Pengurutan DNA: Perbedaan antara revisi

Konten dihapus Konten ditambahkan
EmausBot (bicara | kontrib)
k Bot: Migrasi 26 pranala interwiki, karena telah disediakan oleh Wikidata pada item d:Q380546
Kenrick95Bot (bicara | kontrib)
k Bot: Penggantian teks otomatis (- milyar + miliar)
Baris 152:
Metode sekuensing DNA yang kini ada hanya dapat merunut sepotong pendek DNA sekaligus. Contohnya, mesin sekuensing modern yang menggunakan metode Sanger hanya dapat mencakup paling banyak sekitar 1000 pasang basa setiap sekuensing [http://www.appliedbiosystems.com/catalog/myab/StoreCatalog/products/CategoryDetails.jsp?hierarchyID=102&category1st=a50&category2nd=a51&category3rd=111907]. Keterbatasan ini disebabkan oleh [[probabilitas]] terminasi rantai yang menurun secara geometris seiring dengan bertambahnya panjang rantai, selain keterbatasan fisik ukuran dan resolusi gel.
 
Sekuens DNA dengan ukuran jauh lebih besar kerap kali dibutuhkan. Sebagai contoh, [[genom]] [[bakteri]] sederhana dapat mengandung jutaan pasang basa, sedangkan [[genom manusia]] terdiri atas lebih dari 3 milyarmiliar pasang basa. Berbagai strategi telah dikembangkan untuk sekuensing DNA skala besar, termasuk strategi ''[[:en:primer walking|primer walking]]'' dan ''[[:en:shotgun sequencing|shotgun sequencing]]''. Kedua strategi tersebut melibatkan ''pembacaan'' banyak bagian DNA dengan metode Sanger dan selanjutnya menyusun hasil pembacaan tersebut menjadi sekuens yang runut. Masing-masing strategi memiliki kelemahan sendiri dalam hal kecepatan dan ketepatan; sebagai contoh, metode ''shotgun sequencing'' merupakan metode yang paling praktis untuk sekuensing genom ukuran besar, namun proses penyusunannya rumit dan rentan kesalahan.
 
Data sekuens bermutu tinggi lebih mudah didapatkan bila DNA bersangkutan dimurnikan dari pencemar yang mungkin terdapat pada sampel dan diamplifikasi. Hal ini dapat dilakukan dengan metode [[reaksi berantai polimerase]] bila ''primer'' yang dibutuhkan untuk mencakup seluruh daerah yang diinginkan cukup praktis dibuat. Cara lainnya adalah dengan kloning DNA sampel menggunakan vektor bakteri, yaitu memanfaatkan bakteri untuk "menumbuhkan" salinan DNA yang diinginkan sebanyak beberapa ribu pasang basa sekaligus. Biasanya proyek-proyek sekuensing DNA skala besar memiliki persediaan ''pustaka'' hasil kloning semacam itu.