Gerakan LDII merupakan lembaga yang berusaha membangun peradaban islam[[Islam]] berdasarkan tuntunan Al-quran dan Al-hadits tetapi menuai banyak kontroversi dan dianggap sesat oleh beberapa aliran islamIslam lainnya <ref> Bahaya Islam Jamaah / LDII / LEMKARI [http://www.mail-archive.com/assunnah@yahoogroups.com/msg06182.html] </ref>, terutama dengan tuduhan mereka terhadap adanya doktrin-doktrin LDII yang diduga tidak sesuai dengan ajaran islamIslam seperti penghalalan harta kelompok lain di luar kelompok mereka untuk diambil, konsep manqul[[manquul]] pada pembelajarannya, pembayaran denda harta untuk menebus dosa, dan lain-lain. Pihak LDII sendiri membantah keras hal tersebut dan menuduhnya sebagai propaganda untuk menjatuhkan LDII. Hal tersebut dapat dilihat pada terbitnya buku "Islam Jama'ah : Di Balik Pengadilan Media Massa" <ref name=ijbook >Islam Jama'ah Di Balik Pengadilan Media Massa [http://www.nuansa-online.com/ludhy/index.html] </ref>
