Daftar episode Prison Break

Berikut adalah daftar episode Prison Break dari tahun 2005 sampai 2009.

Tahun pertama (2005-2006)

#	Tanggal	Judul	Cerita
1.01	29/08/05	The Pilot	Michael Scofiled, seorang insinyur dari Chicago ditangkap tanpa perlawanan karena merampok bank. Ia dipenjara di Fox River. Di sana dia bertemu dengan kakaknya, Lincoln Burrows yang tengah menanti hukuman mati karena dituduh membunuh Terrence Stedman, adik wakil presiden. Michael mengatakan pada Lincoln bahwa ia akan membebaskan mereka berdua.
1.02	29/08/05	Allen	Kesulitan menghadang ketika terjadi kerusuhan di dalam penjara. Veronica menerima rekaman video yang menunjukkan Lincoln menembak Terrence Steadman.
1.03	05/09/05	Cell Test	Michael memperoleh dukungan Abruzzi dan membuktikan bahwa Sucre dapat dipercaya, tetapi kemudian Michael kehilangan satu bagian penting dari rencananya.
1.04	12/09/05	Cute Poison	Michael mendapat lebih banyak lagi peralatan dan orang-orang yang dia butuhkan, tetapi ada seseorang yang memperhatikan dan mulai bertanya-tanya apa tujuannya.
1.05	19/09/05	English, Fitz or Percy	Michael mendapat informasi penting terkait dengan pelariannya, tetapi dapatkah ia mempertahankan kepercayaan Kepala Penjara?
1.06	26/09/05	Riots, Drills and the Devil: Part 1	Ide Michael guna mendapat lebih banyak waktu untuk membuat lubang di selnya yaitu dengan memprovokasi terjadinya pengurungan narapidana, ternyata mendatangkan akibat yang sangat buruk.
1.07	03/10/05	Riots, Drills and the Devil: Part 2	Michael menyelamatkan Dr. Tancredi dari kerusuhan, tetapi Lincoln dan Veronica juga menemui kesulitan.
1.08	24/10/05	The Old Head	Veronica dan LJ harus bersembunyi. Michael secara tidak sengaja mengungkapkan motivasi Westmoreland untuk membantu pelarian..
1.09	31/10/05	Tweener	Dengan adanya Abruzzi bersusah payah mengembalikan kekuasan di penjara, nomor Fibonacci mulai disebut-sebut.
1.10	07/11/05	Sleight of Hand	Michael menyerahkan alamat pada Falzone, supaya pekerjaan dalam lorong dapat dilanjutkan. Sementara itu, para VP membutuhkan bantuan dari seseorang yang berbahaya.
1.11	14/11/05	And Then There Were 7	Michael dikunjungi isterinya, sementara Veronica dan Nick mendapat kunjungan dari Quinn.
1.12	21/11/05	Odd Man Out	C-Note mendengar pembicaraan Michael dan Lincoln yang mendiskusikan bahwa terlalu banyak orang yang terlibat dalam pelarian, dan mereka terpaksa harus meninggalkan satu orang. T-Bag merasa kedudukannya terancam dan menelepon sepupunya James Bagwell, menceritakan soal rencana pelarian dan meminta James menelepon Pope jika T-Bag tidak menghubunginya. Abruzzi menyuruh anak buahnya di luar penjara untuk menculik James, tetapi keadaan memburuk dan para gangster itu justru membunuh James dan putranya yang berusia lima tahun, Jimmy. Abruzzi merasa bersalah atas kematian anak tersebut dan memohon ampunan Tuhan. Sementara itu Veronica dan LJ membawa Nick ke rumah sakit dan selama Nick dioperasi, LJ pergi untuk menghadiri pemakaman ibunya. Daniel Hale melihat LJ di pemakaman tetapi tidak menangkapnya; kemudian dia menelepon Veronica dan membuat janji untuk bertemu di Highland Cafe. Maricruz mengatakan pada Sucre bahwa dia hamil, namun akan menikah dengan Hector. Kapten Bellick menekan David agar mendekati Michael dan mencari tahu semua rencananya. Michael memberi tahu kelompoknya bahwa mereka siap untuk lari malam itu, tetapi Lincoln masuk sel isolasi karena melindungi adiknya..
1.13	28/11/05	End of the Tunnel	Pelarian nyaris berjalan mulus sampai mereka membentur semacam penghalang dari besi. Di tempat lain, Veronica nyaris berhasil mendapatkan informasi untuk membuktikan bahwa Lincoln tidak bersalah.
1.14	20/03/06	The Rat	Pipa di penjara diganti dan waktu eksekusi semakin dekat, Michael harus memikirkan ulang rencana pelariannya sekaligus membebaskan kakaknya. Seorang rekan di Fox River mungkin menjadi kunci untuk menunda hukuman mati Lincoln.
1.15	27/03/06	By the Skin and the Teeth	Rencana pelarian Michael gagal. Ketika Lincoln diikat di kursi listrik, ia melihat wajah yang tidak asing. Apakah ia akan menjadi juru selamat, atau hidupnya harus berakhir?
1.16	03/04/06	Brother's Keeper	Kilas balik, menceritakan bagaimana tim Michael masuk ke Fox River. Bagaimana Company menjebak Lincoln dan cerita tentang bagaimana rencana Michael untuk menyelamatkan kakaknya.
1.17	10/04/06	J-Cat	Akibat punggungnya terbakar, tato Michael yang menunjukkan jalan keluar melalui ruang periksa pun menghilang. Ada narapidana lain yang mengendus rencana pelarian, Michael Scofield mau tidak mau harus mencari cara lain untuk keluar dari Fox River.
1.18	17/04/06	Bluff	Dengan rencana baru, Michael mencari rekan baru sebagai kunci berhasilnya pelarian. Tim Michael mendengar bahwa para penjaga melelang sel Michael. Lincoln dan Sucre membuat skenario supaya Michael kembali ke selnya. Veronica memberi tahu Lincoln bahwa L.J akan didakwa sebagai pembunuh ibunya, dan Lincoln ingin bertemu dengan LJ.
1.19	24/04/06	The Key	Setelah tabrakan, Kellerman berusaha membunuh Lincoln, tetapi seseorang menghalanginya. Sucre meninggalkan sel isolasi dan Michael mengatakan padanya bahwa petanya sudah lengkap, tapi dia butuh kunci ke klinik. Abruzzi kembali ke Fox River, tampaknya berubah menjadi orang yang religius. Pope menyuruh Bellick menemukan Lincoln sebelum menghubungi pihak berwajib. Nick berusaha meyakinkan Veronica bahwa mereka sudah tidak ada waktu untuk memeriksa ponsel Quinn. Namun Veronica tetap memeriksanya dan menemukan banyak telepon berasal dari Montana. Michael mencium Sara dan memintanya untuk menunggu. Tweener mengkonfrontasi Avocado. Lincoln sadar dan mengetahui bahwa orang misterius itu adalah ayahnya, Aldo Burrows, yang tadinya bekerja untuk Company, dan sesungguhnya Lincoln adalah korban dari sebuah skenario besar untuk menjegalnya. Aldo membocorkan soal EcoField dan Company menggunakan Lincoln supaya Aldo muncul. Michael meminta tolong pada Nika. Caroline Reynolds mengatakan pada kakaknya bahwa Terrence hidup hanya karena campur tangannya, dan Terrence tidak mengerti mengapa mereka belum membunuh Caroline. Abruzzi menemui T-Bag dan memintanya untuk melupakan segalanya. Nika menemui Sara dan bercerita soal dirinya dan bagaimana Michael membantunya. Tetapi Nika sebenarnya mencuri kunci Sara. Seseorang melaporkan telah melihat Mustang di sebuah tempat pembuangan mobil di mana Aldo dan Lincoln bersembunyi, tapi Kellerman menyadap pembicaraan itu dan pergi ke tempat yang dimaksud. Namun demikian, polisi datang dan Bellick menangkap Lincoln, menyelamatkannya dari Kellerman. Sara mencari kuncinya dan menduga bahwa Nika yang mencuri kuncinya. Sara segera meminta kunci ruangan itu diganti. Nick ternyata bekerja untuk Abruzzi. David mengkhianati Michael dan menceritakan rencana pelarian pada Bellick. Lincoln kembali ke Fox River dan dalam pengawasan ketat 24 jam..
1.20	01/05/06	Tonight	Westmoreland menggunakan Bellick untuk menutup lubang dalam rencana pelarian, yang memaksa Michael memajukan jadwal. Tweener yang ketakutan menyatakan kesetiaanya pada Michael dan sebagai imbalannya dia bisa keluar penjara; Michael merasa bahwa ia tidak punya pilihan dan harus melibatkan Sara dalam rencana. Nyawa Veronica terancam ketika sekutunya ternyata memiliki hubungan dengan salah satu narapidana di Fox River.
1.21	08/05/06	Go	Michael mengancam Pope untuk membiarkan nya kabur bersama Lincoln, dan menginginkan Lincoln berada di Klinik. Michael, Sucre, T-bag, Abruzzi, Westmoreland, Manche, Tweener, C-note setelah setelah sampai di Pipa bertemu dengan Bellick yang berteriak minta tolong. Michael mengetahui kalo Tweener yang meberi tahu rencana pelariannya kepada Bellick. Sampai di klinik Michael bertemu dengan Haywire. Setelah berhasil melewati kabel listrik semua hampir bisa melarikan diri kecuali Manche, dan Westmoreland.
1.22	15/05/06	Flight	Setelah pelarian terjadi, hidup seakan berakhir bagi Pope dan Bellick dan mereka bertekad akan melakukan apapun untuk menangkap para buronan..

Tahun kedua (2006-2007)

#	Tanggal	Judul	Cerita
2.01	21/08/06	Manhunt	Pagi setelah lari dari Fox River, para buronan nyaris tertangkap oleh Bellick sebelum mereka berhasil melompat ke kereta barang. Agen Khusus FBI Alex Mahone ditugaskan menangani pelarian ini dan membuat pers rilis, mendorong masyarakat untuk waspada akan keberadaan "Fox River 8." Michael, Lincoln, Abruzzi, C-Note, dan Sucre bertemu dengan seorang pemburu dan anaknya. Ia menodongkan senjata sampai Abruzzi mendekap anaknya dan memaksa si pemburu untuk menyerahkan SUV-nya dan membiarkan mereka pergi. Mereka kemudian berkendara menuju tempat dimana Michael menyimpan barang-barang pasca pelarian. Agen Mahone melacak kartu kredit Michael yang ternyata digunakan untuk menyewa sebuah gudang di Oswego. Namun Mahone segera sadar bahwa tato Michael menunjukkan tempat yang sebenarnya. Tato Michael yang bertuliskan "Ripe Chance Woods" adalah petunjuk yang mengarah pada pemakaman dimana Michael mengubur barang-barangnya di bawah nisan bertuliskan "E. Chance Woods." Hanya selangkah di belakang mereka, Agen Mahone tiba di makam tepat setelah Michael dan kawan-kawan mengumpulkan barang-barang yang mereka butuhkan. T-Bag menemukan klinik dokter hewan dan memaksa di dokter untuk menyambung kembali tangannya. Dr. Sara Tancredi pulih dari overdosis-nya dan menemukan origami dari Michael dengan pesan, "Ada cara untuk memperbaiki ini", dan sebuah kode. Kode itu adalah serangkaian angka-angka, 3221243324 pada baris pertama, 4221312231 di baris kedua, dan 23133121 di baris ketiga. Veronica menemukan Terrance Steadman di Montana, dan sadar bahwa pintunya tidak bisa dibuka dari dalam. Veronica menelepon 911, dan kemudian menelepon Lincoln dan menceritakan semua yang sudah dia ketahui. Namun orang Company datang dan membunuh Veronica. Lincoln mendengar bagaimana mereka menembak Veronica dan sangat terpukul. Mahone mempelajari tato Michael dan sadar bahwa tato itu adalah kunci untuk menemukan para buronan..
2.02	28/08/06	Otis	Mahone memutuskan untuk menggunakan L.J untuk memancing Michael dan Lincoln, dengan cara membuat perjanjian dengan L.J dan mengakali L.J untuk mengungkapkan lokasi mereka. Michael dan Lincoln memutuskan hanya ada satu cara, menyelamatkan L.J di penjara wilayah. Namun masalahnya, Mahone sendiri yang mengawal L.J dan tidak pernah membiarkan L.J lepas dari pengawasannya.
2.03	04/09/06	Scan	Karena semua rumah sakit dan klinik diawasi, Michael membawa Lincoln ke rumah Nika untuk mengobati kakinya yang terluka. Michael kembali ke tempat dimana dia memarkir Accord-nya dan mendapati bahwa mobil itu telah diderek. Sementara itu agen Mahone menemukan tas punggung Michael yang berisi paspor. Michael pergi ke Brewster Towing untuk mendapatkan kembali mobilnya yang diderek. Sucre mengetahui bahwa Maricruz akan menikahi Hector beberapa hari lagi dan dia pergi ke New York dengan mobil curian. Sara ditangkap dan dikunjungi ayahnya. Gubernur Tancredi membayar uang jaminannya dan meminta Sara untuk menceritakan versi palsu tentang kejadian di Fox River karena sang Gubernur akan menjadi Wakil Presiden. Sara mendatangi tempat rehabilitasi dimana Kellerman berpura-pura menjadi pecandu. C-Note membuat janji untuk bertemu dengan isterinya, tetapi pembicaraan itu berhasil disadap Mahone. Bellick dan Geary bertemu secara kebetulan dan mereka bersatu untuk mendapatkan hadiah senilai US$ 400.000,00 untuk menangkap Michael dan Lincoln. Mereka pergi ke Fox River dan Bellick menginterogasi Manche Sanchez, yang mengetahui rencana pelarian para buronan. Michael dan Lincoln membuat kecelakaan mobil palsu untuk melarikan diri dari Mahone, tapi mereka tidak sadar bahwa Bellick dan Geary telah mengendus jejak mereka.
2.04	11/09/06	First Down	Michael, Linc, dan Nika ditangkap oleh Bellick dan Geary, yang berniat mengambil uang Westmoreland di Utah. Tweener meneruskan perjalanannya dengan Debra Jean. Abruzzi bertemu kembali dengan isteri dan anaknya dan berencana segera pergi ke luar negeri bersama mereka, namun memutuskan untuk membereskan Fibonacci terlebih dahulu. T-Bag bertemu dengan polisi di pom bensin Nebraska, tapi ia mengaku dirinya adalah veteran mariner yang kehilangan tangannya di Irak. Mahone menanti konfirmasi kematian Michael dan Linc dalam kecelakaan mobil, dan sementara itu mendapat petunjuk tentang buronan yang lain. Kellerman (yang menyamar sebagai mantan pecandu bernama Lance) berteman dengan Sara.
2.05	18/09/06	Map 1213	Michael dan Linc sampai di Tooele, tapi peta yang mereka butuhkan untuk menemukan lokasi double-K ranch hilang. Mereka bertemu T-Bag dan Tweener, yang juga berada di Tooele karena uang Westmoreland. Sementara itu, C-Note juga naik kereta menuju Tooele. Sucre sampai di Las Vegas dan berniat menghalangi pernikahan Maricruz dan Hector. Sara mengundang Kellerman ke apartemennya, karena percaya bahwa dia tidak berbahaya. Di kantor FBI di Chicago, Mahone berhasil mendapatkan file yang diambil dari hard drive Michael, dan semakin memahami jalan pikiran Michael.
2.06	25/09/06	Subdivision	Mahone sampai di Salt Lake City, berusaha mencari persisnya tempat yang dituju para buronan. Michael dan Linc membuat rencana dengan T-Bag dan Tweener yang memungkinkan mereka menggali di tempat yang benar. C-Note dan Sucre bertemu di jalanan menuju Tooele. Kellerman, di Washington, D.C., memberi instruksi pada Kim. Gubernur Tancredi menelpon Sara untuk memperingatkannya.
2.07	02/10/06	Buried	Rencana Michael terhambat ketika putri pemilik rumah, yang ternyata seorang polisi, datang. Mahone bertengkar dengan Lyle Sands tentang kelangsungan pencarian, tapi berharap Tweener, yang ditahan FBI, akan mengungkapkan lokasi buronan lain. Sara mulai curiga pada Kellerman, jadi Kellerman mencari jalan lain untuk menemukan Lincoln Burrows. Di Arizona, L.J. diberi tahu bahwa ia akan dibebaskan keesokan harinya. Linc bertekad untuk menjemputnya. Haywire, di Wisconsin, mencuri barang-barang dari toko.
2.08	23/10/06	Dead Fall	Dalam usahanya mendapatkan semua uang itu, Sucre menemui beberapa kesulitan yang tak terduga. Bellick dan rekannya belum menyerah untuk menemukan para buronan.
2.09	30/10/06	Unearthed	Michael berusaha mengambil sesuatu dari Blanding Botanical Garden di Utah, tapi anak buah Mahone tiba di sana terlebih dahulu. Mahone yakin ada orang dalam timnya yang membocorkan informasi pada pers. Sementara itu Michael melakukan riset tentang Mahone di sebuah warnet, dan pergi ke Durango, Colorado, untuk menemui seorang wanita. Linc dan L.J. berada di Arizona. C-Note di Chicago dan Agen Lang berusaha menggunakan istri C-Note untuk menangkapnya. Bellick dan Geary menelepon Patterson, salah satu penjaga di Fox River, untuk mendapatkan informasi di mana mereka harus menemukan T-Bag. Sara di sebuah motel di Elgin, Illinois, berusaha memecahkan kode yang diberikan Michael. T-Bag sampai di Tribune, Kansas, untuk (apa yang dia sebut sebagai) "romansa". Kellerman masih membuntuti Sara.
2.10	06/11/06	Rendezvous	Bellick menyiksa T-Bag untuk mendapatkan informasi tentang uang Westmoreland, T-Bag menelan kunci dan Bellick menggunakan cara licik untuk mengeluarkan kunci itu. Bellick dan Mac meninggalkan T-Bag untuk ditemukan polisi. Sara dan Michael bertemu, tetapi mereka terus dikejar-kejar oleh Alex Mahone. Namun Michael akan segera mengetahui kelemahan Mahone. Lincoln dan LJ diselamatkan (lagi) oleh Aldo Burrows meski mereka belum sepenuhnya aman. Sucre mencoba mengubungi Maricruz tetapi gagal karena polisi ada di mana-mana.
2.11	13/11/06	Bolshio Booze	Di Maljamar, New Mexico, Michael mengambil apa yang dia butuhkan di sebuah toko olahraga, kemudian mengalami krisis kesadaran. Di Tribune, Kansas, T-Bag berhasil membebaskan diri dari polisi, tetapi harus merelakan tangannya. Di Trinidad, Colorado, ketiga Burrows mendiskusikan soal politik, tetapi kemudian menemui ancaman tak terduga. Di Gila, New Mexico, Sara ditawan oleh Kellerman. Mahone bertemu Kim untuk pertama kalinya. Bellick mendapat perawatan untuk luka di keningnya dan berinteraksi dengan detektif polisi lokal.
2.12	20/11/06	Disconnect	Sucre, Michael, Linc, dan Aldo kembali bersama, dengan Mahone yang terus membayang. Sara ditenggelamkan ke dalam bak mandi sementara Kellerman bersiap untuk membuang mayatnya. C-Note berada di Harvey, North Dakota dengan Kacee dan Dede, yang membutuhkan obatnya. Di Tribune, Kansas, Detektif Slattery menginterogasi Bellick.
2.13	27/11/06	The Killing Box	Di Kansas T-Bag menyerang dan kemungkinan membunuh seorang veteran dan mencuri tangan palsunya. Kemudian ia mendekati seorang pegawai kantor pos bernama Denise guna mencari tahu keberadaan mantan kekasihnya (Susan Hollander) yang dulu menyebabkan T-Bag dipenjara. Ketika Denise memberikan informasi itu, ia melihat poster buronan di dinding kantor pos, dan menyadari T-Bag adalah salah satu buronan itu, kemudian T-Bag membunuhnya dan pergi ke tempat Susan. Dihadapkan pada kemungkinan akan dijatuhi hukuman mati, Bellick membuat perjanjian, dia bersedia mengaku bersalah dan menjalani hukuman atas pembunuhan Geary, asalkan dia menjalani hukumannya di Fox River. Sialnya, kepala penjara pengganti Pope tidak bersedia memberikan perlakuan khusus pada Bellick dan dia ditempatkan di sel biasa dengan rekan satu selnya, Avocado. Sara berusaha untuk mengontak Michael, namun ketika menonton berita tentang penangkapan Michael, Sara sadar bahwa sekrang dia sendirian. Sara mengubah penampilannya. Dia memotong dan mengecat rambutnya, serta membuang tanda pengenal aslinya. Pesawat Sucre ditembak jatuh oleh tentara Amerika, tapi Sucre berhasil melepaskan diri dengan parasut dan jatuh di tengah gurun. Pilot pesawat itu mati karena parasutnya tidak mau membuka dan tak seorangpun tahu Sucre masih hidup, dan Sucre melanjutkan perjalanan untuk menemui Maricruz. Agen Mahone sudah siap untuk membunuh Michael dan Lincoln, tapi polisi perbatasan datang dan menggagalkan rencananya. Kakak beradik itu ditahan dan Agen Kim menyuruh Mahone untuk membunuh mereka. Agen Kellerman minta pekerjaannya kembali, dan Kim menerima pesan tertulis dari orang misterius. Kellerman berinisiatif untuk menyergap Michael dan Lincoln di Albuquerque saat mereka ditransfer kembali ke Fox River. Agen Kim menyuruh Mahone membunuh Kellerman di saat iring-iringan berhenti. Sesuai rencana, iring-iringan berhenti di sebuah terowongan. Michael dan Lincoln sadar ini perangkap, tapi mereka mengambil risiko, berlari melalui lorong kecil sepanjang terowongan sementara Mahone terus mengejar mereka. Terjebak di antara Mahone dan Kellerman, Michael dan Lincoln tidak bisa berlari lebih jauh. Namun tak disangka-sangka, Kellerman menembak Mahone, dan menawari kakak beradik itu sebuah kesempatan untuk mengungkap kebenaran dan menyingkap konspirasi Presiden Reynold dan Company...
2.14	22/01/07	John Doe	T-bag sampai di rumah Susan, yang mengatakan pada anak-anaknya bahwa ‘Paman Teddy yang bekerja di pengilangan minyak’ mengunjungi mereka; namun ketika Susan menodongkan senjata, T-Bag menyerang dan menawan mereka semua. Di Fox River, Bellick berusaha mempertahankan dirinya di tengah-tengah narapidana yang menyimpan dendam atas kepimpinannya dahulu. Seorang penjaga memperingatkan bahwa malam berpihak pada musuh… Benjamin Miles 'C-Note' Franklin berusaha menyelamatkan isterinya, Kacee, yang ditahan polisi, dan menyarankan agar Kacee menyalahkan C-Note atas semua yang terjadi. Setelah mendengar tangis putrinya, C-Note meminta salah satu temannya untuk menebus Kacee dengan uang jaminan, namun hakim menolak adanya uang jaminan. Mahone berada di rumah sakit, dan melaporkan pada Kim tentang pengkhianatan Kellerman dan kaburnya Linc dan Michael, yang sudah diliput televisi. Michael memutuskan untuk memberitahu pers tentang apa yang sebenarnya terjadi. Dan semuanya nyaris berhasil, sampai Terrence Steadman memilih untuk bunuh diri dan mayatnya tidak lagi berharga untuk Lincoln dan Michael….
2.15	29/01/07	The Message	Di Cutback, Montana, Michael dan Lincoln menculik kameramen Fox News dan merekam sebuah pesan yang disiarkan dalam Breaking News. Mahone kembali ke Chicago dan menganalisa pesan tersebut. Dia menginterogasi si kameramen yang sempat mendengar bahwa Michael berencana pergi sejauh 460 mil yang harus ditempuh dalam 6 jam. Mahone memperkirakan Michael dan Lincoln akan menemui Presiden Reynold di Denver. Bellick luka parah di Fox River. Sucre menjalin pertemanan dengan seseorang dalam bis menuju Ixtapa. Tetapi setelah itu Sucre mencuri mobil orang itu. Di Algoma, Winsconsin, Haywire berkenalan dengan sepasang kekasih dan si perempuan menunjukkan memar di lengannya. Menurut wanita itu, ayahnya yang pemabuk sering menyiksanya.
2.16	05/02/07	Chicago	Sara bertemu Michael dan Lincoln di stasiun Evansville, Indiana. Ketika dilihatnya Kellerman bersama mereka, Sara marah dan kecewa. Kellerman mengatakan bahwa Sara membawa kunci – yang dulu milik ayahnya - ke sebuah klub pribadi di Chicago. Caroline menelepon Kellerman dan Kellerman mengatakan dia sedang dalam perjalanan ke Chicago naik kereta. Caroline menjanjikan Kellerman jabatan sebagai kepala staf. T-Bag masih di rumah Susan dan berpura-pura menjadi figur ayah yang baik ketika teman Susan datang berkunjung. Wheeler melaporkan tindakan Mahone ke markas FBI Headquarter, dan mereka mendapat informasi bahwa Haywire membunuh seorang pria di Algoma, Wisconsin. Mahone mengunjungi Bellick di River Fox, membebaskan Bellick menggunakan habeas corpus (pembebasan bersyarat) untuk melaksanakan tugas kotornya, memberi Bellick mobil, pistol dan lencana FBI. Bellick mengejar dan menangkap Haywire. Di Benson, Minnesota, C-Note dan Dede berada di sebuah kedai ketika seorang pencuri kambuhan beraksi. Saat Kellerman di atas kereta melihat jalanan yang diblokir, tahulah ia bahwa Caroline mengkhianatinya.
2.17	19/02/07	Bad Blood	Michael Scofield dan Sara Tancredi gagal mendapatkan kaset rekaman dari Corona de Oro Cigar Club di Chicago. Di sana mereka bertemy dengan Henry Pope yang ingin melaporkan mereka pada polisi. Sara berusaha meyakinkan Pope dan Michael menyerahkan senjatanya untuk membuktikan kesungguhannya. Akhirnya Pope bersedia masuk dan mengambilkan apa yang ada di penyimpanan almarhum Frank Tancredi. Ternyata semacam flashdisk. Di Mexico, Fernando Sucre mengalami masalah dengan mobilnya dan mendapat tumpangan dari petugas bandara Ixtapa, yang melihat poster Sucre tepat setelah mereka berpisah di bandara. Maka Sucre segera melarikan diri… bersama Maricruz. T-bag mengunjungi rumahnya sendiri yang sudah kosong dan hanya menemukan kitab sucinya, yang membuatnyan teringat berbagai kenangan masa kecil. Dan mengungkapkan pada Susan bahwa dirinya bahagia karena menjadi Bagwell yang terakhir. Kemudian T-Bag meninggalkan Susan dan anak-anaknya. Agen Khusus FBI Alexander Mahone melacak keberadaan Benjamin Miles 'C-Note' Franklin dan putrinya, tapi membiarkan mereka lari. C-Note membawa Dede ke dokter karena penyakitnya semakin parah, kemudian menyerahkan dirinya ke Mahone, dan membuat perjanjian untuk mengantarkan mahone pada Michael. Pope bertemu Agen William 'Bill' Kim. Michael mendatangi Kim dan lari bersama Pope. Sara dan Linc, mengurung Kellerman. Kemudian Michael mengatakan pada Sara dan Linc, bahwa ia akan menepati janjinya pada Pope (yang tidak diketahui mereka), yaitu menyerahkan dirinya. Namun Pope menyerahkan flashdisk itu dan membiarkan mereka pergi.
2.18	26/02/07	Wash	Brad Bellick menyambangi kantor FBI dan menuntut Mahone membayarnya. Michael sadar isi flashdisk itu hanya dapat digunakan bila berada di tangan yang tepat. Kellerman mengatakan memiliki kontak di Washington, hakim agung yang bersih dan dapat dipercaya, Cooper Green, yang kemudian mau menerima mereka dan bekerja sama. Sara bertemu Bruce Bennett. Bellick berusaha menyuap sepupu Sucre untuk membocorkan keberadaan Sucre. T-Bag menemukan seorang terapis, Dr. Stammel yang mirip dengannya, kemudian membunuh si terapis dan mencuri identitasnya. Mahone diperintahkan untuk membunuh C-Note setelah Kim telah menangkap Michael. Mahone berjanji akan mengurus keluarga C-note, asalkan dia menggunakan apa yang dikirim Mahone ke selnya, yaitu seutas tali. Sara terlambat memberi tahu bahwa Cooper Green yang asli ada di kantornya, tetapi Michael bisa mengakali Green palsu dan memukulnya. Paul Kellerman mengunjungi adiknya, Kristine. Fernando Sucre dan Maricruz Delgado merasakan tendangan bayi mereka yang pertama. Cooper Green yang asli bisa membantu, namun kemudian mereka sadar bahwa rekaman dalam flashdisk tersebut tidak memuat tanggal kapan rekaman itu dilakukan, melainkan tanggal dimana pengkopian dilakukan. Akibatnya, rekaman itu tidak dapat diajukan sebagai bukti, hanya bisa dipakai untuk memeras presiden untuk menandatangani surat pernyataan tidak bersalah.
2.19	05/03/07	Sweet Caroline	C-Note nyaris gantung diri menggunakan tali yang ditinggalkan Mahone. Di sebuah hotel di Chicago, Presiden Caroline Reynolds dijadwalkan untuk memberi pidato. Michael meminta Cooper Green yang asli pergi dan setuju untuk bertemu di suatu tempat dengan Linc dan Sarah. Di Mexico T-Bag melihat Bellick dan melarikan diri. Lincoln menjumpai kawan lamanya Derrick Sweeney dan meminta tolong: tiga tiket ke Panama. Kellerman nyaris menembak Presiden Reynolds ketika Michael tiba-tiba muncul. Agen Kim langsung menginterogasi Michael untuk mengetahui keberadaan Lincoln, ketika Kim akan menembaknya, sang Presiden datang dan Michael menceritakan tentang rekaman pembicaraan Presiden Reynold dan Terrence Stedman yang diambil setelak ‘kematian’ Stedman, dan Michael mengatakan dia telah menggandakan rekaman itu dan ada di 20 lokasi yang berbeda. Fernando melihat di TV bahwa T-Bag di Mexico dan menduga bahwa uang $5.000.000 itu pasti ada bersamanya. Sucre pergi mencari T-Bag, namun ketika ia kembali, Bellick telah menunggunya. Kemudian Sucre menawarkan bagi hasil uang 5 juta dolar itu pada Bellick dengan cara mendapatkan T-Bag terlebih dahulu. Michael menuntut pada Presiden Reynold, membiarkannya pergi sekaligus menandatangani surat pembebasan Michael dan Lincoln hari itu juga dan disiarkan secara langsung oleh televisi. Tak lama kemudian, pada konferensi pers yang disiarkan secara langung, Presiden Reynolds menyatakan pengunduran dirinya akibat penyakit kanker yang ia derita…
2.20	19/03/07	Panama	Sekarang Caroline Reynolds sudah tidak lagi menjabat Presiden dan tidak bisa lagi menandatangani surat pembebasan untuk Lincoln dan Michael, maka mereka berdua harus segera pergi, selamanya. Di dermaga, di mana seharusnya mereka bergabung dengan Sara, Sara memberitahu bahwa ia merasa diikuti dan meminta Linc dan Michael pergi tanpanya. Satu mingu kemudian, FBI menawari C-Note keringanan hukuman – bahkan pembebasan dan perlindungan terhadap keluarganya – asalkan dia mau bersaksi melawan Mahone. Fernando merampas senjata Bellick ketika mereka sedang mencari T-bag, tapi Bellick menunjukkan bukti bahwa ia menahan Maricruz. Linc dan Michael sampai di Cristobal, Panama menggunakan kapal yang dinamai sesuai ibu mereka: Christina Rose. Namun kemudian keduanya bertengkar, dilandasi perasaan bersalah karena begitu banyak orang tak bersalah yang mati terbunuh. C-Note bertemu kembali dengan keluarganya dan dibebaskan. Mahone mengatakan pada Kim bahwa ia tidak puas dengan hasilnya karena ia selalu jauh dari keluarganya dan sekarang Mahone harus pergi…
2.21	26/03/07	Fin del camino	Michael pergi dari kapal Christina Rose setelah menerima pesan dari Sucre (yang juga disadap oleh Mahone). T-bag berada di hotel Fin del Camino Panama City bersama uangnya. Michael, Bellick, Sucre dan Mahone dan juga menuju ke sana. Pengadilan Sara Tancredi berlanjut, hakim memperbolehkan pemutaran rekaman yang dibuat Michael (yang menyatakan bahwa Sara tidak terlibat). Pengacara Sara menganjurkan Sara mengaku bersalah untuk mendapat keringanan menjadi 12 tahun penjara. T-Bag berhasil lari dari dua anak buah Mahone, diikuti oleh Michael, Sucre dan Bellick, kemudian Mahone, yang tiba-tiba diserang Lincoln yang mengatainya sebagai pembunuh ayahnya. Merkea berhasil melumpuhkan Mahone dan T-Bag, namun tersengar sirine polisi. Setelah menata medali dan mengenakan seragamnya, Paul Kellerman menembak kepalanya, namun pistolnya macet; adiknya mengatakan bahwa itu adalah pertanda untuk memulai kehidupan yang baru; kemudian ia bersaksi untuk meringankan Sara. T-Bag berhasil lari melewati Bellick sementara polisi berdatangan; Michael dan Sucre mengejar T-Bag dan berhasil menangkapnya setelah T-Bag nyaris ditabrak mobil. T-Bag mengajukan penawaran pada Michael untuk menukar kebebasannya dengan informasi. Tapi Michael memutuskan untuk menurunkan T-Bag di kedutaan. Kamudian T-Bag menemukan obeng, menusuk Sucre dan mengakibatkan tabrakan, sehingga ia berhasil kabur dengan tas punggungnya yang sangat berharga. Michael mengejar T-Bag, berkelahi dan menyebabkan T-Bag terluka.
2.22	02/04/07	Sona	Berkat kesaksian dan bukti-bukti dokumen dari Kellerman, tuduhan atas Sara dan Lincoln dibatalkan. Kellerman sendiri ditahan. Di saat mobil yang membawanya dihentikan di tengah jalan, sekelompok orang bertopeng menembakinya Mahone menelepon polisi untuk menjebak Michael dan Linc membunuh ‘seorang pria Asia’, tapi Michael tidak mau menyerahkan uangnya dan Kim muncul membawa anak buahnya. Mahone lari tapi tertangkap. Muncul Sara membawa berita baik tentang Lincoln. Namun Kim muncul lagi, menolak uangnya, hendak menembak Linc... dan ditembak oleh Sara. Polisi datang dan menangkap ketiganya. Michael merampas senjata dan berpura-pura membawa Sara sebagai sandera, kemudian membiarkan dirinya ditangkap dan dipenjara di Sona, dimana sudah ada Mahone, Bellick dan T-Bag.

Tahun ketiga (2007-2008)

#	Tanggal	Judul	Cerita
3.01	17/09/07	Orientación	Michael sekali lagi masuk penjara, namun kali ini di penjara SONA (Panama), bersama dengan T-Bag, Mahone dan Bellick. Penjara ini pada kenyataannya dikuasai oleh narapidana bernama Lechero yang merasa terancam dengan 'kemasyuran' Michael Scofield. Lincoln berusaha memindahkan Michael ke Amerika Serikat secara hukum. Kemudian kakak-beradik ini mendapat pesan yang sama, kemungkinan berasal dari organisasi yang sejak awal mengejar-ngejar mereka.
3.02	24/09/07	Fire/Water	Setelah Michael mendengar kabar buruk dari Linc, ia mulai mencari tahanan bernama James Whistler, yang kemungkinan memegang kunci kebebasannya. Ternyata tidak mudah: James Whistler bersembunyi di Sona karena ada hadiah yang ditawarkan untuk orang yang bisa menangkapnya, dan Lechero juga tidak mau membantu Michael untuk menemukan Whistler. Terlebih lagi, Mahone dan Bellick juga ingin mendapatkan Whistler. Sementara itu, T-Bag berusaha untuk menjadi orang kepercayaan Lechero.
3.03	01/10/07	Call Waiting	Lincoln mencoba membebaskan LJ dan Sara, tapi tidak berhasil. Susan mengatakan pada Linc bahwa ia telah menaruh sesuatu di garasi untuknya.
3.04	08/10/07	Good Fences	Dengan asumsi bahwa Sara meningggal, Lincoln memutuskan untuk tidak menceritakan soal itu pada Michael. Susan mengatakan jika Lincoln melakukan kesalahan lagi, dia akan mengirimkan potongan tubuh LJ. Sementara itu, Sucre mendapatkan pekerjaan di Sona. Dan Sofia mulai membantu Linc.
3.05	22/10/07	Interference	Sebuah tes yang dilakukan terhadap seekor tikus membuktikan penembak jitu yang berada di menara ternyata memang jitu, jadi Michael memutuskan hendak melarikan diri dengan Whistler dalam 24 jam, dan harus pada jam 3 sore, selama pertandingan sepak bola berlangsung. Sucre menerima $5,000 dari seorang pria dalam limusin untuk menyelundupkan paket ke Sona. Linc yang sudah menyiapkan kendaraan di luar Sona, terhambat petugas patroli. Ia mengatakan pada Marisol bahwa Sara sudah dibunuh tetapi ia tidak mengatakan pada Michael karena saat ini L.J. adalah prioritas utamanya. Tahanan baru, Andrew Tyge diperingatkan oleh Alexander Mahone karena diam-diam mendekati Michael dan Whistler, yang tengah merencanakan gangguan sinyal elektornik untuk mengalihkan perhatian penjaga menara. Sebelum mereka bisa berbuat sesuatu, pantulan teropong Michael terlihat; penjaga masuk dan menemukan teropong itu dalam selnya, dan Michael mengakui kalau itu miliknya. Ketika pimpinan pasukan hendak menembaknya, Whistler mengatakan teropong itu miliknya yang digunakan untuk meneropong burung. Whistler juga menunjukkan buku ornitologi miliknya sebagai bukti. Kemudian Tyge mengidentifikasikan Whistler sebagai Macfaddyen, Nice 1997... Namun Whistler tidak mengakuinya.
3.06	05/11/07	Photo Finish	Tyge bercerita pada Michael bahwa ia dan 'Mcfadden' dulunya adalah rekan kerja di sebuah hotel di Nice, Mahone khawatir ia terus membuntuti Whistler. Rencana pelarian baru segera dibuat. Michael menyuruh Linc memasukkan obat tidur ke kopi penjaga ketika ia pergi makan siang, dan meminta foto L.J. dan Sara sebelum ia melarikan diri. Mahone menolak mengurangan masa tahanan 8 tahun untuk kesaksian melawan pemerintah dan konspirasi Burrows: sekarang ia menghadapi hukuman seumur hidup. Tyge ditusuk sampai mati, Lechero menanyai Menudo 'McGrady' dan menyeret Whistler untuk ditanyai. Michael percaya bahwa Mahone dan Bellick tidak terlibat; T-bag menawari Michael untuk menggunakan cincin yang ia curi dari Sammy, rivalnya untuk mendapatkan kepercayaan Lechero, untuk menjebak Sammy sebagai pelaku pembunuhan Tyge. Tetapi Michael menemukan pisau yang dipakai untuk membunuh di bawah tempat tidur Mahone dan melaporkan Mahone ke Lechero, tepat setelah Mahone keluar seusai menerima persetujuan hukuman 4 tahun dengan Departemen Kehakiman Amerika Serikat. Linc dan Sofia berhasil memasukkan obat tidur ke kopi penjaga, tetapi Susan sadar bahwa Michael dan Linc punya rencana sendiri. Karena tidak bisa mendapatkan foto yang diminta, Linc mengakui kematian Sara pada Michael. Dan Michael membuat keputusan drastis...
3.07	05/11/07	Vamonos
3.08	12/11/07	Bang and Burn
3.09	14/01/08	Boxed In
3.10	21/01/08	Dirt Nap
3.11	04/02/08	Under & Out
3.12	11/02/08	Heel or High Water
3.13	18/02/08	The Art of the Deal

Tahun keempat (2008-2009)

#	Tanggal	Judul	Cerita
4.01	01/09/08	Scylla	Di Los Angeles, Michael melacak keberadaan Whistler dan Gretchen, guna membalas dendam akan kematian Sara. Mereka pergi ke Hotel Roosevelt untuk membeli kartu senilai 50 juta dolar yang disebut Scylla. Whistler membunuh si penjual, mengkopi kartunya, dan dikejutkan dengan kedatangan Michael. Ketika Gretchen datang, ia mengungkapkan bahwa Sara masih hidup. Kemudian Gretchen bertemu Jenderal Jonathan Krantz di Gurun Mojave, California dan menurut Jenderal, Gretchen telah gagal dalam menjalankan misi dan menyuruh anak buahnya, Wyatt untuk membunuh Gretchen. Michael menelepon Lincoln yang saat itu berada di Panama bersama Sofia dan LJ. Linc mengatakan bahwa Sona terbakar dan Sucre, Bellick dan T-Bag tidak terdaftar sebagai korban yang ditemukan. Sucre dan Bellick bertemu dengan ibu Bellick di Arizona. Michael membuka e-mail dan Mahone mengirim pesan, meminta untuk bertemu dengan Michael. Ia mengatakan bahwa Whistler dan dirinya tengah bekerja melawan Company, Gretchen sudah mati, dan menjelaskan isi Scylla, yang merupakan buku hitam Company berisi informasi tentang organisasi korup tersebut. Whistler bergabung dan mengatakan bahwa Sara masih hidup, namun kemudian Whistler ditembak oleh Wyatt, yang mengambil kopian kartu yang dibawa Whistler. T-Bag yang membawa uang Westmoreland menyewa dua orang pemuda untuk membawanya kembali ke Amerika Serikat untuk membalas dendam pada Michael. Tetapi ia dikhianati dan ditinggalkan di gurun. Jenderal Krantz menugaskan Wyatt untuk membunuh Michael, Mahone dan Lincoln. Di Panama, Lincoln diserang oleh agen Company, tapi ia membunuh agen itu kemudian ditangkap. Sucre mengunjungi bayinya di rumah sakit, tapi ia dilaporkan oleh kakak Maricruz dan ditangkap bersama Bellick. Wyatt membunuh Cameron, anak Mahone, dan Mahone pun tertangkap. Michael menelepon Bruce Bennet, sahabat Frank Tancredi, dan menanyakan tentang Sara, tapi Michael pun tertangkap. Kemudian Agen Homeland Security, Don Self bertemu Michael dan mengajukan tawaran kebebasan kalau Michael bersedia bekerja sama dengan pemerintah untuk menghancurkan Company. Michael menolak karena masalah prinsip, Bruce membayar uang jaminannya dan Lincoln, kemudian membawa mereka menemui Sara. Tak lama kemudian, ketika Wyatt menemukan tempat persembunyian dan mulai menembaki mereka, Michael menelepon Self dan menerima tawarannya. Ia menghilangkan tatonya dan membentuk tim melawan Company bersama Lincoln, Sara, Sucre, Bellick dan Mahone.
4.02	01/09/08	Breaking and Entering
4.03	08/09/08	Shut Down
4.04	15/09/08	Eagles and Angels
4.05	22/09/08	Safe and Sound
4.06	29/09/08	Blow Out
4.07	06/10/08	Five the Hard Way
4.08	20/10/08	The Price
4.09	03/10/08	Greatness Achieved
4.10	10/10/08	The Legend
4.11	17/10/08	Quiet Riot
4.12	24/11/08	Selfless
4.13	01/12/08	Deal or No Deal
4.14	18/12/08	Just Bussiness
4.15	15/12/08	Going Under
4.16	22/12/08	The Sunshine State
4.17	17/04/09	The Mother Lode
4.18	24/04/09	VS
4.19	01/05/09	S.O.B.
4.20	08/05/09	Cowboys and Indians
4.21	15/05/09	Rates of Exchange
4.22	15/05/09	Killing Your Number
4.23		The Final Break
4.24		The Final Break (2)

Catatan: dua episode terakhir musim keempat (The Final Break) tidak disiarkan, melainkan langsung dimasukkan dalam DVD Prison Break Season 4 yang beredar bulan Juli 2009.