih dikenal dengan singkatannya '''cDNA''' (dari ''complementary DNA''), merupakan DNA berkasuntai tunggal (''single-stranded'') sintetik/buatan yang disalin dari berkasuntai [[RNAmRNA]] menggunakan teknik [[PCR]] dandengan memanfaatkan [[enzim]] ''[[reverse transcriptase]]''<ref name="Xu">{{en}} Xu Yunbi. 2010. Molecular Plant Breeding. Oxford (UK): CABI. </ref>. Penggunaan cDNA ini sangat luas, terutama dalam analisis [[ekspresi genetik]] dan [[transkriptomika]]<ref name="Xu"/>. RNAmRNA berkas tunggal atau transkriptom bersifat tidak stabil karena mudah dicerna dan dilebur dalam [[sel (biologi)|sel]]. Pengubahan RNAmRNA berkas tunggal menjadi cDNA membuatnya lebih mudah dianalisis karena DNA lebih stabil (tidak mudah dilebur)<ref name="Xu"/>.
 
==Sintesis==
Sintesis cDNA ini dilakukan dengan mengunakan [[enzim]] [[reverse transcriptase]] dan [[primer]] [[oligo dT]] yang akan menempel pada daerah [[ekor poli A]] yang merupakan ciri khas dari mRNA. sehinggaHal semuaini [[mRNA]]dilakukan akansupaya ditranskripmRNA menjadiyang cDNA untai pertama sehingga selanjutnyadigunakan dapat dilakukandi [[PCRamplifikasi]] untuksaat dilakukan pengecekan dengan menggunakan PCR.<ref name="Allison">{{en}} Allison LA. 2007. Fundamental Molecular Biology. Blackwell: Oxford. </ref>. Dalam melakukan sintesis cDNA diperlukan beberapa tahapan, yaitu [[isolasi]] mRNA yang akan digunakan, [[visualisasi]] dengan menggunakan [[elektroforesis]], sintesis cDNA untai pertama dan [[amplifikasi]] cDNA yang didapatkan<ref name="Allison"/>.
 
Dalam mensintesis cDNA total, diperlukan*isolasi mRNA total sebagai cetakan<ref name="Allison"/>.: mRNA [[eukariot]]yang umumnya memiliki ujung 3’ yangdigunakan telahmerupakan mengalamihasil [[poliadenilasiisolasi]] sehinggadari membentukeukariot. poly(A)mRNA tail,digunakan sedangkankarena tipelebih RNAspesifik lain sepertiterhadap [[rRNA]]ekspresi dan [[tRNAgen]] tidakyang memiliki bagian tersebutdihasilkan<ref name="Allison"/>. PolimRNA Adigunakan karena pada ujungmRNA 3’terdapat mRNAekor pentingpolyA dalamkarena adanya proses purifikasi[[poliadenilasi]] mRNAyang daritidak ekstrakdimiliki totaloleh RNA tipelainnya, selseperti spesifik[[rRNA]] dan umumnya purifikasi dilakukan dengan menggunakan kolom kromatografi[[tRNA]] afinitas<ref name="Allison"/>.
*visualisasi : menggunakan gel [[agarosa]] untuk mengetahui hasil isolasi <ref name="Allison"/>.
*sintesis cDNA untai pertama : pada tahapan ini diperlukan [[enzim]] reverse transcriptase yang akan mengkatalisis sintesis pita tunggal [[DNA]] dari cetakan [[mRNA]] dengan bantuan [[primer]] oligo dT yang akan menempel pada poli A ujung 3’ dari mRNA<ref name="Allison"/>. Kemudian, mRNA didegradasi dengan menggunakan [[ribonuklease]] atau larutan basa<ref name="Allison"/>.
 
Terdapat 2 enzim yang berperan dalam proses sintesis cDNA, yaitu enzim [[DNA polimerase I]] (Klenow fragment) dan S1 [[nuklease]]<ref name="Allison"/>.
Setelah didapatkan mRNA murni, terdapat beberapa tahap dalam mensintesis cDNA total, tahap pertama adalah sintesis pita/ untaian pertama cDNA<ref name="Allison"/>. Dalam tahapan ini diperlukan [[enzim]] reverse transcriptase yang akan mengkatalisis sintesis pita tunggal [[DNA]] dari cetakan [[mRNA]] dengan bantuan [[primer]] oligo dT yang akan menempel pada poli A ujung 3’ dari mRNA<ref name="Allison"/>. Kemudian, mRNA didegradasi dengan menggunakan ribonuklease atau larutan basa<ref name="Allison"/>. Tahapan selanjutnya adalah sintesis pita/ untaian kedua cDNA ini menggunakan primer yang berasal dari dirinya sendiri<ref name="Allison"/>. Terdapat 2 enzim yang berperan, yaitu enzim [[DNA polimerase I]] (Klenow fragment) dan S1 [[nuklease]]<ref name="Allison"/>. Enzim DNA polymerase I merupakan enzim yang memiliki aktivitas 5’ – 3’ polymerase dan 3’ – 5’ [[eksonuklease]], enzim ini akan mensintesis untaian kedua dari ujung 3’ menggunakan tikungan terminasi (hairpin) yang terbentuk secara alami dari untaian pertama sebagai primer, kemudian hairpin tersebut akan dipotong menggunakan S1 nuklease, sehingga menghasilkan cDNA beruntai ganda <ref name="Allison"/>.
 
Sintesis cDNA total ini menguntungkan karena dapat membantu penelitian dalam mengkarakterisasi struktur gen atau ekspresinya, cDNA bersifat lebih stabil dibandingkan dengan RNA yang merupakan molekul untai tunggal yang labil dan mudah terdegradasi, selain itu cDNA lebih tahan dalam jangka waktu panjang/ bersifat permanen<ref name="Farrell">{{en}} Farrell RE. 2010. RNA Methodologies: Laboratory Guide for Isolation and Characterization. London: Elsevier. </ref>. cDNA juga merupakan molekul yang cocok untuk digabungkan atau disisipkan ke dalam berbagai vektor [[kloning]] seperti [[plasmid]], [[kosmid]], dan [[bakteriofage]], dan dapat digunakan untuk screening berbagai pustaka DNA genomik yang kompleks<ref name="Farrell"/>. Selain itu, populasi mRNA yang telah dibentuk menjadi cDNA dan diklon akan menghasilkan pustaka cDNA yang hanya mempresentasikan informasi pengkode/ [[sekuen]] yang terekspresi ([[ekson]]) saja, sehingga jauh lebih efektif dalam proses klon<ref name="Farrell"/>.
Diperoleh dari "https://wiki-indonesia.club/wiki/DNA_komplemen"