Daftar Rektor Universitas Islam Indonesia
artikel daftar Wikimedia
Daftar Rektor UIN Sunan Kalijaga Yogyakarta adalah sebagai berikut:
| No. | Foto | Nama | Dari | Sampai | Keterangan |
| 1. | Prof. KH. Abdul Kahar Muzakkir | 1945 | 1948 | ||
| 1948 | 1960 | ||||
| 2. | Prof. Mr. RHA. Kasmat Bahuwinangun | 1960 | 1963 | ||
| 3. | Prof. Dr. Sardjito | 1963 | 1970 | ||
| 4. | H. GBPH Prabuningrat | 1970 | 1973 | Presidium Rektor | |
| 1973 | 1982 | ||||
| 5. | Prof. Dr. Ace Partadiredja | 1982 | 1989 | ||
| Prof. H. Zaini Dahlan, MA | 1989 | 1989 | Presidium Rektor | ||
| 6. | Prof. Dr. H. Zanzawi Soejoeti, M.Sc. | 1990 | 1993 | ||
| 1993 | Januari 1994 | Pjs. Rektor | |||
| 7. | Prof. H. Zaini Dahlan, MA | 1994 | 1998 | ||
| 1998 | 2002 | ||||
| 8. | Dr. Ir. Luthfi Hasan, MS. | 2002 | 2006 | ||
| 9. | Prof. Dr. Drs. Edy Suandi Hamid, M.Ec. | 2006 | 2010 |