Daftar bendera Indonesia

Daftar bendera Indonesia adalah daftar bendera yang ada pada saat ini dan masih digunakan maupun yang tidak digunakan lagi, termasuk bendera-bendera gerakan separatis yang tidak diakui oleh pemerintah Indonesia.

Bendera nasional (menurut kode FIAV)

	Bendera sipil	Bendera negara	Bendera perang
Di darat
Di laut

Bendera daerah

Bendera Bali
Bendera Bandung
Bendera Banten
Bendera Jakarta
Bendera Yogyakarta
Bendera Maluku

Bendera Maluku

Bendera kerajaan daerah

Bendera Aceh
Bendera Kesultanan Aceh
Bendera Kesultanan Asahan
Bendera Kesultanan Pontianak
Bendera Kerajaan Pagaruyung
Bendera Kesultanan Lingga

Bendera Kesultanan Lingga

Bendera negara bagian Republik Indonesia Serikat

Bendera Negara Indonesia Timur (1946-1950)
Bendera Negara Sumatera Timur
Bendera Negara Sumatera Selatan
Bendera Negara Pasundan
Bendera negara-negara bagian lain di Republik Indonesia Serikat

Bendera gerakan separatis

Bendera gerakan separatis Aceh
Bendera gerakan separatis Riau
Bendera gerakan separatis Riau
Bendera gerakan separatis Papua Barat (Bintang Kejora)
Bendera gerakan separatis Papua Barat (Bintang Kejora)
Bendera gerakan separatis Maluku Selatan
Bendera gerakan separatis Sulawesi
Bendera Timor Timur sebelum memisahkan diri