Biologi sistem
Biologi sistem merupakan penggabungan dari beberapa cabang ilmu, seperti genomik (genomics), biokimia, dan biologi molekuler. Ilmu biologi sistem bertujuan untuk mendapatkan pemahaman yang menyeluruh (holistik) terhadap mahkluk hidup sebagai kesatuan sistem. Beberapa strategi yang dipilih dalam biologi sistem antara lain adalah pengukuran kuantitatif komponen selular dalam tingkat mRNA, protein, dan metabolit, pengembangan model matematika yang menggabungkan pemahaman biokimia dengan data-data yang dihasilkan oleh eksperimen dengan output data bervolume tinggi, aplikasi mikroorganisme. Karena yang dianalisa merupakan data bervolume tinggi, dibutuhkan semacam perangkat mutakhir untuk mengolah, menganalisa, memvisualisasi, dan mensimulasikan data tersebut. Disinilah pengembangan ilmu bioinformatika berperan.[1]
Perangkat Lunak
Systems Biology Markup Language
Untuk memudahkan analisa, evaluasi, dan penyebaran data-data eksperimen yang kompleks, dibutuhkan suatu standar informasi. System Biology Markup Language (SBML) adalah suatu format standar untuk merepresentasikan model reaksi biokimia dan jejaring regulasinya dakam bentuk formal, kualitatif, maupun kuantitatif. Format ini telah diadopsi oleh lebih dari 180 peranti lunak yang terkait dengan pemodelan informasi biologi [2][1].
Sistems Biology Workbench
Sistems Biology Workbench (SWB) adalah sebuah kerangka peranti lunak (framework software) yang berisi bermacam-macam tools biologi sistematik. Tools ini dapat berupa tools untuk membangun, menyunting, dan melihat jejaring biokimia, tools untuk simulasi, dan tools untuk meng-import terjemaham dari hasil pemodelan. Peranti lunak ini dapat dipakai untuk menerjemahkan satu komponen biologi sistematik ke komponen lainnya. Dengan adanya perangkat ini, ilmuwan tidak perlu lagi menggunakan berbagai sofware untuk pemodelan, analisis, visualiasi, dan analisa data biologi sistematik [1] [3].
CellDesigner
CellDesigner adalah program berbasis Java yang dapat dipakai untuk membangun dan menyunting jejaring biokimia. Versi CellDesigner terkini telah memperbolehkan meng-import model dalam format SBML dan mendukung penampilan jejaring biokimia yang didasarkan oleh bahasa diagram proses yang didefinisikan oleh SBGN. Dengan CellDesigner, model dapat dismulasikan dengan tools simulator yang tersedia, atau dengan tools simulator eksternal, seperti yang disediakan oleh SWB [1] [4] .
COPASI
COPASI adalah simulator model independen yang bekerja untuk file yang terkode dalam format SBML. COPASI mampu mensimulasikan model yang didasarkan pada Ordinary Differential Equation (ODESs) dan model stokastik mengunakan alogaritma Gillespie. COPASI menyediakan perangkat untuk analisis visual data simulasi dan juga mampu menjalanankan analisis kontrol metabolisme pada keadaan steady state (Sahle et al. 2006Kesalahan pengutipan: Tag <ref> harus ditutup oleh </ref>
Data Primer Biologi Molekular dan Aplikasinya
Sampai saat ini, salah satu pencapaian pengembangan ilmu bioinformatika yang paling penting adalah tersusunnya basis data biologi molekuler skala besar. Basis data primer seperti GenBank atau Protein Data Bank sangat berkontribusi dalam membantu riset-riset dalam bidang biologi sistematik untuk berkembang (Likić et al. 2010). Salah satu bentuk aplikasinya dalam penelitian biologi sistematik adalah konstruksi jalur metabolik Ralstonia eutropha H16 untuk memahai jejaring metabolik sampai tingkat sistem dengan mengkombinasikan informasi dari basis data. literatur, dan eksperiimen(Park et al. 2011).
Referensi
- ^ a b c d [1]Likić V a, McConville MJ, Lithgow T, Bacic A. 2010. Systems biology: the next frontier for bioinformatics. Adv. Bioinformatics: 1-10.
- ^ [2]Hucka M, Finney A, Bornstein BJ, Keating SM, Shapiro BE, Matthews J, Kovitz BL, Schilstra MJ, Funahashi A, Doyle JC, et al. 2004. Evolving a lingua franca and associated software infrastructure for computational systems biology : the Systems Biology Markup Language ( SBML ) project. Syst. Biol. 1: 41-53.
- ^ [3]Sauro HM, Hucka M, Finney A, Wellock C, Bolouri H, Doyle J, Kitano H. 2003. Next generation simulation tools: the Systems Biology Workbench and BioSPICE integration. OMICS 7:355–72.
- ^ [openwetware.org/images/c/c0/Funahashi.pdf] Funahashi A, Morohashi M, Kitano H, Kitano H, Tanimura N, Kitano H, Kitano H, Morohashi M. 2003. CellDesigner : a process diagram editor for gene-regulatory and biochemical network. Biosilico 1:159–162.