Pada Juli 2013, ia memenangkan gelar internasional senior pertamanya pada usia 15 tahun di Indonesia International Challenge, setelah mengalahkan Alamsyah Yunus di final dengan skor 21-17, 21-10. Pada tahun 2014, di turnamen Indonesia International Challenge, ia juga mencapai final namun kalah dari pemain veteran Korea SelatanLee Hyun-il dalam pertandingan 5 set, 10-11, 11-9, 11-5, 8-11, 3-11. Pada tahun 2013 dan 2014, Jonatan bersama Anthony Sinisuka Ginting dan Ihsan Maulana Mustofa merupakan andalan Indonesia di ajang Kejuaraan Dunia Junior BWF dan Kejuaraan Asia Junior BWF. Selama mengikuti kejuaraan tersebut, Jonatan selalu kalah di perempatfinal dalam kejuaraan perorangan.
Pada tahun 2015 Jonatan semakin sering mengikuti turnamen-turnamen senior di level yang lebih tinggi seperti Grand Prix, Grand Prix Gold, Super Series dan Super Series Premiere. Dia juga termasuk andalan Indonesia pada Sudirman Cup 2015, Sea Games 2015, Thomas Cup 2016, Sudirman Cup 2017 dan Sea Games 2017. Pada Indonesia Open Superseries Premiere 2015 dia berhasil mengalahkan pemain veteran Korea, Lee Hyun Il di babak kedua meskipun akhirnya langkahnya terhenti di perempat final. Setahun kemudian dia berhasil mengalahkan pemain terbaik sepanjang masa, Lin Dan di turnamen Indonesia Open Super Series Premiere 2016 dengan skor 21-12 21-12[3]. Dia berhasil meraih medali emas tunggal putra di Sea Game 2017 setelah mengalahkan Khosit Phetpradab dengan skor 21-19, 21-10. Di turnamen Korea Open Super Series 2017, secara mengejutkan dia dan rekannya Anthony Sinisuka Ginting berhasil menciptakan All Indonesian Final meskipun pada akhirnya dia menyerah atas lawannya dengan pertarungan rubber set 13-21, 21-19, 20-22[4]. Ini merupakan prestasi Indonesia setelah sembilan tahun absen menciptakan final sesama pemain bulu tangkis Indonesia di nomor tunggal putra. Kali terakhir Indonesia mampu menciptakan All Indonesian Final di nomor tunggal putra adalah turnamen Indonesai Open Super Series Premiere 2008[5].
BWF World Tour yang diumumkan pada tanggal 19 Maret 2017,[6] dan mulai dilaksanakan pada tahun 2018 adalah serangkaian turnamen bulutangkis elit, yang disetujui oleh Federasi Bulutangkis Dunia (BWF). BWF World Tour dibagi menjadi enam tingkatan, yaitu World Tour Finals, Super 1000, Super 750, Super 500, Super 300 (bagian dari HSBC World Tour), dan BWF Tour Super 100.[7]
BWF Superseries, dicanangkan sejak 14 Desember 2006 dan pertama kali digelar pada tahun 2007,[8] adalah rangkaian kejuaraan bulu tangkis tingkat atas, yang diselenggarakan oleh Federasi Bulu Tangkis Dunia (BWF). BWF Superseries mempunyai dua tingkat kejuaraan yaitu BWF Superseries dan Superseries Premier.
BWF Grand Prix adalah turnamen bulu tangkis yang diselenggarakan oleh Federasi Bulu Tangkis Dunia (BWF) sejak tahun 2007, yang terdiri dari dua tingkat kejuaraan yaitu BWF Grand Prix dan Grand Prix Gold.
Chou Tien Chen
Emas
Khosit Phetpradab
Chen Long
Pemenang Kedua
Kento Momota
Anthony Sinisuka Ginting
Ng Ka Long Angus
B. Sai Praneeth
Lee Hyun-il
