Wikipedia

Varian SARS-CoV-2

varian virus SARS-CoV-2 dengan urutan genetik yang berbeda
Revisi sejak 2 Maret 2021 15.00 oleh S Rifqi (bicara | kontrib) (Variant of Concern 202012/01 -> Garis keturunan B.1.1.7; perbaikan penulisan dan tata bahasa; pengembangan artikel)

Koronavirus sindrom pernapasan akut berat 2 (SARS-CoV-2), virus penyebab penyakit koronavirus 2019 (COVID-19), memiliki banyak varian; beberapa di antaranya dipercaya cukup penting. Artikel ini membahas varian-varian penting dari SARS-CoV-2 dan beberapa mutasi penting yang ditemukan di sebagian atau seluruh varian-varian ini.

Deret urutan WIV04/2019 yang termasuk klad S GISAID, garis keturunan A Pangolin, dan klad 19B Nextstrain kemungkinan menggambarkan pengurutanan genom virus asli yang menginfeksi manusia dan dikenal sebagai "urutan nol". Urutan ini dipakai secara luas dan menjadi urutan rujukan.[1]

Pengelompokkan

Meskipun ada ribuan varian SARS-CoV-2, ada juga pengelompokan yang jauh lebih besar yang disebut klad. Beberapa nomenklatur klad berbeda untuk SARS-CoV-2 telah diusulkan.[2]

  • Mulai Desember 2020, GISAID—mengacu pada SARS-CoV-2 sebagai hCoV-19—mengidentifikasi tujuh klad (O, S, L, V, G, GH, dan GR).
  • Pada Desember 2020 pula, Nextstrain mengidentifikasi lima klad (19A, 19B, 20A, 20B, dan 20C).
  • Dalam artikel tahun 2020 di International Journal of Infectious Diseases, Guan dkk. mengidentifikasi lima klad global (G614, S84, V251, I378, dan D392).
  • Rambaut dkk. mengusulkan istilah "garis keturunan" dalam artikel tahun 2020 di Nature Microbiology. Pada Desember 2020, telah ada lima garis keturunan utama (A, B, B.1, B.1.1, dan B.1.777) yang diidentifikasi.

Varian penting


Cluster 5

Artikel utama: Cluster 5

Cluster 5, juga disebut sebagai ΔFVI-spike oleh State Serum Institute (SSI) Denmark, ditemukan di Jutlandia Utara, Denmark, dan diyakini telah menyebar dari cerpelai ke manusia melalui peternakan bulu. Pada 4 November 2020, diumumkan bahwa populasi cerpelai di Denmark akan dimusnahkan untuk mencegah kemungkinan penyebaran mutasi ini dan mengurangi risiko terjadinya mutasi baru. Karantina wilayah dan pembatasan perjalanan diberlakukan di tujuh kota di Jutlandia Utara untuk mencegah penyebaran mutasi yang dapat membahayakan tanggapan nasional atau internasional terhadap pandemi COVID-19.[3]

Garis keturunan B.1.1.7

Artikel utama: Garis keturunan B.1.1.7

Garis keturunan B.1.1.7[4], disebut juga 20I/501Y.V1 atau Variant of Concern 202012/01 (VOC-202012/01),[5] sebelumnya dikenal sebagai Variant Under Investigation pertama pada Desember 2020 (VUI-202012/01), pertama kali terdeteksi pada Oktober 2020 selama pandemi COVID-19 di Inggris Raya dari sampel yang diambil bulan sebelumnya.[6] Sejak itu, prevalensinya menjadi dua kali lipat setiap 6,5 hari, perkiraan interval generasinya.[7][8] Varian ini berkorelasi dengan peningkatan yang signifikan pada tingkat infeksi COVID-19 di Inggris Raya. Peningkatan ini diperkirakan setidaknya sebagian karena perubahan N501Y.

Garis keturunan B.1.351

Artikel utama: 501.V2 Variant

Varian 501.V2, disebut juga 20H/501Y.V2, VOC-202012/02, atau garis keturunan B.1.351,[6] pertama kali terdeteksi di Afrika Selatan dan dilaporkan oleh departemen kesehatan negara itu pada tanggal 18 Desember 2020.[9] Peneliti dan pejabat melaporkan bahwa prevalensi varian tersebut lebih tinggi di antara orang muda tanpa penyebab yang jelas dan, dibandingkan dengan varian lain, varian ini lebih sering mengakibatkan penyakit serius dalam kasus tersebut.[10][11] Departemen Kesehatan Afrika Selatan juga mengindikasikan bahwa varian tersebut mungkin mendorong gelombang kedua pandemi COVID-19 di negara tersebut karena varian tersebut menyebar lebih cepat daripada varian virus sebelumnya lainnya.[9][10]

Mutasi penting


E484K

Mutasi E484K berarti perubahan dari asam glutamat (E) menjadi lisina (K) pada posisi asam amino 484.[12] Mutasi ini dilaporkan termasuk mutasi kabur, yaitu mutasi yang memudahkan virus untuk kabur dari sistem kekebalan tubuh inangnya,[13][14] dari setidaknya satu bentuk antibodi monoklonal terhadap SARS-CoV-2.[15] Mutasi E484K ada dalam varian garis keturunan P.1 (Jepang dan Manaus),[16] garis keturunan P.2 (Brazil, juga dikenal dengan B.1.1.248),[17] dan varian 501.V2 (Afrika Selatan).[15]

N501Y

Mutasi N501Y berarti perubahan dari asparagina (N) menjadi tirosina (Y) pada posisi asam amino 501.[18] Mutasi ini diyakini dapat meningkatkan kemampuan virus untuk mengikat sel manusia.[5] Mutasi N501Y ada dalam varian P.1 (Jepang dan Brazil),[15][16] Variant of Concern 202012/01 (Britania Raya), 501.V2 (Afrika Selatan), dan COH.20G/501Y (Columbus, Ohio).

Referensi

  1. ^ Zhukova, Anna; Blassel, Luc; Lemoine, Frédéric; Morel, Marie; Voznica, Jakub; Gascuel, Olivier (24 November 2020). "Origin, evolution and global spread of SARS-CoV-2". Comptes Rendus Biologies: 1–20. doi:10.5802/crbiol.29  . 
  2. ^ Koyama, Takahiko Koyama; Platt, Daniela; Parida, Laxmi (Juni 2020). "Variant analysis of SARS-CoV-2 genomes". Bulletin of the World Health Organization. 98: 495–504. doi:10.2471/BLT.20.253591. We detected in total 65776 variants with 5775 distinct variants. 
  3. ^ "De fleste restriktioner læmpes i Nordjylland" [Kebanyakan Pembatasan Sosial di Jutlandia Utara Dilonggarkan]. Sundheds- og Ældreministeriet. 19 November 2020. 
  4. ^ Rambaut, Andrew; Loman, Nick; Pybus, Oliver; Barclay, Wendy; Barrett, Jeff; Carabelli, Alesandro; Connor, Tom; Peacock, Tom; L. Robertson, David; Vol, Erik (2020). Preliminary genomic characterisation of an emergent SARS-CoV-2 lineage in the UK defined by a novel set of spike mutations (Laporan). Written on behalf of COVID-19 Genomics Consortium UK. Diakses tanggal 20 Desember 2020. 
  5. ^ a b Chand, Meera; Hopkins, Susan; Dabrera, Gavin; Achison, Christina; Barclay, Wendy; Ferguson, Neil; Volz, Erik; Loman, Nick; Rambaut, Andrew; Barrett, Jeff (21 Desember 2020). Investigation of novel SARS-COV-2 variant: Variant of Concern 202012/01 (PDF) (Laporan). Public Health England. Diakses tanggal 23 Desember 2020. 
  6. ^ a b CDC. "Emerging SARS-CoV-2 Variants" (dalam bahasa Inggris). Centers for Disease Control and Prevention. Diakses tanggal 4 Januari 2021.    Artikel ini memuat teks dari sumber tersebut, yang berada dalam ranah publik.
  7. ^ "New evidence on VUI-202012/01 and review of the public health risk assessment". khub.net. 15 Desember 2020. 
  8. ^ "COG-UK Showcase Event - YouTube". YouTube. Diakses tanggal 25 Desember 2020. 
  9. ^ a b "South Africa announces a new coronavirus variant". The New York Times. 18 Desember 2020. Diakses tanggal 20 Desember 2020. 
  10. ^ a b Wroughton, Lesley; Bearak, Max (18 Desember 2020). "South Africa coronavirus: Second wave fueled by new strain, teen 'rage festivals'". The Washington Post. Diakses tanggal 20 Desember 2020. 
  11. ^ Mkhize, Dr Zwelini (18 December 2020). "Update on Covid-19 (18th December 2020)" (Siaran pers). South Africa. COVID-19 South African Online Portal. Diakses tanggal 23 Desember 2020. Our clinicians have also warned us that things have changed and that younger, previously healthy people are now becoming very sick. 
  12. ^ Greenwood, Michael (15 Januari 2021). ""What Mutations of SARS-CoV-2 are Causing Concern?"". News Medical Lifesciences. Diakses tanggal 16 Januari 2021. 
  13. ^ "escape mutation". HIV i-Base. 11 Oktober 2012. Diakses tanggal 19 Februari 2021. 
  14. ^ Wise, Jacqui (5 Februari 2021). "Covid-19: The E484K mutation and the risks it poses". The BMJ. 372: n359. doi:10.1136/bmj.n359  . ISSN 1756-1833. 
  15. ^ a b c "Brief report: New Variant Strain of SARS-CoV-2 Identified in Travelers from Brazil" (PDF) (Siaran pers). Jepang: NIID (National Institute of Infectious Diseases). 12 Januari 2021. Diakses tanggal 14 Januari 2021. 
  16. ^ a b "Genomic characterisation of an emergent SARS-CoV-2 lineage in Manaus: preliminary findings". Virological (dalam bahasa Inggris). 12 Januari 2021. Diakses tanggal 23 Januari 2021. 
  17. ^ Voloch, Carolina M.; F, Ronaldo da Silva; Almeida, Luiz G. P. de; Cardoso, Cynthia C.; Brustolini, Otavio J.; Gerber, Alexandra L.; Guimarães, Ana Paula de C.; Mariani, Diana; Costa, Raissa Mirella da; Ferreira, Orlando C.; Workgroup, Covid19-UFRJ (26 Desember 2020). "Genomic characterization of a novel SARS-CoV-2 lineage from Rio de Janeiro, Brazil". Le Phare de l'Esperanto (dalam bahasa Inggris). doi:10.1101/2020.12.23.20248598. ISSN 2024-8598 – via MedRxiv. 
  18. ^ COG-UK update on SARS-CoV-2 Spike mutations of special interest: Report 1 (PDF) (Laporan). COVID-19 Genomics UK Consortium (COG-UK). 20 December 2020. hlm. 7. Diarsipkan dari versi asli (PDF) tanggal 25 Desember 2020. Diakses tanggal 31 Desember 2020. 

Pranala luar

 
Scholia memiliki profil tentang Varian SARS-CoV-2 (Q104450895).
Diperoleh dari "https://wiki-indonesia.club/w/index.php?title=Varian_SARS-CoV-2&oldid=18060578"