|
====Studi Kasus dengan Bioinformatika====
Pada laman ini akan ditunjukkan cara analisis tipe HPV berdasarkan primer HPV di NCBI GenBank dan identifikasi kekerabatan HPV dengan pohon filogeni
Seorang dokter mengambil sampel acak dari 10 pasien perempuan yang teridentifikasi HPV. Namun hanya 15 dari 100 genotipe HPV, yang berpotensi menyebabkan penyakit HPV. Dari ke-15 genotype, terdapat 4 tipe HPV yang mematikan, yaitu tipe 16, 51, 52, dan 58. Identifikasilah kekerabatan HPV yang berbahaya dan tidak, jika diketahui desain primernya adalah sebagai berikut.
# GCG TGT TTT GCA GGA ATG CAC TGA C -11
# TGT TGG ACA TCA CAC CTA CCG TGG A -45
# CGC ACA AAA CGT GCA TCG GCT ACC -16
# AAC AGT CCA TTA GGG GAG CGG CTG GA -18
# GGT GTT GGT GCT GGT GCT TTT GCT A -52
# GCT AAA GGT CCT GTT TCG AGG CGG CTA -6
# CCG ACG GAG TGT CCC TGG ACC ATC TTA -39
# CAA CTA GCA ACG GCG ATG GAC TG -51
# GCG GGC GGC TCC TAC CTC TTC CTC TTC -66
# ACC ACC GAG GCC ACC AAC AAC GAA AGT -58
* Untuk mengetahui primer mana yang dimiliki oleh 4 HPV berbahaya maka perlu dilakukan sekuens analisis di NCBI. Langkahnya adalah sebagai berikut.
# Pertama, akses NCBI BLAST dari laman [[blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi]]
# Karena data yang dimiliki berupa sekuen nukleotida, maka pilih ''Nucleotide BLAST''
# Lalu masukan primer dari HPV tersebut, dan klik BLAST pada bagian paling bawah dari tampilan ini
# Setelah BLAST berhasil dilakukan, maka akan terbaca primer tersebut milik HPV tipe apa di table bagian ''description''
* Untuk analisis pohon filogeni
# Pertama yang harus dilakukan setelah masuk ke dalam perangkat lunak UGENE
# Pilih file-new document from text, lalu akan muncul tampilan
# Kemudian masukan satu sekuen ke dalam kotak tersebut lalu klik “create”
# Karena data yang digunakan berjumlah 10, maka lakukan sebanyak 10x
# Pilih semua data, lalu klik export-export sequence as allignment
* Kemudian akan muncul tampilan seperti ini
# Untuk menentukan kekerabatan maka digunakan pohon filogeni,
* Tekan''icon'' bergambar pohon filogeni pada ''icon bar''
* Setelah itu akan muncul tampilan baru, pada pilihan distance matrix model- pilih jukes cantor. ''Number of replicates'' diisi 200
* Tekan “display tree in new window” agar pohon terlihat jelas
* Tekan ''build''
* Edit bagian pohon filogenetik tersebut. Pada pilihan tree view, pilih “phylogram”
* Agar dapat dilihat kronologi terjadi mutasi.
* Dapat disimpulkan bahwa virus ini mengalami beberapa kali mutasi, sehingga menghasilkan varian yang unik dengan kemampuan mematikan walaupun berada dalam satu ''cluster'' dengan varian yang tidak mematikan.
==Referensi==
{{reflist}}
| 