HIVToolbox
HIVToolbox adalah sebuah aplikasi internet yang membantu ilmuwan mengidentifikasi dan mengembangkan hipotesis baru terkait HIV/AIDS serta dalam menginterpretasi eksperimen dalam pengkajian HIV/AIDS, serta untuk mengidentifikasi potensi pengembangan obat baru untuk HIV/AIDS.[1]
Kajian tentang HIV dapat membahas mengenai protein-protein virus HIV yang sering disebut sebagai domain. Daerah yang lebih kecil dari protein, yang disebut minimotif, juga terdapat dalam protein HIV. Minimotif atau motif linear pendek ini mengkode beberapa fungsi molekul yang berbeda dalam protein-protein HIV.[2] HIVtoolbox adalah aplikasi internet yang menggunakan database MySQL yang dirancang untuk mengintegrasikan data sekuens protein HIV yang berasal dari berbagai isolat, struktur protein, domain protein, interaksi protein-protein, elemen fungsional dalam protein, dan minimotif yang telah diketahui dan diprediksi dari database Minimotif Miner.[3][4] Asam amino lain yang terlibat dalam fungsi molekuler seperti katalisis, dimerisasi, dan sebagainya juga disertakan. Database HIVtoolbox juga mengandung konservasi asam amino terhitung untuk seluruh protein HIV yang membantu identifikasi daerah virus yang tidak berubah, sehingga dapat menunjukkan daerah penting. Rilis HIVToolbox versi kedua yaitu HIVToolbox2 juga memiliki informasi lokasi protein HIV yang dapat terikat dengan obat serta mengenai hubungan spasial dengan mutasi yang dapat muncul dalam virus HIV.
Referensi
- ^ Sargeant, David; Deverasetty, Sandeep; Luo, Yang; Baleta, Angel V.; Zobrist, Stephanie R.; Rathnayake, Viraj; Tusso, Jacqueline C.; Vyas, Jay; Muesing, Mark A. (2011). "HIVToolbox, an integrated web application for investigating HIV". PLoS ONE. 6 (5): e20122. Bibcode:2011PLoSO...620122S. doi:10.1371/journal.pone.0020122. PMC 310207
. PMID 21647445.
- ^ Kadaveru, Krishna; Vyas, Jay; Schiller, Martin R. (2008). "Viral infection and human disease - insights from minimotifs". Frontiers in Bioscience. 13 (13): 6455–71. doi:10.2741/3166. PMC 2628544 . PMID 18508672.
- ^ Rajasekaran, Sanguthevar; Balla, Sudha; Gradie, Patrick; Gryk, Michael R.; Kadaveru, Krishna; Kundeti, Vamsi; MacIejewski, Mark W.; Mi, Tian; Rubino, Nicholas (2009). "Minimotif miner 2nd release: a database and web system for motif search". Nucleic Acids Research. 37 (Database issue): D185–90. doi:10.1093/nar/gkn865. PMC 2686579 . PMID 18978024.
- ^ Balla, Sudha; Thapar, Vishal; Verma, Snigda; Luong, ThaiBinh; Faghri, Tanaz; Huang, Chun-Hsi; Rajasekaran, Sanguthevar; del Campo, Jacob J; Shinn, Jessica H (2006). "Minimotif Miner, a tool for investigating protein function". Nature Methods. 3 (3): 175–177. doi:10.1038/nmeth856. PMID 16489333.
