Wikipedia:Bak pasir
Random Amplified Polymorphic DNA (RAPD) adalah pengembangan teknik dari PCR yang dapat menggandakan (mengamplifikasi) sekuens DNA. [1] Perbedaannya dengan PCR adalah RAPD dapat mengamplifikasi segmen DNA yang tidak diketahui sekuensnya.[1] Hal ini menjadi mungkin dilakukan dengan menyusun dan mensintesis primer yang terdiri dari 10 basa nitrogen. [1] Primer ini kemudian akan menempel pada sekuens DNA yang akan diamplifikasi dan proses amplifikasi dengan PCR pun dilakukan. [1]
Primer
Pada PCR, polimerisasi DNA hanya dapat dimulai jika terdapat primer. Primer berfungsi untuk mengawali proses polimerisasi untaian DNA. [2] Molekul primer dapat berupa molekul DNA, RNA, atau bahkan protein spesifik. [2] Biasanya, primer yang digunakan pada PCR adalah molekul DNA. [2] Sewaktu proses PCR, primer akan menempel pada urutan-urutan basa yang komplemen pada templat DNA. Pada akhir proses PCR akan terdapat sejumlah besar fragmen-fragmen pendek DNA hasil amplifikasi.[2] Apabila terdapat delesi untuk suatu lokasi templat, akan terjadi polimorfisme. [2] Dengan gel elektroforesis, akan terlihat pita yang terputus-putus apabila terdapat polimorfisme. [2]
Karena sekuens yang diamplifikasi tidak diketahui, primer yang digunakan pun didesain sesuai dengan keinginan. Penyusunan primer ini dilakukan untuk kemudian mendapatkan sekuens yang diharapkan dapat menjadi penanda (marker) dalam suatu percobaan. Namun, tidak selamanya pembuatan primer acak ini dapat membuahkan hasil. Terkadang, primer yang memiliki jangkauan primer reverse dan forward yang besar tidak dapat di-PCR karena fragmennya terlalu besar (Gambar 1). Hal ini terjadi karena PCR tidak dapat mengamplifikasi fragmen yang terlalu panjang (Dhruve et al. 2008).
Karena pembuatan primer dilakukan secara acak, tidak semua primer dapat menempel pada fragmen DNA (Gambar 2). Terkadang, primer tidak dapat menempel pada fragmen DNA yang di-PCR sehingga tidak dihasilkan produk PCR. Hal inilah yang dapat dijadikan acuan untuk membedakan DNA suatu sampel dengan sampel lainnya. Setelah proses amplifikasi dengan PCR dilakukan, DNA di running pada gel agarosa untuk melihat sekuens yang terbentuk dari primer yang dirancang (Dhruve et al. 2008). Teknik RAPD ini hanya membutuhkan sampel dalam jumlah sedikit. Sampel-sampel yang sedikit ini dapat diambil dari rambut, bulu, sirip, ataupun sisik. Dalam hal mencari kekerabatan, sekuens DNA yang divisualisasi dengan gel agarosa akan menunjukkan keberadaan fragmen-fragmen tertentu yang dapat dijadikan penanda. Misalnya dalam suatu genus terdapat fragmen DNA yang sama dan dapat dijadikan penanda untuk melihat apakah dua atau lebih spesies berasal dari genus yang sama atau tidak. Namun, dapat pula ditemukan fragmen lain yang menjadi fragmen yang hanya dimiliki oleh suatu spesies (Dyke 2008).
Referensi
- ^ a b c d (Inggris) Dhruve JJ, Kandoliya UK, Patel SV, Golakiya BA (2008). DNA: A Bridge Between Biochemistry and Biotechnology. New India, New Delhi.
- ^ a b c d e f (Inggris) Joshsi J, Manandhar L, Shrestha P, Gupta R, Manadhar R, Shrestha S (2012). "Random amplification of polimorphic DNA analysis for genetic characterization of two breeds of dogs, German Shepherd and Japanese Spitz". Nepal J Sci Technol. 13 (2): 73-78.