Mohammad Hatta lahir dari pasangan Muhammad Djamil al athar dan Siti Saleha. Ayahnya merupakan seorang keturunan ulama tarekat di [[Batuhampar, Akabiluru, Lima Puluh Kota|Batuhampar]], dekat [[Payakumbuh]], [[Sumatera Barat]]. buyut Muhammad Hatta adalah seorang perantau dari aceh dan telah menetap sangat lama di sumatera barat melakoni perdagangan sembari mengajar ilmu sosial politik{{sfn|Noer|2012|p=3}} Sedangkan ibunya berasal dari keluarga pedagang di [[Bukittinggi]]. Ia lahir dengan nama Muhammad Athar pada tanggal [[12 Agustus]] [[1902]]. Namanya, Athar berasal dari [[bahasa Arab]], yang berarti "harum".{{sfn|Imran|1991|p=2}} Ia merupakan anak kedua, setelah Rafiah yang lahir pada tahun 1900. Sejak kecil, ia telah dididik dan dibesarkan dalam lingkungan keluarga yang taat melaksanakan ajaran agama Islam. Kakeknya dari pihak ayah, Abdurahman Batuhampar dikenal sebagai ulama pendiri Surau Batuhampar, sedikit dari surau yang bertahan pasca-[[Perang Padri]].{{Sfn|Imran|1991|p=1}} Sementara itu, ibunya berasal dari keturunan pedagang. Beberapa orang mamaknya adalah pengusaha besar di [[Jakarta]].
Ayahnya meninggal pada saat ia masih berumur tujuh bulan.{{Sfn|Imran|1991|p=2}} Setelah kematian ayahnya, ibunya menikah dengan Agus Haji Ning, seorang pedagang dari [[Palembang]],{{sfn|Noer|2012|p=4}} Haji Ning sering berhubungan dagang dengan Ilyas Bagindo Marah, kakeknya dari pihak ibu. Dari perkawinan Siti Saleha dengan Haji Ning, mereka dikaruniai empat orang anak, yang kesemuanya adalah perempuan.{{sfn|Imran|1991|p=2}}
