Ki Ageng Pengging Sepuh adalah ayah dari Ki Kebo Kanigara dan Ki Ageng Pengging alias Kebo Kenanga dan Nyai Ageng Tingkir, atau dengan kata lain ia adalah kakek dari Mas Karebet yang berjulukan Jaka Tingkir, yang kemudian menjadi raja Sultan Hadiwijaya Pajang Nama sebenarnya Ki Ageng Pengging Sepuh ialah Sharif Muhammad Kebungsuan atau Sayyid Muhammad Kebungsuan putra bungsu Sayyid Husein Jumadil Kubro hasil perkawinan beliau dengan Putri Jauhar dari Kerajaan Muar Lama, Malaysia. Sayyid Muhammad Kebungsuan juga merupakan pendiri Kerajaan Maguindanao di Philippines.

Sebelum membuka dan mendirikan tanah perdikan Pengging, Ki Ageng Pengging Sepuh bernama Pangeran Handayaningrat. Ia merupakan salah satu putera menantu Brawijaya V (Brawijaya terakhir), yaitu suami dari Ratu Pembayun anak sulung Prabu Brawijaya V, yang setelah Majapahit runtuh pergi menyepi ke Gunung Kidul.

artikel diatas masih dalam perdebatan besar, dan mengandung unsur penyesatan sejarah. Apalagi pada masa hidupnya Ki Ageng Pengging Sepuh tidak memeluk agama Islam, bagaimana mungkin ia yang tidak memeluk agama Islam mempunyai nama Arab seperti 'Sharif Muhammad Kebungsuan atau Sayyid Muhammad Kebungsuan' apalagi dianggap sebagai putra dari Sayyid Husein Jumadil Kubro .

sumber yang lebih kompeten menulis:

Ki Ageng Pengging Sepuh adalah ayah dari Ki Kebo Kanigara dan Ki Ageng Pengging alias Kebo Kenanga dan Nyai Ageng Tingkir, atau dengan kata lain beliau adalah kakek dari Karebet yang kemudian berjuluk Jaka Tingkir yang kemudian menjadi Sultan Hadiwijaya Pajang. Ki Ageng Pengging Sepuh sendiri sebelum membuka dan mendirikan tanah perdikan Pengging,bergelar Pangeran Handayaningrat yg merupakan salah satu putera Brawijaya V/Bravijaya Pamungkas yang setelah Majapahit runtuh menyepi ke Gunungkidul

Nama asli Pangeran Handayaningrat / Andayaningrat adalah Jaka Sengara. Ia diangkat menjadi bupati Pengging karena berjasa menemukan Ratu Pembayun putri Brawijaya raja Majapahit (versi babad), yang diculik Menak Daliputih raja Blambangan putra Menak Jingga. Jaka Sengara berhasil menemukan sang putri dan membunuh penculiknya.

Jaka Sengara kemudian menjadi bupati Pengging, bergelar Andayaningrat atau Ki Ageng Pengging I (versi lain menyebutnya Jayaningrat).

Kedua putranya menempuh jalan hidup yang berbeda. Kebo Kanigara yang setia pada agama lama meninggal saat bertapa di puncak Gunung Merapi. Sedangkan Kebo Kenanga masuk Islam di bawah bimbingan Syekh Siti Jenar.