Kota santri adalah istilah yang diberikan kepada kota-kota yang memiliki banyak pondok pesantren.

Berkas:Santri01.jpg

Di Indonesia ada beberapa kota yang sering disebut sebagai kota santri, salah satunya adalah Kaliwungu, kota di sebelah barat Kota Semarang yang memiliki puluhan pondok pesantren dan memiliki santri dari seluruh pelosok Nusantara bahkan ada yang berasal dari mancanegara, Malaysia dan Brunei Darusalam.

Istilah kota santri semakin populer dengan diciptakannya lagu Kota Santri yang diciptakan oleh seorang warga Kaliwungu, Kendal. Lagu kota santri pertama kali dinyanyikan oleh grup kosidah Nasida Ria Semarang.

Contoh kota santri lainnya adalah Ponorogo.[butuh rujukan]

Untuk wilayah Pulau Kalimantan (Borneo) terdapat juga kota santri yang cukup dikenal yaitu kota Martapura di provinsi Kalimantan Selatan. Kota ini berada di bawah otoritas distrik Kabupaten Banjar. Dan juga merupakan kerajaan Islam bercorak kesultanan yang masih ada hingga sekarang.