Informatika kimia

Informatika kimia (cheminformatics, chemoinformatics, chemical informatics) adalah penggunaan komputer dan metode informasional yang diaplikasikan pada permasalahan di bidang kimia. Contohnya aplikasi informatika kimia adalah pada bidang farmasi, yaitu penemuan obat. Informatika kimia juga digunakan untuk berbagai industri terkait seperti bioteknologi.

Sejarah

Istilah chemoinformatics didefinisikan oleh F. K. Brown^[1]^[2] pada tahun 1998 pada jurnal Current Opinion in Drug Discovery & Development:

Chemoinformatics is the mixing of those information resources to transform data into information and information into knowledge for the intended purpose of making better decisions faster in the area of drug lead identification and optimization.
Informatika kimia adalah percampuran antara sumber daya informasi untuk mengubah data menjadi informasi dan informasi menjadi pengetahuan yang ditujukan untuk menjadikan pengambilan keputusan menjadi lebih baik di wilayah identifikasi dan optimisasi obat-obatan.

Sejak saat itu, istilah chemoinformatics dan berkembang menjadi cheminformatics^[3] namun akademisi Eropa tetap menggunakan istilah chemoinformatics.^[4] Diterbitkannya Journal of Cheminformatics menjadikan penggunaan istilah cheminformatics lebih populer.

Dasar ilmu

Informatika kimia menggabungkan karya ilmiah di bidang kimia, ilmu komputer, dan ilmu informasi untuk berbagai bidang seperti topologi kimia, teori grafik kimia, perbaikan informasi, dan penggalian data di bidang kimia.^[5]^[6]^[7] Informatika kimia juga bisa diaplikasikan pada analisis data pada berbagai industri seperti industri kertas, pulp, pewarna, dan industri terkait.

Aplikasi

Penyimpanan dan pemulihan data

Aplikasi utama dari informatika kimia adalah penyimpanan, indeksasi, dan pencarian informasi terkait senyawa atau campuran kimia yang dibutuhkan. Pencarian yang efisien bisa dilakukan dengan ilmu komputer penggalian data, pemulihan informasi, ekstraksi informasi, dan pembelajaran mesin.

Perpustakaan virtual

Data kimiawi bisa bersinggungan dengan molekul nyata atau virtual. Perpustakaan senyawa kimia virtual bisa dihasilkan dengan berbagai cara untuk menjelajahi ruang kimia dan menghasilkan hipotesis terkait senyawa baru dengan sifat yang diinginkan. Perpustakaan virtual yang mengklasifikasikan berbagai senyawa (obat-obatan, bahan alami, produk sintetik) telah dikembangkan menggunakan algoritme FOG (fragment optimized growth).^[8]

Penyaringan virtual

Penyaringan virtual melibatkan penyaringan secara komputaasional dengan perpustakaan senyawa kimia virtual dengan berbagai metode seperti docking, untuk mengidentifikasi anggota yang kemungkinan dapat memberikan sifat yang diinginkan. Dalam berbagai kasus, kimia kombinatorial digunakan untuk pengembangan perpustakaan untuk meningkatkan efisiensi penggalian data. Penyaringan senyawa kimia atau bahan alami berukuran molekul kecil juga sering dilakukan.

Lihat pula

Referensi

^ F.K. Brown (1998). "Chapter 35. Chemoinformatics: What is it and How does it Impact Drug Discovery". Annual Reports in Med. Chem. Annual Reports in Medicinal Chemistry. 33: 375. doi:10.1016/S0065-7743(08)61100-8. ISBN 978-0-12-040533-6.
^ Brown, Frank (2005). "Editorial Opinion: Chemoinformatics–a ten year update". Current Opinion in Drug Discovery & Development. 8 (3): 296–302.
^ Cheminformatics or Chemoinformatics ?
^ "Obernai Declaration" (PDF). Diarsipkan dari versi asli (PDF) tanggal 2016-03-03. Diakses tanggal 2013-08-02.
^ Gasteiger J.(Editor), Engel T.(Editor): Chemoinformatics: A Textbook. John Wiley & Sons, 2004, ISBN 3-527-30681-1
^ A.R. Leach, V.J. Gillet: An Introduction to Chemoinformatics. Springer, 2003, ISBN 1-4020-1347-7
^ Alexandre Varnek and Igor Baskin (2011). "Chemoinformatics as a Theoretical Chemistry Discipline". Molecular Informatics. 30 (1): 20–32.
^ Kutchukian, Peter (2009). "FOG: Fragment Optimized Growth Algorithm for the de Novo Generation of Molecules occupying Druglike Chemical". Journal of Chemical Information and Modeling. 49 (7): 1630–1642. doi:10.1021/ci9000458. PMID 19527020.

Pranala luar

Indiana Cheminformatics Education Portal Diarsipkan 2010-10-14 di Wayback Machine.
Journal of Cheminformatics Diarsipkan 2016-12-24 di Wayback Machine.
Collaborative Drug Discovery (CDD)
OEChem Cheminformatics Programming Toolkit
The Blue Obelisk Movement
The eCheminfo Network and Community of Practice
Cheminformatics courses at Indiana University Diarsipkan 2013-02-18 di Archive.is
Chem_XSeer search engine and tool at Penn State Diarsipkan 2008-03-05 di Wayback Machine.
Cheminformatics at Rensselaer Polytechnic Institute Diarsipkan 2022-04-08 di Wayback Machine.
The Chemical Structure Association Trust (see also CSA Trust).
Comprehensive cheminformatics link list and data set repository
A cheminformatics glossary
Chemoinformatics initiatives at NCL Pune, India Diarsipkan 2009-08-24 di Wayback Machine.
International Conference on Chemoinformatics at NCL,Pune Diarsipkan 2013-01-08 di Archive.is
Crowd Computing for Chemoinformatics at Vinod Scaria Lab, India Diarsipkan 2013-01-12 di Wayback Machine.
Cheminformatics Crowd Computing for Tuberculosis Drug Discovery (3C4TB) Project Page Diarsipkan 2017-07-18 di Wayback Machine.
Famous Cheminformatics quotations Diarsipkan 2006-06-14 di Wayback Machine.
The Cheminformatics and QSAR Society
UK-QSAR and ChemoInformatics Group
Education and Research at the University of Hamburg Diarsipkan 2009-04-30 di Wayback Machine.
Cheminformatics research at the Unilever Centre for Molecular Informatics, Cambridge, UK Diarsipkan 2010-02-21 di Wayback Machine.
YACHS Yet Another CHemistry Summarizer, Laboratoire Informatique d'Avignon LIA, France Diarsipkan 2011-03-16 di Wayback Machine.
Cheminformatics research at NovaMechanics Cyprus
Weblink-Cheminformatics SW and DB
Cheminformatics studies from Unilever Centre for Molecular Informatics to OpenEye
International Journal of Chemoinformatics and Chemical Engineering

[Brown_1998-1] F.K. Brown (1998). "Chapter 35. Chemoinformatics: What is it and How does it Impact Drug Discovery". Annual Reports in Med. Chem. Annual Reports in Medicinal Chemistry. 33: 375. doi:10.1016/S0065-7743(08)61100-8. ISBN 978-0-12-040533-6.

[2] Brown, Frank (2005). "Editorial Opinion: Chemoinformatics–a ten year update". Current Opinion in Drug Discovery & Development. 8 (3): 296–302.

[3] Cheminformatics or Chemoinformatics ?

[Obernai-4] "Obernai Declaration" (PDF). Diarsipkan dari versi asli (PDF) tanggal 2016-03-03. Diakses tanggal 2013-08-02.

[Gasteiger_2004-5] Gasteiger J.(Editor), Engel T.(Editor): Chemoinformatics: A Textbook. John Wiley & Sons, 2004, ISBN 3-527-30681-1

[6] A.R. Leach, V.J. Gillet: An Introduction to Chemoinformatics. Springer, 2003, ISBN 1-4020-1347-7

[Varnek_2011a-7] Alexandre Varnek and Igor Baskin (2011). "Chemoinformatics as a Theoretical Chemistry Discipline". Molecular Informatics. 30 (1): 20–32.

[8] Kutchukian, Peter (2009). "FOG: Fragment Optimized Growth Algorithm for the de Novo Generation of Molecules occupying Druglike Chemical". Journal of Chemical Information and Modeling. 49 (7): 1630–1642. doi:10.1021/ci9000458. PMID 19527020.

[1]

[2]

[3]

[4]

[5]

[6]

[7]

[8]