Pengembangan Situs Sangiran secara keseluruhan belumbukan tanpa kontroversi. Penggalian yang tidak terkontrol dan perdagangan ilegal fosil ilegal telah terjadi di berbagai kesempatan sejak situs ini pertama kali ditemukan. UntukDalam jangkabeberapa waktu yang cukupperiode, penduduk desa warga di daerah yang sering digalimenggali dan dijualmenjual kepada pembeli lokal fosil lokal. Setelah diberlakukannya UU nasionalNasional Nomor 5 Tahun 1992 tentang benda cagar budaya, ada kontrol yang kuat pada kegiatan ini.<ref>Ganug Nugroho Adi, '[http://www.thejakartapost.com/news/2013/06/11/the-paradox-sangiran.html The paradox of Sangiran'], ''The Jakarta Post'', 11 June 2013.</ref> Namun, kegiatan ilegal kadang-kadang terus terjadi dalam beberapa tahun terakhir.<ref>Lusiana Indriasani, '[http://oase.kompas.com/read/2011/12/19/10534667/Kemiskinan.dan.Penjualan.Benda..Purbakala.Sangiran Kemiskinan dan Penjualan Benda Purbakala Sangiran'] (''Poverty and the sale of ancient artifacts at Sangiran''), ''Kompas'', 19 December 2011. There are similar problems at other archaeological sites in Indonesia where regulatory controls are weak, such as at [[Padang Lawas archaeological site]] in North Sumatra.</ref> Pada tahun 2010, misalnya, warga negara Amerika yang mengaku sebagai seorang ilmuwan ditangkap di dekat Sangiran saat bepergian di sebuahdengan truk yang berisi 43 jenis fosil dalam kotak dan karung dengan nilai pasar sekitar $ 2 juta.<ref>Nurfika Osman, '[http://www.thejakartaglobe.com/home/american-held-over-rare-fossils-theft/403070 American Held Over Rare Fossils Theft'], ''The Jakarta Globe'', 24 October 2010.</ref>
Baru-baru ini, ada diskusi di media Indonesia tentang cara pengembangan situs Sangiran yang telah gagal untuk membawa manfaat yang nyata yang signifikan terhadap masyarakat pedesaan di daerah setempat.<ref>Sri Rejeksi, 'Sangiran, Bumi manusia Jawa yang tandus' [''Sangiran, Java's barren homelands''], ''Kompas'', 16 March 2013. Also Sri Rejeksi, 'Tanah Air: Wajah Kontradiktif Sangiran' [Homeland: The Contradictory Face of Sangiran], ''Kompas'', 16 March 2013.</ref>