Infeksi
Infeksi adalah kolonisasi yang dilakukan oleh spesies asing terhadap organisme inang, dan bersifat membahayakan inang. Organisme penginfeksi, atau patogen, menggunakan sarana yang dimiliki inang untuk dapat memperbanyak diri, yang pada akhirnya merugikan inang. Patogen mengganggu fungsi normal inang dan dapat berakibat pada luka kronik, gangrene, kehilangan organ tubuh, dan bahkan kematian. Respons inang terhadap infeksi disebut inflamasi. Secara umum, patogen umumnya dikategorikan sebagai organisme mikroskopik, walaupun sebenarnya definisinya lebih luas, mencakup bakteri, parasit, fungi, virus, prions, dan viroid.
Simbiosis antara parasit dan inang, di mana satu pihak diuntungkan dan satu pihak dirugikan, digolongkan sebagai parasitisme. Cabang kedokteran yang menitikberatkan infeksi dan patogen adalah cabang penyakit infeksi.
Kolonisasi
"Kolonisasi" mengacu pada mikroorganisme yang tidak bereplikasi pada jaringan yang ditempatinya. Sedangkan "infeksi" mengacu pada keadaan di mana mikroorganisme bereplikasi dan jaringan menjadi terganggu. Semua organisme multisel mengalami kolonisasi oleh organisme lain sampai dengan tahap tertentu, yang umumnya bersifat mutualisme atau komensalisme. Contoh yang bersifat mutualisme adalah spesies bakteri anaerobik yang mengkolonisasi kolon manusia, sedangkan yang komensalisme adalah beberapa spesies staphylococcus pada kulit manusia. Jenis kolonisasi semacam itu tidak digolongkan sebagai infeksi. Perbedaan antara infeksi dan kolonisasi seringkali tergantung pada situasi dan kondisi. Organisme yang umumnya non-patogen bisa menjadi patogen pada kondisi tertentu. Selain itu, organisme yang sangat virulent sekalipun memerlukan kondisi tertentu untuk dapat menyebabkan infeksi yang berarti. Beberapa bakteri koloni, misalnya Corynebacteria sp. dan viridans streptococci, menghalangi pelekatan dan kolonisasi yang dilakukan oleh bakteri patogen, sehingga memberikan keuntungan bagi inang dengan mencegah infeksi dan mempercepat sembuhnya luka.