Bandara ini diprakarsai dan dibangun di era pemerintahan [[Samsul Hadi Siswoyo]] sebagai bupatiBupati Jember. Pembangunan dimulai pada tahun 2003 yang telah dianggarkan sejak tahun 2001 dengan menggunakan dana APBD sebesar Rp30Rp.30 Miliar. Bandara Notohadinegoro diresmikan pada tahun 2005 dengan panjang landasanpaculandas pacu kala itu masih 1.200 meter.
Pada tahun 2008, Bupati Jember [[MZA Djalal]] mengupayakan Bandara Notohadinegoro dapat dilayani penerbangan yang menghubungkannya dengan BandaraBandar Udara Juanda Surabaya di Sidoarjo, sehingga dipergunakanlah pesawat udara jenis turbo LET 410 milik maskapai Tri MG International yang melayani penerbangan Jember - Surabaya pp. sebanyak 3 (tiga) kali sehari dengan sistem sewa/carter). Namun penerbangan sewa/carter tersebut hanya mampu bertahan selama 3 bulan dikarenakan okupansi yang minim sebagai akibat promosi yang kurang dan daya beli masyarakat yang minim saat itu. Bahkan pengoprasianpengoperasian penerbangan sewa/carter tersebut sempat dibawa ke ranah hukum karena telah mengakibatkan kerugian negara yang menyeret 3 orang pejabat Pemkab setempat masuk penjara.
