Berdasarkan penelitian, gunung api ini merupakan gunung berapi aktif sekitar 60 juta tahun yang lalu lalu.<ref name=nationalgeo></ref> Lapisan [[kapur]] pada Gunung Nglanggeran berasal dari lapisanGunung api dasar laut yang terangkat dan kemudian menjadi [[daratan]] jutaan tahun lalu.<ref name=intisari></ref> Gunung ini memiliki bebatuan besar yang menjulang tinggi sehingga biasanya digunakan sebagai jalur pendakian dan tempat untuk [[pertapaan]] warga.<ref name=nationalgeo></ref> Puncak gunung tersebut adalah [[Gunung Gedhe]] di ketinggian sekitar 700 meter dari permukaan laut, dengan luas kawasan pegunungan mencapai 48 [[hektar]].<ref name="travelkompas"></ref>
