Portnoy lahir 20 April 1967 dan dibesarkanbesar di [[Long Island]] di Long Beach, [[New York]], [[Amerika Serikat]].<ref name="Official-bio">{{cite web|url=http://www.mikeportnoy.com/credits.aspx|title=The Mike Portnoy Official Website/biography|last=Portnoy|first=Mike |year=2009|work=Portnoy Official Website|accessdate=2009-10-13}}</ref> Ayahnya bekerja sebagai [[disc jockey|DJ]] di [[stasiun radio]] lokal, yang membantu Portnoy memperoleh pengetahuan tentang [[musik]] pada usia dini khususnya, seperti yang telah Portnoy tunjukkan, ia memiliki akses [[piringan hitam]] koleksi ayahnya. Ia mengembangkan preferensi dari band dalam bermusik termasuk [[Rush (band)|Rush]], [[Queen (band)|Queen]], [[Led Zeppelin]], [[The Who]], [[Iron Maiden]], [[The Beatles]], dan lainnya. Portnoy mengaku dirinya belajar drum secara otodidak, meskipun ia mengambil kelas musik di SMA. Selama periode itu ia mulai bermain di band-band lokal, dua di antaranya (Rising Power dan Inner Sanctum) telah merekam dan merilis album independen. Dia meninggalkan Inner Sanctum (band terakhir di sekolahnya) setelah itu ia masuk di ''Berklee College of Music'' di Boston. Di sana, ia bertemu [[John Petrucci]] dan [[John Myung]]. Mereka membentuk sebuah band, awalnya mengambil nama "Majesty" sebelum mengubah nama menjadi [[Dream Theater]]. Dia memiliki beberapa kelompok dan proyek progressive rock, termasuk [[Transatlantic (band)|Transatlantic]] and [[Liquid Tension Experiment]].
