Flavoprotein merupakan salah satu protein yang terdapat dalam rantai transpor elektron. Flavoprotein akan menerima elektron dari NADH dehidrogenase. Flavoprotein merupakan turunan dari asam amino riboflavin. Bagian flavin terikat pada protein, merupakan kelompok protestik yang direduksi yang akan menerima elektron dan proton dan dioksidasi ketika elektron tersebut menuju carrier yang lain dalam rantai tersebut. Flavoprotein mengambil elektron dan proton, tetapi yang akan diteruskan ke carrier yang lain hanyalah elektron. Dua buah flavin secara umum ditemukan dalam sel adalah flavin mononukleotida (FMN) dan flavin adenin dinukleotida (FAD). FMN akan terikat pada ribosa dan adenin melalui fosfat kedua. Riboflavin atau vitamin B12 merukana sumber utama flavin untuk flavoprotein dan dibutuhkan sebagai faktor pertumbuhan bagi beberapa organisme.