Sejumlah 42 tim nasional Zona Asia berpartisipasi dalam kualifikasi ini. Namun Kamboja, Filipina, Brunei, dan Bhutan memutuskan untuk tidak turut serta, sementara Myanmar dilarang ikut oleh FIFA karena menolak bermain saat kualifikasi musim lalu di Teheran, Iran. Pada akhirnya, 39 tim ambil bagian, memperebutkan 4 atau 5 tempat di putaran final di Jerman.
Proses kualifikasi dibagi dalam tiga babak.
Babak Pertama: 14 tim berperingkat terendah menurut FIFA dibagi 2 – 2 dan akan bermain satu sama lain kandang – tandang. 7 tim pemenang akan bergabung dengan 25 tim lain yang langsung lolos ke Babak Kedua.
Babak Kedua: 25 tim yang otomatis lolos ke babak ini ditambah 7 tim yang lolos dari Babap Pertama dibagi dalam 8 grup yang masing – masing terdiri atas 4 tim yang akan bermain satu sama lain kandang – tandang. Pemuncak masing – masing grup akan melaju ke Babak Ketiga.
Babak Ketiga: 8 tim tersisa dibagi menjadi 2 grup yang masing – masing terdiri atas 4 tim. 2 tim pemuncak masing – masing grup akan melaju ke putaran final. Sementara, peringkat ketiga masing – masing grup akan bermain kandang – tandang dan pemenangnya akan mewakili AFC dalam pertandingan play-off melawan wakil CONCACAF untuk mendapatkan tiket ke putaran final.
Jika 2 atau lebih tim yang imbang dalam perolehan poin dalam akhir pertandingan babak penyisihan grup, tim yang imbang akan diperingkatkan menurut ketentuan berikut, yaitu:
jumlah poin yang lebih ditinggi yang diraih dalam pertandingan antara tim yang imbang
selisih gol dalam pertandingan antara tim yang imbang
jumlah gol yang dicetak dalam pertandingan antara tim yang imbang
selisih gol dalam seluruh pertandingan babak grup
jumlah gol yang dicetak dalam seluruh pertandingan babak grup
hasil dari sebuah pertandingan play-off di sebuah stadion netral, dengan perpanjangan waktu dan adu penalti jika diperlukan
Guam dan Nepal yang seharusnya bermain satu sama lain, mengundurkan diri, sehingga FIFA memutuskan untuk memilih tim terbaik yang gagal melaju namun beruntung, yang nantinya akan melaju ke babak kedua. Para tim yang gagal melaju dibandingkan, dengan menggunakan kriteria "tie-break" sebagai berikut:
jumlah poin yang lebih ditinggi yang diraih dalam pertandingan
selisih gol dalam pertandingan yang telah dilakukan
jumlah gol yang dicetak dalam pertandingan yang telah dilakukan
Dari hasil pembandingan seluruh tim yang gagal melaju, Laos keluar sebagai tim terbaik dan melaju ke babak kedua.
Dalam pertandingan leg pertama, Uzbekistan mampu unggul 1 gol atas Bahrain dalam pertandingan di Tashkent yang diwarnai dengan ke-kontroversialan wasit Toshimatsu Yoshida asal Jepang. Selengkapnya: