Wikipedia

Varian Alpha SARS-CoV-2

Varian dari SARS-CoV-2
Revisi sejak 2 Maret 2021 16.00 oleh S Rifqi (bicara | kontrib) (pengembangan artikel; sifat)

Garis keturunan B.1.1.7 (terkadang ditulis B117, bahasa Inggris: Lineage B.1.1.7), disebut juga 20I/501Y.V1 atau Variant of Concern 202012/01 (VOC-202012/01) atau dikenal luas sebagai varian Inggris (baca § Nama), adalah sebuah varian dari SARS-CoV-2, virus yang menyebabkan penyakit penyakit koronavirus 2019 (COVID-19). Varian ini adalah salah satu dari beragam varian yang dianggap penting yang diperkirakan 40%–80% lebih mudah menular daripada varian asalnya (baca § Transmisi). Varian ini ditemukan pada bulan November 2020 dari sampel yang diambil pada September 2020 selama pandemi COVID-19 di Britania Raya; varian ini menyebar cepat pada pertengahan Desember dan dikorelasikan dengan pertambahan jumlah infeksi SARS-CoV-2 di negara tersebut. Varian ini juga tercatat memiliki mutasi yang lebih banyak daripada normalnya.[3]

Negara-negara dengan kasus terkonfirmasi garis keturunan B.1.1.7.[1][2] Peta ini menampilkan data lawas per 23 Januari 2021.
Legenda:
  1000+ kasus terkonfirmasi
  100–999 kasus terkonfirmasi
  50–99 kasus terkonfirmasi
  10–49 kasus terkonfirmasi
  5–9 kasus terkonfirmasi
  2–4 kasus terkonfirmasi
  1 kasus terkonfirmasi
  Tiada nilai yang pasti
  Kasus suspek
  Tanpa kasus terkonfirmasi, tanpa penduduk, atau tanpa data

Per Januari 2021, lebih dari setengah pengurutan gen SARS-CoV-2 dilakukan di Britania Raya.[4] Hal ini mempertanyakan tentang asal-usul varian dan kemungkinan varian penting lain yang tersebar di seluruh dunia.[5][6]

Pada 2 Februari 2021, Kesehatan Masyarakat Inggris (PHE) melaporkan bahwa mereka telah menemukan dalam jumlah terbatas genom B.1.1.7 VOC-202012/01 dengan mutasi E484K[7] yang mereka sebut dengan Variant of Concern 202102/02 (VOC-202102/02).[8] Mutasi ini juga ada di varian Afrika Selatan dan Brazil dan dapat mengurangi keefektifan vaksin.[9]

Nama

Varian ini dikenal dalam berbagai nama. Dalam laporan pemerintah Britania Raya dan media massa, ia disebut dengan UK COVID-19 variant, UK coronavirus variant, UK variant,[10] atau (khususnya di luar Britania Raya) varian Britania Raya atau varian Inggris. Ia terkadang disebut varian Kent karena ditemukan pertama kali di Kent.[9][11]

Dalam dunia ilmiah, varian ini diberi nama the first Variant Under Investigation in December 2020 (VUI – 202012/01) pada awalnya oleh Kesehatan Masyarakat Inggris (PHE),[12][a] tetapi diklasifikasikan ulang menjadi Variant of Concern (Variant of Concern 202012/01, disingkat VOC-202012/01) oleh Meera Chand dan koleganya dalam laporan yang dipublikasikan oleh PHE pada 21 Desember 2020.[15][b] Dalam laporan yang ditulis oleh Andrew Rambaut dkk. yang mewakili Konsorsium Britania Raya untuk Genom COVID-19, dengan alat Pangolin, varian ini disebut Lineage B.1.1.7,[17] sedangkan Nextstrain menyebutnya dengan 20I/501Y.V1.[18]

Sifat

Genetika

Mutasi pada VOC-202012/01
(perubahan asam aminonya saja)
Gen Nukleotida Asam amino
Rangka
baca
terbuka 		C3267T T1001I
C5388A A1708D
T6954C I2230T
11288–11296 dihapus SGF 3675–3677 dihapus
Bulir 21765–21770 dihapus HV 69–70 dihapus
21991–21993 dihapus Y144 dihapus
A23063T N501Y
C23271A A570D
C23604A P681H
C23709T T716I
T24506G S982A
G24914C D1118H
ORF8 C27972T Q27stop
G28048T R52I
A28111G Y73C
N 28280 GAT→CTA D3L
C28977T S235F
Sumber: Chand dkk. (tabel 1, hlm. 5)
Catatan: N501Y berarti perubahan dari asparagina (N) menjadi
tirosina (Y) pada posisi asam amino 501.

Mutasi pada SARS-CoV-2 cukup sering: lebih dari empat ribu mutasi telah dideteksi hanya pada bulir proteinnya menurut Konsorsium Britania Raya untuk Genom COVID-19.[19]

Varian ini terdiri dari 23 mutasi: 14 mutasi tak bersinonim, 3 mutasi hapus, dan 6 mutasi bersinonim,[15] yaitu 17 mutasi yang mengubah protein dan 6 mutasi yang tidak berdampak.[20]

Mutasi E484K

Transmisi

Perkiraan kemampuan penularan varian ini beragam. Dalam sebuah pracetak, London School of Hygiene & Tropical Medicine melaporkan bahwa varian ini 56% (50%–74%) lebih mudah menular daripada varian lain di antara tiga wilayah di Inggris (Inggris Timur, Inggris Tenggara, dan London) pada Desember 2020,[21] sedangkan artikel yang telah ditelaah sejawat menyimpulkan bahwa varian ini 75% (70%–80%) lebih menular di Britania Raya antara Oktober dan November 2020.[22]

Salah satu perubahan penting pada varian ini adalah N501Y,[23] yaitu perubahan dari asparagina (N) menjadi tirosina (Y) pada posisi asam amino 501.[24] Mutasi ini diyakini dapat meningkatkan kemampuan virus untuk mengikat sel manusia.[15]

Penyebaran

Kasus B.1.1.7 mungkin lebih rendah di kebanyakan negara karena pengujian yang dipakai tidak membedakan varian ini dengan varian SARS-CoV-2 lainnya, terlebih lagi banyak infeksi SARS-CoV-2 yang tidak terdeteksi sama sekali. Pengurutan RNA diperlukan untuk mendeteksi varian ini.[25]

Pada tanggal 2 Maret 2021, Indonesia melaporkan kasus pertamanya untuk varian ini.[26][27][28]

Catatan kaki

  1. ^ Nama ini ditulis sebagai VUI 202012/01 (Variant Under Investigation, year 2020, month 12, variant 01) oleh GISAID[13] dan ECDC.[14]
  2. ^ Perbedaan di antara keduanya dijelaskan oleh PHE,

    SARS-CoV-2 variants, if considered to have concerning epidemiological, immunological, or pathogenic properties, are raised for formal investigation. At this point they are designated Variant Under Investigation (VUI) with a year, month, and number. Following a risk assessment with the relevant expert committee, they may be designated Variant of Concern (VOC).[16]

Referensi

  1. ^ "B.1.1.7 report". cov-lineages.org. Diakses tanggal 29 Januari 2021. 
  2. ^ "Tracking of variants: VUI202012/01 GR/501Y.V1 (B.1.1.7)". GISAID. Diakses tanggal 19 Februari 2021. 
  3. ^ Peacock, Sharon (22 Desember 2020). "Here's what we know about the new variant of coronavirus". The Guardian. 
  4. ^ Donnelly, Laura (26 Januari 2021). "UK to help sequence mutations of Covid around world to find dangerous new variants". The Telegraph. Diakses tanggal 28 Januari 2021. 
  5. ^ Schraer, Rachel (22 Desember 2020). "Covid: New variant found 'due to hard work of UK scientists". BBC. Diakses tanggal 30 Januari 2021. 
  6. ^ Sugden, Joanna (30 Januari 2021). "How the U.K. Became World Leader in Sequencing the Coronavirus Genome" . The Wall Street Journal. 
  7. ^ Investigation of novel SARS-CoV-2 variant Variant of Concern 202012/01: Technical briefing 5 (PDF) (Laporan). Public Health England. 2 Februari 2021. Diakses tanggal 2 Februari 2021. 
  8. ^ Public Health England (16 Februari 2021). "Variants: distribution of cases data". GOV.UK (dalam bahasa Inggris). Diakses tanggal 17 Februari 2021. 
  9. ^ a b Roberts, Michelle (2 Februari 2021). "UK variant has mutated again, scientists say". BBC News. Diakses tanggal 2 Februari 2021. 
  10. ^ Untuk daftar lengkap sumber berita yang memakai istilah-istilah ini, lihat UK Covid-19 variant, UK coronavirus variant, dan UK variant.
  11. ^ Boseley, Sarah (10 Februari 2021). "Mutated Kent Covid variant must be taken seriously, warns UK scientist". The Guardian. Diakses tanggal 10 Februari 2021. 
  12. ^ "PHE investigating a novel strain of COVID-19". Public Health England. 14 Desember 2020. 
  13. ^ "UK reports new variant, termed VUI 202012/01". GISAID. Diakses tanggal 20 Desember 2020. 
  14. ^ Threat Assessment Brief: Rapid increase of a SARS-CoV-2 variant with multiple spike protein mutations observed in the United Kingdom (PDF) (Laporan). European Centre for Disease Prevention and Control (ECDC). 20 Desember 2020. 
  15. ^ a b c Chand, Meera; Hopkins, Susan; Dabrera, Gavin; Achison, Christina; Barclay, Wendy; Ferguson, Neil; Volz, Erik; Loman, Nick; Rambaut, Andrew; Barrett, Jeff (21 Desember 2020). Investigation of novel SARS-COV-2 variant: Variant of Concern 202012/01 (PDF) (Laporan). Public Health England. Diakses tanggal 23 Desember 2020. 
  16. ^ "Variants: distribution of cases data". GOV.UK. 28 Januari 2021. Pada "Differences between a Variant of Concern and Varaint Under Investigation". Diakses tanggal 19 Februari 2021. 
  17. ^ Rambaut, Andrew; Loman, Nick; Pybus, Oliver; Barclay, Wendy; Barrett, Jeff; Carabelli, Alesandro; Connor, Tom; Peacock, Tom; L. Robertson, David; Vol, Erik (2020). Preliminary genomic characterisation of an emergent SARS-CoV-2 lineage in the UK defined by a novel set of spike mutations (Laporan). Written on behalf of COVID-19 Genomics Consortium UK. Diakses tanggal 20 Desember 2020. 
  18. ^ Callaway, Ewen (15 Januari 2021). "'A bloody mess': Confusion reigns over naming of new COVID variants". Nature News & Comment. doi:10.1038/d41586-021-00097-w  . Diakses tanggal 18 Januari 2021. ... Emma Hodcroft, a molecular epidemiologist at the University of Bern, Switzerland, who is part of Nextstrain, the SARS-CoV-2 naming effort that called the ‘UK variant’ 20I/501Y.V1. 
  19. ^ Wise, Jacqui (16 Desember 2020). "Covid-19: New coronavirus variant is identified in UK". The BMJ (dalam bahasa Inggris). 371: m4857. doi:10.1136/bmj.m4857  . ISSN 1756-1833. 
  20. ^ Peacock, Sharon (22 Desember 2020). "Here's what we know about the new variant of coronavirus". The Guardian. 
  21. ^ "Estimated transmissibility and severity of novel SARS-CoV-2 Variant of Concern 202012/01 in England". CMMID Repository. 23 Desember 2020. Diakses tanggal 24 Januari 2021 – via GitHub. 
    Dikutip dalam Pusat Pencegahan dan Pengendalian Penyakit Eropa (ECDC) (21 Januari 2021). "Risk related to the spread of new SARS-CoV-2 variants of concern in the EU/EEA – first update" (PDF). Stockholm: ECDC. hlm. 9. Diakses tanggal 24 Januari 2021. 
  22. ^ Leung, Kathy; Shum, Marcus HH; Leung, Gabriel M; Lam, Tommy TY; Wu, Joseph T (7 Januari 2021). "Early transmissibility assessment of the N501Y mutant strains of SARS-CoV-2 in the United Kingdom, October to November 2020". Eurosurveillance. Pusat Pencegahan dan Pengendalian Penyakit Eropa (ECDC). 26 (1). doi:10.2807/1560-7917.es.2020.26.1.2002106  . ISSN 1560-7917. 
    Dikutip dalam Pusat Pencegahan dan Pengendalian Penyakit Eropa (ECDC) (21 Januari 2021). "Risk related to the spread of new SARS-CoV-2 variants of concern in the EU/EEA – first update" (PDF). Stockholm: ECDC. hlm. 9. Diakses tanggal 24 Januari 2021. 
  23. ^ Wise, Jacqui (5 Februari 2021). "Covid-19: The E484K mutation and the risks it poses". The BMJ. 372: n359. doi:10.1136/bmj.n359  . ISSN 1756-1833. 
  24. ^ COG-UK update on SARS-CoV-2 Spike mutations of special interest: Report 1 (PDF) (Laporan). COVID-19 Genomics UK Consortium (COG-UK). 20 December 2020. hlm. 7. Diarsipkan dari versi asli (PDF) tanggal 25 Desember 2020. Diakses tanggal 31 Desember 2020. 
  25. ^ "Risk related to spread of new SARSCoV-2 variants of concern in the EU/EEA" (PDF). www.ecdc.europa.eu. 29 Desember 2020. Diakses tanggal 1 Februari 2021. 
  26. ^ "Dua Kasus Mutasi Corona Asal Inggris Ditemukan di Indonesia". CNN Indonesia. 2 Maret 2021. Diakses tanggal 2 Maret 2021. 
  27. ^ "Wamenkes Laporkan 2 Kasus Pertama Mutasi Corona B117 di Indonesia". detikHealth. 2 Maret 2021. Diakses tanggal 2 Maret 2021. 
  28. ^ Jawahir Gustav Rizal (2 Maret 2021). Sari Hardiyanto, ed. "Mutasi Virus Corona B.1.1.7 Sudah Masuk Indonesia". Kompas.com. Diakses tanggal 2 Maret 2021. 

Pranala luar

 
Scholia memiliki profil tentang Varian Alpha SARS-CoV-2 (Q104376647).


Diperoleh dari "https://wiki-indonesia.club/w/index.php?title=Varian_Alpha_SARS-CoV-2&oldid=18060814"