Nagato Uzumaki
Nagato Uzumaki, adalah seorang ninja dari desa Amegakure yg mempunyai mata dewa. Mata yg sama dg pencipta dunia shinobi Rikudo Sennin, yaitu Rinnegan.
Masa Kecil
Pada saat kecil, Nagato hidup di Amegakure sebagai warga biasa bersama kedua orang tuanya, yaitu Ise dan Fuso. Ketika Amegakure dilanda perang, Nagato dan orang tuanya yg sedang bersembunyi dari 2 ninja Konoha. Ketika kedua orangtua Nagato meninggal karena 2 ninja Konoha tersebut yg dianggap musuh, Nagato mengamuk dan membunuh 2 ninja Konoha tersebut dg Rinnegan. Setelah kematian orangtuanya, dia mengemis di Amegakure dan menemukan anjing yg ia beri nama Chibi. Nagato dan Chibi hampir mati karena kelaparan dan akhirnya dia ditolong oleh seorang anak perempuan yg bernama Konan. Lalu Konan membawa Nagato ke tempat Yahiko, teman Konan. Yahiko dan Konan sama-sama yatim piatu Amegakure sama seperti Nagato. Karena desa dilanda perang, mereka terpaksa mencari makanan dg mencuri. Lalu ketika pemimpin Amegakure, Hanzou bertarung melawan Jiraiya, Tsunade dan Orochimaru yg disaksikan oleh mereka bertiga. Karena pertarungan itu, Chibi harus mati karena terkena serangan dari pertarungan tersebut. Kemudian Yahiko meminta Jiraiya untuk mengajarkan mereka Ninjutsu.
Pelatihan Ninjutsu
Sebelumnya Jiraiya menolak untuk mengajarkan Nagato, Yahiko dan Konan Ninjutsu. Tetapi setelah kejadian pada saat Yahiko hampir dibunuh Chunin Iwagakure, Nagato menolong Yahiko dg Rinnegannya. Sejak saat itu, Jiraiya mengajarkan mereka Ninjutsu dan mengajarkan Nagato untuk mengendalikan Rinnegannya. Setelah 3 tahun, mereka berpisah dan akhirnya mereka bertiga membentuk sebuah organisasi, yaitu Akatsuki.
Masa Baru Akatsuki
Organisasi baru yg dibuat oleh Yahiko ini cukup terkenal dan membuat Hanzou khawatir kepemimpinannya digeser. Akhirnya Hanzou meminta bantuan Danzou dg menyandra Konan sebagai tawanan agar salah satu dari Nagato dan Yahiko harus mati. Nagato tidak mau membunuh Yahiko, tetapi dia juga tidak ingin Konan terbunuh. Akhirnya, Yahiko mengambil kunai dan menancapkannya di perutnya sendiri. Kejadian itu membuat Nagato marah dan membunuh pasukan Hanzou menggunakan patung Gedo Mazo tetapi Hanzou berhasil lolos. Lalu Nagato dibujuk oleh Tobi untuk mengumpulkan sembilan Bijuu agar perdamaian bisa terwujud. Sebenarnya, niat Tobi atau Obito Uchiha adalah untuk membangkitkan Juubi dan mengaktifkan jutsu Mugen Tsukuyomi.