Anatomi tumbuhan atau fitotomi merupakan analogi dari anatomi manusia atau hewan. Walaupun secara prinsip kajian yang dilakukan adalah melihat keseluruhan fisik sebagai bagian-bagian yang secara fungsional berbeda, secara metodik, anatomi tumbuhan berceda dengan anatomi hewan. Organ tumbuhan terekspos dari luar, sehingga umumnya tidak perlu dilakukan "pembedahan".

Anatomi tumbuhan biasanya dibagi menjadi tiga bagian berdasarkan hierarki dalam kehidupan:

  • Organologi
  • Histologi
  • Sitologi

Morfologi tumbuhan juga sering kali dikaji bersama-sama dengan anatomi tumbuhan.

Organologi

Organologi mengkaji tentang jaringan-jaringan yang menyusun suatu organ. Contoh : 1. organ akar tersusun dari : epidermis, parenkim, endodermis, jaringan penyokong, jaringan pembuluh, dan kambium pada tanaman dikotil. 2. organ batang tersusun dari : epidermis, parenkim, endodermis, jaringan penyokong, jaringan pembuluh, dan kambium pada tanaman dikotil. 3. organ daun tersusun dari : epidermis, jaringan palisade, jaringan spons, dan jaringan pembuluh.

Histologi

Histologi tumbuhan mengkaji jenis-jenis sel (berdasarkan bentuk dan fungsi) yang menyusun suatu jaringan.

Sitologi

Sitologi mengkaji fungsi berbagai sel dan organel-organel khas pendukung fungsi tersebut.