Varian SARS-CoV-2

Koronavirus sindrom pernapasan akut berat 2 (SARS-CoV-2), virus penyebab penyakit koronavirus 2019 (COVID-19), memiliki banyak varian; beberapa di antaranya dipercaya cukup penting. Artikel ini membahas varian-varian penting dari SARS-CoV-2 dan beberapa mutasi penting yang ditemukan di sebagian atau seluruh varian-varian ini.

Deret urutan WIV04/2019 yang termasuk klad S GISAID, garis keturunan A Pangolin, dan klad 19B Nextstrain kemungkinan menggambarkan pengurutanan genom virus asli yang menginfeksi manusia dan dikenal sebagai "urutan nol". Urutan ini dipakai secara luas dan menjadi urutan rujukan.^[1]

Pengelompokan

Meskipun ada ribuan varian SARS-CoV-2, ada juga pengelompokan yang jauh lebih besar yang disebut klad. Beberapa nomenklatur klad berbeda untuk SARS-CoV-2 telah diusulkan.^[2]

Mulai Desember 2020, GISAID—mengacu pada SARS-CoV-2 sebagai hCoV-19—mengidentifikasi tujuh klad (O, S, L, V, G, GH, dan GR).
Pada Desember 2020 pula, Nextstrain mengidentifikasi lima klad (19A, 19B, 20A, 20B, dan 20C).
Dalam artikel tahun 2020 di International Journal of Infectious Diseases, Guan dkk. mengidentifikasi lima klad global (G₆₁₄, S₈₄, V₂₅₁, I₃₇₈, dan D₃₉₂).
Rambaut dkk. mengusulkan istilah "garis keturunan" dalam artikel tahun 2020 di Nature Microbiology. Pada Desember 2020, telah ada lima garis keturunan utama (A, B, B.1, B.1.1, dan B.1.777) yang diidentifikasi.

Latar belakang

Meskipun kemunculan SARS-CoV-2 dihasilkan oleh rekombinasi genetika antara virus corona seperti SARS yang terdapat pada kelelawar dan tenggiling (melalui transmisi antar spesies),^[3] mutasi memainkan peranan yang penting pada evolusi dan kemunculan varian SARS-CoV-2 baru. ^[4]

Varian penting

Cluster 5

Cluster 5, juga disebut sebagai ΔFVI-spike oleh State Serum Institute (SSI) Denmark, ditemukan di Jutlandia Utara, Denmark, dan diyakini telah menyebar dari mink ke manusia melalui peternakan bulu. Pada 4 November 2020, diumumkan bahwa populasi cerpelai di Denmark akan dimusnahkan untuk mencegah kemungkinan penyebaran mutasi ini dan mengurangi risiko terjadinya mutasi baru. Karantina wilayah dan pembatasan perjalanan diberlakukan di tujuh kota di Jutlandia Utara untuk mencegah penyebaran mutasi yang dapat membahayakan tanggapan nasional atau internasional terhadap pandemi COVID-19.^[5]

Garis keturunan B.1.1.7 (Alpha)

Garis keturunan B.1.1.7,^[6] disebut juga 20I/501Y.V1 atau Variant of Concern 202012/01 (VOC-202012/01),^[7] sebelumnya dikenal sebagai Variant Under Investigation pertama pada Desember 2020 (VUI-202012/01), pertama kali terdeteksi pada Oktober 2020 selama pandemi COVID-19 di Britania Raya dari sampel yang diambil bulan sebelumnya.^[8] Sejak itu, prevalensinya menjadi dua kali lipat setiap 6,5 hari, perkiraan interval generasinya.^[9]^[10] Varian ini berkorelasi dengan peningkatan yang signifikan pada tingkat infeksi COVID-19 di Britania Raya. Peningkatan ini diperkirakan setidaknya sebagian karena mutasi N501Y. Pada tanggal 2 Maret 2021, Indonesia melaporkan kasus pertamanya untuk varian ini.^[11]^[12]^[13]

Garis keturunan B.1.351 (Beta)

Varian 501.V2, disebut juga 20H/501Y.V2, VOC-202012/02, atau garis keturunan B.1.351,^[14] pertama kali terdeteksi di Afrika Selatan dan dilaporkan oleh departemen kesehatan negara itu pada tanggal 18 Desember 2020.^[15] Peneliti dan pejabat melaporkan bahwa prevalensi varian tersebut lebih tinggi di antara orang muda tanpa penyebab yang jelas dan, dibandingkan dengan varian lain, varian ini lebih sering mengakibatkan penyakit serius dalam kasus tersebut.^[16]^[17] Departemen Kesehatan Afrika Selatan juga mengindikasikan bahwa varian tersebut mungkin mendorong gelombang kedua pandemi COVID-19 di negara tersebut karena varian tersebut menyebar lebih cepat daripada varian virus sebelumnya lainnya.^[15]^[16]

Catatan

Referensi

^ Zhukova, Anna; Blassel, Luc; Lemoine, Frédéric; Morel, Marie; Voznica, Jakub; Gascuel, Olivier (24 November 2020). "Origin, evolution and global spread of SARS-CoV-2". Comptes Rendus Biologies: 1–20. doi:10.5802/crbiol.29  . Diarsipkan dari versi asli tanggal 2021-02-21. Diakses tanggal 2021-03-02.
^ Koyama, Takahiko Koyama; Platt, Daniela; Parida, Laxmi (Juni 2020). "Variant analysis of SARS-CoV-2 genomes". Bulletin of the World Health Organization. 98: 495–504. doi:10.2471/BLT.20.253591. We detected in total 65776 variants with 5775 distinct variants.
^ Shahhosseini, Nariman; Wong, Gary; Kobinger, Gary; Chinikar, Sadegh (2021). "SARS-CoV-2 spillover transmission due to recombination event". Gene Reports. 23: 101045. doi:10.1016/j.genrep.2021.101045. PMC 7884226  . PMID 33615041 Periksa nilai |pmid= (bantuan).
^ Shahhosseini, Nariman; Babuadze, George; Wong, Gary; Kobinger, Gary (2021). "Mutation Signatures and In Silico Docking of Novel SARS-CoV-2 Variants of Concern". Microorganisms. 9 (5): 926. doi:10.3390/microorganisms9050926  . PMID 33925854 Periksa nilai |pmid= (bantuan). Diakses tanggal 4 May 2021.
^ "De fleste restriktioner læmpes i Nordjylland" [Kebanyakan Pembatasan Sosial di Jutlandia Utara Dilonggarkan]. Sundheds- og Ældreministeriet. 19 November 2020.
^ Rambaut, Andrew; Loman, Nick; Pybus, Oliver; Barclay, Wendy; Barrett, Jeff; Carabelli, Alesandro; Connor, Tom; Peacock, Tom; L. Robertson, David; Vol, Erik (2020). Preliminary genomic characterisation of an emergent SARS-CoV-2 lineage in the UK defined by a novel set of spike mutations (Laporan). Written on behalf of COVID-19 Genomics Consortium UK. Diakses tanggal 20 Desember 2020.
^ Chand, Meera; Hopkins, Susan; Dabrera, Gavin; Achison, Christina; Barclay, Wendy; Ferguson, Neil; Volz, Erik; Loman, Nick; Rambaut, Andrew; Barrett, Jeff (21 Desember 2020). Investigation of novel SARS-COV-2 variant: Variant of Concern 202012/01 (PDF) (Laporan). Public Health England. Diakses tanggal 23 Desember 2020.
^ CDC. "Emerging SARS-CoV-2 Variants" (dalam bahasa Inggris). Centers for Disease Control and Prevention. Diakses tanggal 4 Januari 2021. Artikel ini memuat teks dari sumber tersebut, yang berada dalam ranah publik.
^ "New evidence on VUI-202012/01 and review of the public health risk assessment". khub.net. 15 Desember 2020.
^ "COG-UK Showcase Event - YouTube". YouTube. Diakses tanggal 25 Desember 2020.
^ "Dua Kasus Mutasi Corona Asal Inggris Ditemukan di Indonesia". CNN Indonesia. 2 Maret 2021. Diakses tanggal 2 Maret 2021.
^ "Wamenkes Laporkan 2 Kasus Pertama Mutasi Corona B117 di Indonesia". detikHealth. 2 Maret 2021. Diakses tanggal 2 Maret 2021.
^ Jawahir Gustav Rizal (2 Maret 2021). Sari Hardiyanto, ed. "Mutasi Virus Corona B.1.1.7 Sudah Masuk Indonesia". Kompas.com. Diakses tanggal 2 Maret 2021.
^ CDC. "Emerging SARS-CoV-2 Variants" (dalam bahasa Inggris). Centers for Disease Control and Prevention. Diakses tanggal 4 Januari 2021. Artikel ini memuat teks dari sumber tersebut, yang berada dalam ranah publik.
^ ^a ^b "South Africa announces a new coronavirus variant". The New York Times. 18 Desember 2020. Diakses tanggal 20 Desember 2020.
^ ^a ^b Wroughton, Lesley; Bearak, Max (18 Desember 2020). "South Africa coronavirus: Second wave fueled by new strain, teen 'rage festivals'". The Washington Post. Diakses tanggal 20 Desember 2020.
^ Mkhize, Dr Zwelini (18 December 2020). "Update on Covid-19 (18th December 2020)" (Siaran pers). South Africa. COVID-19 South African Online Portal. Diakses tanggal 23 Desember 2020. Our clinicians have also warned us that things have changed and that younger, previously healthy people are now becoming very sick.

Pranala luar

Scholia memiliki profil tentang Varian SARS-CoV-2 (Q104450895).

CoVariants
(Inggris) Varian dan Mutasi Koronavirus (web interaktif dari New York Times)
(Inggris) Di Dalam Varian Koronavirus B.1.1.7 (web interaktif dari New York Times)

[1] Zhukova, Anna; Blassel, Luc; Lemoine, Frédéric; Morel, Marie; Voznica, Jakub; Gascuel, Olivier (24 November 2020). "Origin, evolution and global spread of SARS-CoV-2". Comptes Rendus Biologies: 1–20. doi:10.5802/crbiol.29  . Diarsipkan dari versi asli tanggal 2021-02-21. Diakses tanggal 2021-03-02.

[2] Koyama, Takahiko Koyama; Platt, Daniela; Parida, Laxmi (Juni 2020). "Variant analysis of SARS-CoV-2 genomes". Bulletin of the World Health Organization. 98: 495–504. doi:10.2471/BLT.20.253591. We detected in total 65776 variants with 5775 distinct variants.

[SARS-CoV-2_emergence_due_to_recombination_event-3] Shahhosseini, Nariman; Wong, Gary; Kobinger, Gary; Chinikar, Sadegh (2021). "SARS-CoV-2 spillover transmission due to recombination event". Gene Reports. 23: 101045. doi:10.1016/j.genrep.2021.101045. PMC 7884226  . PMID 33615041 Periksa nilai |pmid= (bantuan).

[SARS-CoV-2_variants_of_concern-4] Shahhosseini, Nariman; Babuadze, George; Wong, Gary; Kobinger, Gary (2021). "Mutation Signatures and In Silico Docking of Novel SARS-CoV-2 Variants of Concern". Microorganisms. 9 (5): 926. doi:10.3390/microorganisms9050926  . PMID 33925854 Periksa nilai |pmid= (bantuan). Diakses tanggal 4 May 2021.

[5] "De fleste restriktioner læmpes i Nordjylland" [Kebanyakan Pembatasan Sosial di Jutlandia Utara Dilonggarkan]. Sundheds- og Ældreministeriet. 19 November 2020.

[6] Rambaut, Andrew; Loman, Nick; Pybus, Oliver; Barclay, Wendy; Barrett, Jeff; Carabelli, Alesandro; Connor, Tom; Peacock, Tom; L. Robertson, David; Vol, Erik (2020). Preliminary genomic characterisation of an emergent SARS-CoV-2 lineage in the UK defined by a novel set of spike mutations (Laporan). Written on behalf of COVID-19 Genomics Consortium UK. Diakses tanggal 20 Desember 2020.

[Chand2020-7] Chand, Meera; Hopkins, Susan; Dabrera, Gavin; Achison, Christina; Barclay, Wendy; Ferguson, Neil; Volz, Erik; Loman, Nick; Rambaut, Andrew; Barrett, Jeff (21 Desember 2020). Investigation of novel SARS-COV-2 variant: Variant of Concern 202012/01 (PDF) (Laporan). Public Health England. Diakses tanggal 23 Desember 2020.

[CDC-8] CDC. "Emerging SARS-CoV-2 Variants" (dalam bahasa Inggris). Centers for Disease Control and Prevention. Diakses tanggal 4 Januari 2021. Artikel ini memuat teks dari sumber tersebut, yang berada dalam ranah publik.

[9] "New evidence on VUI-202012/01 and review of the public health risk assessment". khub.net. 15 Desember 2020.

[10] "COG-UK Showcase Event - YouTube". YouTube. Diakses tanggal 25 Desember 2020.

[11] "Dua Kasus Mutasi Corona Asal Inggris Ditemukan di Indonesia". CNN Indonesia. 2 Maret 2021. Diakses tanggal 2 Maret 2021.

[12] "Wamenkes Laporkan 2 Kasus Pertama Mutasi Corona B117 di Indonesia". detikHealth. 2 Maret 2021. Diakses tanggal 2 Maret 2021.

[13] Jawahir Gustav Rizal (2 Maret 2021). Sari Hardiyanto, ed. "Mutasi Virus Corona B.1.1.7 Sudah Masuk Indonesia". Kompas.com. Diakses tanggal 2 Maret 2021.

[CDC1-14] CDC. "Emerging SARS-CoV-2 Variants" (dalam bahasa Inggris). Centers for Disease Control and Prevention. Diakses tanggal 4 Januari 2021. Artikel ini memuat teks dari sumber tersebut, yang berada dalam ranah publik.

[b1351nytimes-15] "South Africa announces a new coronavirus variant". The New York Times. 18 Desember 2020. Diakses tanggal 20 Desember 2020.

[b1351washingtonpost-16] Wroughton, Lesley; Bearak, Max (18 Desember 2020). "South Africa coronavirus: Second wave fueled by new strain, teen 'rage festivals'". The Washington Post. Diakses tanggal 20 Desember 2020.

[17] Mkhize, Dr Zwelini (18 December 2020). "Update on Covid-19 (18th December 2020)" (Siaran pers). South Africa. COVID-19 South African Online Portal. Diakses tanggal 23 Desember 2020. Our clinicians have also warned us that things have changed and that younger, previously healthy people are now becoming very sick.

[1]

[2]

[3]

[4]

[5]

[6]

[7]

[8]

[9]

[10]

[11]

[12]

[13]

[14]

[15]

[16]

[17]