Cikal bakal klub ini berawal dari dualisme Persebaya Surabaya yang baeralih ke Liga Primer Indonesia dan mengubah namanya menjadi Persebaya 1927 di bawah PT.Persebaya Indonesia. Pada saat itu, tim yang dulu bernama Persikubar Kutai Barat diboyong ke Surabaya dan diubah namanya menjadi Persebaya Surabaya oleh Wisnu Wardhana di bawah PT. Mitra Muda Inti Berlian (MMIB)[1] agar Surabaya memiliki wakil di liga resmi PSSI. Pada tahun 2015 mereka tidak boleh mengikuti turnamen arahan Mahaka Sports & Entertainment yang bertajuk Piala Presiden 2015. Karena ingin mengikutinya, mereka menambahkan kata United di tim ini. Sejak lolos ke babak 8 besar, BOPI mengisyaratkan untuk menanggalkan nama Persebaya, karena hak paten logo dan nama ada di tangan Persebaya 1927 bawahan PT. Persebaya Indonesia [2]. Oleh karena itu, mereka mengubah nama menjadi Bonek FC.