Polimorfisme Panjang Berkas Restriksi

Polimorfisme Panjang Fragmen Restriksi lebih dikenal sebagai RFLP (dari bahasa Inggris: Restriction Fragment Length Polymorphism). RFLP merupakan penanda molekul yang pertama ditemukan dan digunakan. Penggunaannya dimungkinkan semenjak orang menemukan enzim endonuklease restriksi (RE), suatu kelas enzim yang mampu mengenal dan memotong seurutan pendek basa DNA (biasanya 4-6 urutan basa). Enzim ini dihasilkan oleh bakteri dan dinamakan menurut spesies bakteri yang menghasilkannya. Contoh:

• EcoRI adalah enzim RE yang dihasilkan dari bakteri Escherichia coli strain RI (baca: R satu)
• BamHIII diperoleh dari bakteri Bacillus americanus strain HIII (H tiga).

RFLP bersifat kodominan dan cukup berlimpah serta polimorfik. Penanda ini juga mudah dipetakan dalam peta genetik dan bersifat stabil. Kelemahannya, penanda ini memerlukan DNA dalam jumlah besar, lama (memerlukan waktu tiga hari), serta melibatkan penggunaan pelabelan isotop radioaktif (meskipun kini telah ditemukan teknik tanpa radioaktif).