Sangaji Gamkonora adalah Penguasa lokal Independent di Halmahera yang memiliki wilayah kekuasaan sendiri dan batas wilayahnya dari gunung oon "kie oon" berbatasan dengan sahu di bagian selatan dan loloda "batu tua masoselo" mari poroco kaha tola di bagian utara dan ke pedalaman hutan berbatasan dengan kie madudu lembah Kaoe/Kau.
Penguasa Gamkonora awal berasal dari Trah Ratu Halmahera/Jailolo awal yang menikah dengan Raja Loloda. Menurut legenda Biku Sagara, Raja-raja Maluku berawal dari empat buah telur naga yang menetaskan tiga orang laki-laki dan seorang perempuan. Dari tiga orang anak laki-laki itu, seorang menjadi Raja Bacan, yang lain menjadi Raja Papua, dan seorang lagi menjadi penguasa Butung dan Banggai, sementara yang perempuan adalah Ratu Jailolo yang menjadi permaisuri Raja Loloda. Legenda ini sama seerti legenda lainnya di Nusantara yang kurang lebih sebagai kiasan sastra awal yang memiliki makna bahwa Naga dalam mitos bangsa Cina melambangkan bangsawan atau orang yang dipandang memiliki derajat kedudukan tinggi.
Ratu Jailolo (Mo-Mole ; Dia perempuan-Sakti) bertahta di Gamkonora tepatnya di Nguadi Cim/Ngidi Cim, sebuah sungai yang menghubungkan pemukiman orang Gamkonora awal dengan pesisir laut Halmahera Muka. Setelah menikah dengan Raja Jailolo untuk misi menguasai Halmahera, Mo-mole / Ratu dikenal dengan nama Boki Cendana.
Setelah Ratu Jailolo meninggal maka Loloda mampu melepaskan diri dan memantapkan wilayah kekuasaanya sendiri.
Tahun 1322 dalam beberapa literatur tercatat para penguasa di Maluku menggelar pertemuan yang dikenal dengan persekutuan Moti "Moti Verbond" ketika kabar Portugis mulai melirik Kepulauan Maluku untuk monopoli Cengkeh, muncullah penguasa baru Maluku dengan Raja dan wilayahnya masing-masing diantaranya Kerajaan Jailolo, Bacan Tidore dan Ternate. Dalam persekutuan ini Loloda tidak ikut.
Penguasa Gamkonora kemudian menjadi sebuah pemerintahan yang independen namun masih memakai gelar Rajamakawasa "Raja yang berkuasa", dan pada gilirannya gelar ini masih disematkan kepada setiap penguasa berikutnya yang bergelar Sangaji Gamkonora ketika Gamkonora menjadi vasal Kesultanan Ternate.
Tecatat tahun 1546, Sultan Ternate bernama Khairun menikah dengan saudara perempuan Laliatu Tomagola penguasa Gamkonora saat itu, perkawinan politik yang mampu mengikat hubungan Trah Ratu Jailolo untuk menguasai wilayah Eks-Jailolo awal. Untuk diketahui keturunan Boki Cendana "Ratu Jailolo" dikenal dengan Klan Tomagola atau Soang Sangaji.
Setelah pernikahan Khairun dengan Boki Gamkonora, Ternate akhirnya memiliki sumber daya baru untuk kebutuhan pasukan perang.
Tahun 1546 Penguasa Gamkonora Ramedi yang dikenal dengan nama Leliatu Tomagola "ipar Sultan Khairun" mampu mengumpulkan kawulanya yang hijrah ke Talaga Lina atas bantuan Portugis dan Ternate. Talaga Lina (Soang Linga) Sebuah danau di pedalaman Halmahera Utara, tempat persembunyian bala/rakyat Jailolo awal di masa Boki Cendana yang tiran berkuasa.
Dirunut kebelakang sepeninggal Boki Cendana, dan pecahnya perang Jailolo awal, Klan Tomagola sebagai keturunan langsung Boki Cendana kemudian bergabung dengan Terbate dan menjadi salah satu peletak dasar kesultanan Ternate Awal ketika Penguasa Gamkonora bernama Kibuba membantu Ternate dalam ekspansi ke wilayah kepulauan Amboina dan Seram di masa berkuasanya Sultan Zainal Abidin, awal mula Klan Tomagola Gamkonora turut andil dalam politik teritorial Kesultanan Ternate.
Berikutnya setiap Sangaji Gamkonora yang berkuasa harus dari Trah Boki Cendana "Ratu" yang belakangan di sebut Soang Sangaji. Meski nama Klan Tomagola lebih familiar di Kesultanan Ternate sebagai representatif Jailolo awal atau orang Gamkonora, namun di Gamkonora sendiri, Tomagola lebih dikenal sebagai nama sebuah lembah dekat sungai tempat menepinya Boki Cendana dan abdi dalamnya.
Di Gamkonora, setiap kepala Soang/Sobga (Soa/marga) ditunjuk oleh i’ingin (rakyat) dari perwakilan setiap Soang (Soa).
Soang (Soa/marga) di Gamkonora terdapa Soang Siol (Sembilan Soa/marga) yang terdiri dari:
- Salo'a
- Tadigel
- Biara ie
- Gam Longa
- Gaong Ngo'a
- Doi Tia
- Tala Antu
- Linga (Lina)
- Biti Mangi'id
Soang Lata atau Wala Lata (Empat Mata Rumah) sebagai representatif i'ingin rakyat dalam wilayah pemerintahan Gamkonora sekaligus pengambil kebijakan dunia luar untuk perang dan perdagangan.
Gamkonora memiliki 4 perwakilan pengambil kebijakan sebagai pertimbangan untuk penguasa Gamkonora dalam memerintah yakni terdiri dari ;
- Wala Raba-raba
- Wala Arab
- Wala Cina
- Wala Sa'e
Dalam struktur pemerintahan urusan dunia dibantu Jou Kapita, Jou Hukum Sangaji, Juru Tulis, Banyira/Fanyira, Juru mudi la'o, Baru-baru/prajurit, ake balo/ anak buah kapal perang sangaji, guda-guda/pekerja.
Untuk urusan bobato akhirat/keagamaan dan spiritual dibantu Imam, Khatib, Modim, Joguru, Juru mudi gunung/Paseba, Mu'alim / pemandu jalan ke Gunung Gamkonora.
Gamkonora menganut sistem semi-independent yang mengatur wilayah pemerintahan dan armada perangnya sendiri.