Primer DNA
Primer DNA adalah sekuens DNA yang komplemen terhadap sekuens yang akan diamplifikasi, terutama dalam reaksi berantai polimerase (PCR) [1]. Batasannya, primer ini akan menempel pada kedua ujung sekuens DNA yang ingin diamplifikasi dengan arah yang berkebalikan (utas sense dan antisense) [1]. Dalam suatu reaksi berantai polimerase digunakan dua primer, yaitu primer maju dan primer mundur [1]. Kedua primer ini harus ada dalam reaksi polimerasi agar amplifikasi DNA terjadi [1]. Molekul primer dapat berupa molekul DNA, RNA, atau bahkan protein spesifik [2]. Biasanya, primer yang digunakan pada PCR adalah molekul DNA [2]. Pada akhir proses PCR akan terdapat sejumlah besar fragmen-fragmen pendek DNA hasil amplifikasi [2]. Setelah dilakukan amplifikasi, terdapat berbagai cara untuk melihat hasilnya [2]. Salah satu diantaranya adalah elektroforesis gel [2].
Primer Maju dan Primer Mundur
Primer maju (forward) dan primer mundur (reverse) bekerja berlawanan arah.
Visualisasi
Visualisasi dengan elektroforesis gel dapat dilakukan setelah proses amplifikasi terjadi untuk melihat hasil DNA yang terbentuk [2]. Apabila terdapat delesi untuk suatu lokasi templat, akan terjadi polimorfisme [2]. Dengan elektroforesis gel, akan terlihat pita yang terputus-putus apabila terdapat polimorfisme [2].
Referensi
- ^ a b c d (Inggris) Carson S, Robertson D (2006). Manipulation and Expression of Recombinant DNA: A Laboratory Manual. Elsevier, Burlington.
- ^ a b c d e f g h (Inggris) Joshsi J, Manandhar L, Shrestha P, Gupta R, Manadhar R, Shrestha S (2012). "Random amplification of polimorphic DNA analysis for genetic characterization of two breeds of dogs, German Shepherd and Japanese Spitz". Nepal J Sci Technol. 13 (2): 73-78.