Sejumlah 3462 pesawat Fokker F-28 dalam 3 versi pernah dimilikiditerbangkan [[Garuda Indonesia]] sejak September 1971 hingga 5 April 2001. Garuda Indonesia adalah satu-satunya perusahaan penerbangan di dunia yang pernah paling banyak mengoperasikan Fokker F-28.
Pada tahun 1968, Direktur Garuda Indonesia Airways, [[Wiweko SuponoSoepono ]] berkeinginan pesawat Garuda Indonesia dapat menyinggahi semua kota-kota di Indonesia dalam satu hari penerbangan. Wiweko menjual pesawat [[DC-8]] dan menggantinya dengan 12 pesawat Fokker F-27 yang bermesin turboprop dengan pertimbangan kemudahan transisi pilot Garuda menuju Fokker F-28.
Pembelian Fokker F-28 untuk Garuda Indonesia dimulai tahun 1969-1970. Sejumlah 8 calon pilot, 2 calon co-pilot, dan seorang juru mesin dikirim ke [[Amsterdam]] untuk menjalani pelatihan. Pesawat Fokker F-28 pertama untuk Garuda Indonesia (PK-GJZ) diterbangkan dari Bandar Udara Schipol, Amsterdam melaluimenyinggahi [[Teheran]], [[Karachi]], [[Kalkuta]], [[Bangkok]], dan sampai di [[Bandar Udara Kemayoran]], Jakarta pada [[11 Agustus]] [[1971]] pukul 10 pagi. Sebelum dioperasikan, pesawat Fokker F-28 pertama Garuda Indonesia dibawa berkeliling Indonesia untuk uji coba landasan selama 5 hari. Pesawat tersebut ternyata mampu mendarat di semua bandar udara di kota-kota besar di Indonesia, hingga bandara berumput dan berkerikil.
Pada awal 1980-an, sejumlah 17 Fokker F-28 MK-3000 dihibahkan kepada Merpati Nusantara, sedangkan pesawat sisanya dihapus dari armada Garuda Indonesia pada [[5 April]] [[2001]] untuk digunakan oleh [[Citilink]].
