Mikoriza adalah kelompok fungi (jamur) yang bersimbiosis dengan sistem perakaran tumbuhan tingkat tinggi (tumbuhan berpembuluh, Tracheophyta). Terdapat juga fungi yang bersimbiosis dengan fungi lainnya, tetapi sebutan mikoriza biasanya adalah untuk mereka yang menginfeksi akar.

Mikoriza Amanita menginfeksi ujung akar.

Mikoriza merupakan simbion yang obligat dan memerlukan akar tanaman untuk melengkapi daur hidupnya. Sebaliknya, beberapa tumbuhan bahkan ada yang tergantung pertumbuhannya dengan mikoriza. Beberapa jenis tumbuhan tidak tumbuh atau terhambat tanpa bantuan mikoriza. Misalnya semaian pinus biasanya gagal tumbuh setelah pemindahan apabila tidak terbentuk jaringan mikoriza di sekitar akarnya. Hanya sedikit kelompok tumbuhan yang tidak menjadi simbion, seperti dari Brassicaceae, Commelinaceae, Juncaceae, Proteaceae, Capparaceae, Cyperaceae, Polygonaceae, Resedaceae, Urticaceae, dan Caryophyllales.

Mikoriza dapat diinokulasi secara buatan. Namun demikian, inokulasi mikoriza komersial perlu bantuan mikoriza lokal, misalnya dengan menambahkan tanah dari tempat asal tumbuhan.

Endomikoriza dan ektomikoriza

Mikoriza dibagi menjadi dua kelompok berdasarkan cara menginfeksinya, yaitu ektomikoriza dan endomikoriza.

Ektomikoriza

Ektomikoriza menginfeksi permukaan luar tanaman dan di antara sel-sel ujung akar. Akibat serangannya, terlihat jalinan miselia berwarna putih pada bagian rambut-rambut akar, dikenal sebagai hartig net. Serangan ini dapat menyebabkan perubahan morfologi akar. Akar-akar memendek, membengkak, bercabang dikotom, dan dapat membentuk pigmen. Infektivitas tergantung isolat dan kultivar tumbuhan inang. Tumbuhan inangnya biasanya tumbuhan tahunan atau pohon. Beberapa di antaranya merupakan komoditi kehutanan dan pertanian seperti sengon, jati, serta beberapa tanaman buah seperti mangga, rambutan, dan jeruk. Selain itu pohon-pohon anggota Betulaceae, Fagaceae, dan Pinaceae juga menjadi inangnya. Pada umumnya ektomikoriza termasuk dalam Basidiomycota.

Endomikoriza

Endomikoriza menginfeksi bagian dalam akar, di dalam dan di antara sel-sel ujung akar (root tip). Hifa masuk ke dalam sel atau mengisi ruang-ruang antarsel. Jenis mikoriza ini banyak ditemukan pada tumbuhan semusim yang merupakan komoditi pertanian penting, seperti kacang-kacangan, padi, jagung, beberapa jenis sayuran dan [[tanaman hias[[. Infeksi ini tidak menyebabkan perubahan morfologi akar, tetapi mengubah penampilan sel dan jaringan akar. Berdasarkan tipe infeksinya, dikenal tiga kelompok endomikoriza: ericaceous (Ericales dengan sejumlah Ascomycota), orchidaceous (Orchidaceae dengan sekelompok Basidiomycota), dan vesicular arbuskular (sejumlah tumbuhan berpembuluh dengan Endogonales, membentuk struktur vesikula (gelembung) dan arbuskula dalam korteks akar) disingkat MVA.

Mikoriza vesikular-arbuskular

MVA dan ektomikoriza berguna bagi pertanian dan kehutanan. Ektomokoriza dpt ditumbuhkan scr aksenik di lab sehingga mudah dikembangkan. MVA sulit ditumbuhkan secara aksenik (media buatan) shg diduga MVA merupakan simbion obligat. Vesikula berbentuk butiran-butiran di dalam sitoplasma yang mengandung lipid dan menjadi alat reproduksi vegetatif mikoriza, khususnya bila sel pecah akibat rusaknya korteks akar. Arbuskula berwujud kumpulan hifa yang menembus plasmalema dan membantu transportasi hara di dalam sel tumbuhan. Pembentukan vesikula dan arbuskula dalam sel menunjukkan bahwa simbiosis telah terjadi dengan sempurna dan tanaman sudah dapat menikmati hasil kerja mikoriza berupa unsur hara yang diserap dari dalam tanah. Selain vesikula dan arbuskula, terbentuk hifa eksternal yang dapat membantu memperluas ruang penyerapan hara oleh akar. Pada bawang merah, misalnya, panjang hifa eksternal dapat mencapai 80 cm per satu cm panjang akar. Menurut Anton Muhibuddin(2009)Keberadaan VAM dalam akar tanaman menyebabkan beberapa perubahan pada morfologi akar secara umum seperti perubahan struktur sel akar, kepekatan sitoplasma, dsb., namun tidak mempengaruhi perubahan fisiologi tanaman inang secara signifikan. Misalnya, jaringan konsentrasi senyawa yang mengatur pertumbuhan dan perubahan unsur kimia lain, meningkatkan laju fotosintesis, dan perubahan partisi fotosintetik untuk tunas dan akar. Potensi peningkatan penyerapan mineral dari tanah untuk perubahan dalam status nutrisi jaringan inang, pada gilirannya mengubah aspek struktural dan biokimia dari sel-sel akar. Beberapa hal di atas dapat mengubah permeabilitas membran sehingga kualitas dan kuantitas akar juga akan semakin meningkat. VAM juga mampu menginduksi perubahan komposisi mikroorganisme rhizosphere, sehingga tepat untuk disebut dengan "mycorrhizosphere" (Anton Muhibuddin, 2008). Pengaruh akhir dari proses tersebut adalah tanaman sehat, lebih mampu menahan tekanan lingkungan dan menoleransi atau mengurangi efek penyakit tanaman.