Sebagai hasil dari konflik antara Persatuan Sepak Bola Seluruh Indonesia dan Menteri Pemuda dan Olahraga Indonesia, FIFA kemudian membekukan keanggotaan PSSI. Beberapa turnamen dibuat untuk menggantikan Liga Super Indonesia. Piala Jenderal Sudirman 2015 (juga dikenal sebagai Jenderal Sudirman Cup Indonesia Championship Torabika 2015 untuk alasan sponsor) dibuat untuk memperingati ulang tahun ke-seratus dari Panglima Besar Jenderal Sudirman, dan akan diadakan pada bulan November 2015 hingga Januari 2016 dengan lima belas klub yang berpartisipasi. PSMS Medan sepakat untuk mewakili nama PS TNI untuk turnamen ini, serta merekrut pemain yang juga di tentara seperti Manahati Lestusen dan Abduh Lestaluhu. PS TNI adalah satu-satunya klub non-ISL untuk berpartisipasi dalam Piala Jenderal Sudirman.
PS TNI diunggulkan di Grup C yang dipertandingkan di Stadion Gelora Delta, Sidoarjo. Bersama dengan empat klub lainnya adalah Surabaya United, Pusamania Borneo F.C., Persib Bandung, dan Persela Lamongan. PS TNI keluar sebagai underdog di babak penyisihan grup, memenangi seluruh empat pertandingan dan meraih 11 poin. Mereka mengalahkan Surabaya United 2-1, menang 6-5 adu penalti melawan Pusamania Borneo setelah bermain imbang 2-2, menang 4-2 melawan Persela Lamongan termasuk hat-trick dari Dimas Drajad, dan menang 2-0 melawan Persib Bandung. PS TNI kemudian lolos ke Perempat Final, di mana mereka bergabung dengan Semen Padang FC, Mitra Kukar FC, dan Persija Jakarta. Di babak perempat final, mereka mengalami hat-trick kekalahan dari tiga pertandingan dan tersingkir dari turnamen itu.
Setelah Piala Jenderal Sudirman, PS TNI dan PSMS Medan telah mengumumkan perpisahan mereka, dengan beberapa pemain PSMS Medan ini bergabung dengan klub Angkatan Bersenjata sebagai gantinya. Mereka kemudian lolos ke turnamen lain, Piala Bhayangkara 2016 (dikenal juga sebagai Torabika Bhayangkara Cup 2016 karena alasan sponsor) dengan sembilan tim lain untuk memperingati "Hari Bhayangkara". Turnamen ini diselenggarakan dari tanggal 17 Maret hingga 3 April 2016. Terbagi menjadi dua grup (1 grup 5 tim), PS TNI ditempatkan di Grup A dengan Sriwijaya FC, Mitra Kukar FC, Pusamania Borneo FC, dan Persib Bandung. Mereka kalah dalam pertandingan pertama mereka, kalah 1-2 melawan Sriwijaya FC, tetapi kemudian diikuti dengan kemenangan 3-1 melawan Pusamania Borneo. PS TNI juga kalah dari Persib Bandung 2-0 dan imbang lawan Mitra Kukar 1-1. Hasil itu membuat PS TNI menempati urutan ketiga di Grup A dengan lima poin, tetapi tidak memenuhi syarat untuk Semifinal.
Edy Rahmayadi
Ivan Kolev
Musim ini
