Pengguna:BP58Erika/bak pasir
Bioinformatika secara luas diartikan sebagai penggunaan komputer untuk mengolah, menganalisi, dan menggunakan informasi biologis. [1] Istilah bioinformatika pertama kali dikenalkan pada pertengahan tahun 1980an. [1] Pada waktu itu, bionformatika dideskripsikan sebagai aplikasi ilmu informasi dan teknologi pada ilmu sains. [1] Dalam arti yang lebih sempit, bioinformatika didefinisikan sebagai aplikasi teknologi informasi untuk mengelola data biologis. [1] Bioinformatika pada perkembangannya dianggap sebagai ilmu yang sangat berkembang. [1] Banyak penelitian dilakukan pada bidang bioinformatika. [1] Informasi-informasi biologis yang telah ditemukan dapat diolah dengan ilmu bioinformatika secara praktis. [1] Bioinformatika, singkatnya, dapat menjadi alat yang membantu meningkatkan kualitas penelitian ke tahap yang lebih tinggi.
Sering berjalannya waktu, bioinformatika digunakan dalam berbagai area multi-disiplin ilmu. [2] Komponen-komponen tersebut adalah genomik fungsional, struktur biomolekuler, analisis proteomik, metabolisme sel, biodiversitas, proses hulu teknik kimia, serta desain obat-obatan dan vaksin. [2] Bioinformatika mencakup pembuatan basis data, manajemen data, penyimpanan data, pencarian data, dan meletakkannya pada jaringan komunikasi secara global. [2] Dengan basis data yang dimiliki, bioinformatika dapat digunakan untuk persejajaran sekuens, melihat proses evolusi, melihat karakteristik genom, memprediksi struktur sekunder dan tersier dari sekuens yang dimiliki, ataupun menganalisis hasil ekspresi proteom dan gen. [3]
UGENE
UGENE adalah perangkat lunak yang tidak berbayar dan open-source untuk mengolah data dalam bioinformatika. [4] Perangkat lunak ini dapat digunakan pada sistem operasi Windows, Mac OS, ataupun Linux. [4] Perangkat lunak ini dapat diunduh pada laman ugene.unipro.ru. [4] Sampai Desember 2014, versi terbaru UGENE adalah Unipro UGENE 1.15. [4]
Aplikasi Penggunaan Persejajaran
Kasus Jack the Ripper
Virus HPV
Primer
Pada PCR, polimerisasi DNA hanya dapat dimulai jika terdapat primer. Primer berfungsi untuk mengawali proses polimerisasi untaian DNA. [5] Molekul primer dapat berupa molekul DNA, RNA, atau bahkan protein spesifik. [5] Biasanya, primer yang digunakan pada PCR adalah molekul DNA. [5] Sewaktu proses PCR, primer akan menempel pada urutan-urutan basa yang komplemen pada templat DNA. Pada akhir proses PCR akan terdapat sejumlah besar fragmen-fragmen pendek DNA hasil amplifikasi.[5] Apabila terdapat delesi untuk suatu lokasi templat, akan terjadi polimorfisme. [5] Dengan elektroforesis gel, akan terlihat pita yang terputus-putus apabila terdapat polimorfisme. [5]
Kesalahan Pada Primer
Karena sekuens yang diamplifikasi tidak diketahui, primer yang digunakan pun didesain sesuai dengan keinginan. [6] Penyusunan primer ini dilakukan untuk kemudian mendapatkan sekuens yang diharapkan dapat menjadi penanda (marker) dalam suatu percobaan. [6] Namun, tidak selamanya pembuatan primer acak ini dapat membuahkan hasil. [6] Terkadang, primer yang memiliki jangkauan primer reverse dan forward yang besar tidak dapat di-PCR karena fragmennya terlalu besar.[6] Hal ini terjadi karena PCR tidak dapat mengamplifikasi fragmen yang terlalu panjang. [6]
Karena pembuatan primer dilakukan secara acak, tidak semua primer dapat menempel pada fragmen DNA. [6] Terkadang, primer tidak dapat menempel pada fragmen DNA yang di-PCR sehingga tidak dihasilkan produk PCR. [6] Hal inilah yang dapat dijadikan acuan untuk membedakan DNA suatu sampel dengan sampel lainnya. [6] Setelah proses amplifikasi dengan PCR dilakukan, DNA di running pada gel agarosa untuk melihat sekuens yang terbentuk dari primer yang dirancang. [6]
Sampel
Teknik RAPD ini hanya membutuhkan sampel dalam jumlah sedikit. [7] Sampel-sampel yang sedikit ini dapat diambil dari rambut, bulu, sirip, ataupun sisik. [7] Dalam hal mencari kekerabatan, sekuens DNA yang divisualisasi dengan gel agarosa akan menunjukkan keberadaan fragmen-fragmen tertentu yang dapat dijadikan penanda. [7] Misalnya dalam suatu genus terdapat fragmen DNA yang sama dan dapat dijadikan penanda untuk melihat apakah dua atau lebih spesies berasal dari genus yang sama atau tidak. [7] Namun, dapat pula ditemukan fragmen lain yang menjadi fragmen yang hanya dimiliki oleh suatu spesies. [7]
Referensi
- ^ a b c d e f g (Inggris) Ramsden JJ (2009). Bioinformatics: An Introduction. Springer, London.
- ^ a b c (Inggris) Sadek HA (2004). Bioinformatics: Principles and Basic Internet Applications. Trafford, Victoria.
- ^ (Inggris) Zvelebil M, Baum JO (2008). Understanding Bioinformatics. Garland, New York.
- ^ a b c d (Inggris) Okonechnikov K, Golosova O, Fursov M, the UGENE team (2012). "Unipro UGENE: a unified bioinformatics toolkit". Bioinformatics. 28: 1166-1167. doi:10.1093/bioinformatics/bts091.
- ^ a b c d e f (Inggris) Joshsi J, Manandhar L, Shrestha P, Gupta R, Manadhar R, Shrestha S (2012). "Random amplification of polimorphic DNA analysis for genetic characterization of two breeds of dogs, German Shepherd and Japanese Spitz". Nepal J Sci Technol. 13 (2): 73-78.
- ^ a b c d e f g h i Kesalahan pengutipan: Tag
<ref>tidak sah; tidak ditemukan teks untuk ref bernamaDhruve et al - ^ a b c d e (Inggris) Dyke F van (2008). Conservation Biology: Foundations, Concepts, Applications. Springer Science + Business Media B V, Dordrecht.