Institut Studi Islam Darussalam (ISID) didirikan pada tanggal 1 Rajab 1383 / 17 November 1963 oleh tiga serangkai pendiri [Pondok Modern Darussalam Gontor], mereka itu ialah KH Ahmad Sahal, KH. Zaenuddin Fananie, KH. Imam Zarkasyi. Kegiatan pembelajaran di ISID dimulai dengan membuka dua fakultas, yaitu fakultas tarbiyah dan fakultas ushuluddin. Kemudian dalam perkembangannya, tahun 1990, ISID membuka satu fakultas lagi, yaitu fakultas syariah. Pada mulanya, ISID hanya mempunyai satu kampus di Gontor, kemudian pada tahun 1990 membuka kampus putri di Sambirejo, Mantingan, [Ngawi], tahun 1996 dibuka Kampus Baru ISID di Siman [Ponorogo], dan pada tahun 2000 telah dibuka kampus ISID di [Kediri], pada tahun 2008 juga telah dibuka kampus putri di [Kediri] dan pada tahun 2009 telah dibuka juga kampus putra di Sawangan [Magelang]; 5 kampus berada di propinsi Jawa Timur dan 1 Kampus berada di propinsi Jawa Tengah. Pendirian ISID ini dimaksudkan sebagai rintisan awal bagi terwujudnya Universitas Islam yang bermutu dan berarti sekaligus bermanfaat bagi kemajuan ummat dan bangsa.

Fakultas

ISID memiliki 3 fakultas:

Tarbiyah (Pendidikan Agama Islam, Pendidikan Bahasa Arab)
Ushuluddin (Perbandingan Agama, Aqidah Filsafat)
Syari'ah (Perbandingan Madzhab dan Hukum, Mu'amalat)

ISID juga mempunyai program pascasarjana S2 jurusan Aqidah