Pakuniran terletak di ketinggian 1200100 m dpl wilayahnya berbatasan dengan [[Kecamatan Paiton]] di utara, [[Kecamatan Besuk]] di sebelah barat, [[Kecamatan Gading]] di sebelah Selatan, serta [[Kecamatan Besuki|Kabupaten Situbondo]], dan [[Kecamatan Kotaanyar]] di sisi Timur. Berada di koordinat 7°47'60" S 113°30'0" E.