Primer DNA adalah sekuens DNA yang komplemen terhadap sekuens yang akan diamplifikasi, terutama dalam reaksi berantai polimerase (PCR) [1]. Batasannya, primer ini akan menempel pada kedua ujung sekuens DNA yang ingin diamplifikasi dengan arah yang berkebalikan (utas sense dan antisense) [1]. Dalam suatu reaksi berantai polimerase digunakan dua primer, yaitu primer maju dan primer mundur [1]. Kedua primer ini harus ada dalam reaksi polimerasi agar amplifikasi DNA terjadi [1]. Molekul primer dapat berupa molekul DNA, RNA, atau bahkan protein spesifik [2]. Biasanya, primer yang digunakan pada PCR adalah molekul DNA [2]. Pada akhir proses PCR akan terdapat sejumlah besar fragmen-fragmen pendek DNA hasil amplifikasi [2]. Setelah dilakukan amplifikasi, terdapat berbagai cara untuk melihat hasilnya [2]. Salah satu diantaranya adalah elektroforesis gel [2].

Primer Maju dan Primer Mundur

Sintesis Primer

Jenis Primer

Visualisasi

Visualisasi dengan elektroforesis gel dapat dilakukan setelah proses amplifikasi terjadi untuk melihat hasil DNA yang terbentuk [2]. Apabila terdapat delesi untuk suatu lokasi templat, akan terjadi polimorfisme [2]. Dengan elektroforesis gel, akan terlihat pita yang terputus-putus apabila terdapat polimorfisme [2].


Referensi

  1. ^ a b c d (Inggris) Carson S, Robertson D (2006). Manipulation and Expression of Recombinant DNA: A Laboratory Manual. Elsevier, Burlington. 
  2. ^ a b c d e f g h (Inggris) Joshsi J, Manandhar L, Shrestha P, Gupta R, Manadhar R, Shrestha S (2012). "Random amplification of polimorphic DNA analysis for genetic characterization of two breeds of dogs, German Shepherd and Japanese Spitz". Nepal J Sci Technol. 13 (2): 73-78.