Hamakers menerima cuti 2 tahun ke Belanda pada tanggal [[12 aprilApril]] [[1862]], dan tiba di sana pada tanggal [[4 Oktober]] dengan menaiki ''Landbouw''. Oleh [[Koninklijk Besluit]] no. 68 tanggal 7 Maret 1863 ia diangkat sebagai ksatria kelas IV Militaire Willems-Orde atas tindakannya di Kalimantan pada tahun 1861: ''untuk penghargaan yang menjadikannya istimewa selama pertempuran di Daerah Tenggara Kalimantan antara tahun 1860-1861.''<ref>Nieuw Amsterdams Handels- en Effectenblad (11-03-1863)</ref> Pada tanggal [[16 Desember]] [[1864]], ia menumpangi ''Noordbrabant'' dari [[Brouwershaven]] ke [[Batavia]] (kini [[Daerah Khusus Ibukota Jakarta|Jakarta]]), yang di bawah komandonya membawa 1 detasemen pasukan pelengkap (100 prajurit, termasuk 8 bintara). Ia tiba di [[Hindia-Belanda]] pada tanggal [[5 Mei]] [[1865]], dan pada tanggal [[10 Juli]] ditempatkan di Batalyon V dan pada tanggal [[7 September]] dipindahkan ke Batalyon II.
Atas permintaannya sendiri, Hamakers diberhentikan secara terhormat dari dinas militer dengan memegang hak pensiun pada tanggal [[1 Desember]] [[1868]]. Ia kembali ke Belanda pada tanggal [[10 Oktober]] [[1872]] menumpangi ''Prins Hendrik''. Pada tanggal [[30 Maret]] [[1876]], ia diangkat sebagai [[Walikota Venhuizen]]. Pada tahun [[1877]], ia menjadi anggota komisi pengembangan masalah ekspedisi Kutub Utara di [[Enkhuizen]] dan sekitarnya serta menjadi Walikota Hem. Hamakers meninggal secara mendadak 5 tahun kemudian.
