Wikipedia:Bak pasir
Random Amplified Polymorphic DNA (RAPD) adalah pengembangan teknik dari PCR yang dapat menggandakan (mengamplifikasi) sekuens DNA. [1] Perbedaannya dengan PCR adalah RAPD dapat mengamplifikasi segmen DNA yang tidak diketahui sekuensnya.[1] Hal ini menjadi mungkin dilakukan dengan menyusun dan mensintesis primer yang terdiri dari 10 basa nitrogen. [1] Primer ini kemudian akan menempel pada sekuens DNA yang akan diamplifikasi dan proses amplifikasi dengan PCR pun dilakukan. [1]
Primer
Pada PCR, polimerisasi DNA hanya dapat dimulai jika terdapat primer. Primer berfungsi untuk mengawali proses polimerisasi untaian DNA. [2] Molekul primer dapat berupa molekul DNA, RNA, atau bahkan protein spesifik. [2] Biasanya, primer yang digunakan pada PCR adalah molekul DNA. [2] Sewaktu proses PCR, primer akan menempel pada urutan-urutan basa yang komplemen pada templat DNA. Pada akhir proses PCR akan terdapat sejumlah besar fragmen-fragmen pendek DNA hasil amplifikasi.[2] Apabila terdapat delesi untuk suatu lokasi templat, akan terjadi polimorfisme. [2] Dengan gel elektroforesis, akan terlihat pita yang terputus-putus apabila terdapat polimorfisme. [2]
Kesalahan Pada Primer
Karena sekuens yang diamplifikasi tidak diketahui, primer yang digunakan pun didesain sesuai dengan keinginan. [1] Penyusunan primer ini dilakukan untuk kemudian mendapatkan sekuens yang diharapkan dapat menjadi penanda (marker) dalam suatu percobaan. [1] Namun, tidak selamanya pembuatan primer acak ini dapat membuahkan hasil. [1] Terkadang, primer yang memiliki jangkauan primer reverse dan forward yang besar tidak dapat di-PCR karena fragmennya terlalu besar.[1] Hal ini terjadi karena PCR tidak dapat mengamplifikasi fragmen yang terlalu panjang. [1]
Karena pembuatan primer dilakukan secara acak, tidak semua primer dapat menempel pada fragmen DNA. [1] Terkadang, primer tidak dapat menempel pada fragmen DNA yang di-PCR sehingga tidak dihasilkan produk PCR. [1] Hal inilah yang dapat dijadikan acuan untuk membedakan DNA suatu sampel dengan sampel lainnya. [1] Setelah proses amplifikasi dengan PCR dilakukan, DNA di running pada gel agarosa untuk melihat sekuens yang terbentuk dari primer yang dirancang. [1]
Sampel
Teknik RAPD ini hanya membutuhkan sampel dalam jumlah sedikit. [3] Sampel-sampel yang sedikit ini dapat diambil dari rambut, bulu, sirip, ataupun sisik. [3] Dalam hal mencari kekerabatan, sekuens DNA yang divisualisasi dengan gel agarosa akan menunjukkan keberadaan fragmen-fragmen tertentu yang dapat dijadikan penanda. [3] Misalnya dalam suatu genus terdapat fragmen DNA yang sama dan dapat dijadikan penanda untuk melihat apakah dua atau lebih spesies berasal dari genus yang sama atau tidak. [3] Namun, dapat pula ditemukan fragmen lain yang menjadi fragmen yang hanya dimiliki oleh suatu spesies.
Referensi
- ^ a b c d e f g h i j k l m (Inggris) Dhruve JJ, Kandoliya UK, Patel SV, Golakiya BA (2008). DNA: A Bridge Between Biochemistry and Biotechnology. New India, New Delhi.
- ^ a b c d e f (Inggris) Joshsi J, Manandhar L, Shrestha P, Gupta R, Manadhar R, Shrestha S (2012). "Random amplification of polimorphic DNA analysis for genetic characterization of two breeds of dogs, German Shepherd and Japanese Spitz". Nepal J Sci Technol. 13 (2): 73-78.
- ^ a b c d (Inggris) Dyke F van (2008). Conservation Biology: Foundations, Concepts, Applications. Springer Science + Business Media B V, Dordrecht.