Mikoriza adalah kelompok fungi (jamur) yang bersimbiosis dengan sistem perakaran tumbuhan tingkat tinggi (tumbuhan berpembuluh, Tracheophyta). Terdapat juga fungi yang bersimbiosis dengan fungi lainnya, tetapi sebutan mikoriza biasanya adalah untuk mereka yang menginfeksi akar.

Mikoriza merupakan simbion yang obligat dan memerlukan akar tanaman untuk melengkapi daur hidupnya. Sebaliknya, beberapa tumbuhan bahkan ada yang tergantung pertumbuhannya dengan mikoriza. Beberapa jenis tumbuhan tidak tumbuh atau terhambat tanpa bantuan mikoriza. Misalnya semaian pinus biasanya gagal tumbuh setelah pemindahan apabila tidak terbentuk jaringan mikoriza di sekitar akarnya. Hanya sedikit kelompok tumbuhan yang tidak menjadi simbion, seperti dari Brassicaceae, Commelinaceae, Juncaceae, Proteaceae, Capparaceae, Cyperaceae, Polygonaceae, Resedaceae, Urticaceae, dan Caryophyllales.

Mikoriza dapat diinokulasi secara buatan. Namun demikian, inokulasi mikoriza komersial perlu bantuan mikoriza lokal, misalnya dengan menambahkan tanah dari tempat asal tumbuhan.

Endomikoriza dan ektomikoriza

Mikoriza dibagi menjadi dua kelompok berdasarkan cara menginfeksinya, yaitu ektomikoriza dan endomikoriza.

Ektomikoriza menginfeksi permukaan luar tanaman dan di antara sel-sel ujung akar. Ektomikoriza menyebabkan perubahan morfologi akar. Infektivitas tergantung isolat dan kultivar tumbuhan inang. Ekto: biasanya menginfeksi pohon2 komoditi kehutanan spt Betulaceae, Fagaceae, Pinaceae. Pada umumnya Basidiomycota. Miselia membentuk selubung di permukaan akar (hartig net). Akar2 memendek, membengkak, bercabang dikotom, dpt membentuk pigmen. Ektomikoriza kebanyakan bersimbiose dengan tanaman tahunan atau tanaman pohon. Beberapa diantaranya yang sempat tercatat adalah: sengon, jati, beberapa tanaman buah seperti mangga, rambutan, jeruk dsb. Bentuk simbiose ini dapat terlihat secara morfologis berupa jalinan miselia pada bagian rambut-rambut akar. Pada pengamatan mikroskopis dengan perbesaran 400 x dengan perlakuan staining menggunakan salah satu stain seperti LTB (Lactophnol Trypan Blue), nampak gambar yang cukup jelas dimana miselia mikoriza menempel dan pada bagian ujungnya menginfeksi permukaan akar tanaman. (Anton Muhibuddin, 2005). Beberapa jenis mikoriza tampak jelas secara mikroskopis tanpa proses pewarnaan pada bagian permukaan rambut akar tanaman.

Endomikoriza merupakan mikoriza yang menginfeksi bagian dalam akar tanaman di dalam dan di antara sel-sel pucuk akar. Endomikoriza banyak ditemukan pada tanaman semusim, seperti tanaman kacang-kacangan, padi, jagung, beberapa jenis sayuran, tanaman hias, dsb. Pengamatan mikroskopis pada perbesaran 100 x dengan perlakuan staining jels menunjukkan adanya vesikel dan kadang tampak pula arbuskula dalam sel tanaman yang terinfeksi oleh mikoriza. Infeksi mikoriza dalam sel tanaman yang ditunjukkan dengan terbentuknya vesikel dan arbuskula sangat penting dalam simbiose antara mikoriza dan tanaman. Dengan terbentuknya vesikel dan arbuskula dalam sel tanaman, berarti simbiose telah terjadi dengan sempurna dan tanaman sudah dapat menikmati hasil kerja mikoriza berupa unsur hara yang diserap dari dalam tanah (Anton Muhibuddin, 2006).

Menurut Anton Muhibuddin(2009)Keberadaan VAM dalam akar tanaman menyebabkan beberapa perubahan pada morfologi akar secara umum seperti perubahan struktur sel akar, kepekatan sitoplasma, dsb., namun tidak mempengaruhi perubahan fisiologi tanaman inang secara signifikan. Misalnya, jaringan konsentrasi senyawa yang mengatur pertumbuhan dan perubahan unsur kimia lain, meningkatkan laju fotosintesis, dan perubahan partisi fotosintetik untuk tunas dan akar. Potensi peningkatan penyerapan mineral dari tanah untuk perubahan dalam status nutrisi jaringan inang, pada gilirannya mengubah aspek struktural dan biokimia dari sel-sel akar. Beberapa hal di atas dapat mengubah permeabilitas membran sehingga kualitas dan kuantitas akar juga akan semakin meningkat. VAM juga mampu menginduksi perubahan komposisi mikroorganisme rhizosphere, sehingga tepat untuk disebut dengan "mycorrhizosphere" (Anton Muhibuddin, 2008). Pengaruh akhir dari proses tersebut adalah tanaman sehat, lebih mampu menahan tekanan lingkungan dan menoleransi atau mengurangi efek penyakit tanaman.

Tidak membentuk jaringan di permukaan tp masuk ke dalam korteks akar. Tiga kelompok: ericaceous (Ericales dengan sejumlah Ascomycota), orchidaceous (Orchidaceae dengan sekelompok Basidiomycota), M vesicular arbuskular (sejumlah tumbuhan berpembuluh dengan Endogonales), terbentuk struktur vesikula (gelembung) dan arbuskula dalam korteks akar. MVA dan ektomikoriza berguna bagi pertanian dan kehutanan. Ektomokoriza dpt ditumbuhkan scr axenik di lab shg mudah dikembangkan. MVA sulit ditumbuhkan secara aksenik (media buatan) shg diduga MVA merup obligat simbion.