Kantor Wilayah Kementerian Agama Provinsi Kepulauan Riau, Jalan Raya Senggarang Km. 14, Kelurahan Bukit Penarik II, Kota Tanjungpinang – Provinsi Kepulauan Riau. Provinsi Kepulauan Riau sendiri merupakan provinsi baru hasil pemekaran dari Provinsi Riau. Provinsi Kepulauan Riau terbentuk berdasarkan Undang-undang Nomor 25 tahun 2002 merupakan Provinsi ke-32 di Indonesia yang mencakup Kota Tanjungpinang, Kota Batam, Kabupaten Bintan, Kabupaten Karimun, Kabupaten Natuna, Kabupaten Lingga dan Kabupaten Kepulauan Anambas. Secara geografis Provinsi Kepulauan Riau berbatasan dengan negara tetangga yaitu Singapura, Malaysia, dan Vietnam. Provinsi Kepulauan Riau memiliki luas wilayah 251,810,71 km dengan 1350 pulau besar dan kecil, hingga tahun 2010 Provinsi Kepulauan Riau telah menunjukkan kemajuan dalam penyelenggaraan kegiatan pemerintahan, pembangunan, dan kemasyarakatan.
Ibukota Provinsi Kepulauan Riau berkedudukan di Kota Tanjungpinang dengan menempati perkantoran bekas Kabupaten Kepulauan Riau. Provinsi ini terletak pada jalur lalu lintas transportasi laut dan udara yang strategis dan terpadat pada tingkat internasional, serta pada bibir pasar dunia yang memiliki peluang pasar. Akulturasi budaya asing rentan terjadi, sehingga menjadi tugas dan tantangan tersendiri bagi Kantor Wilayah Kementerian Agama Provinsi Kepulauan Riau untuk menjaga moral masyarakat dan kerukunan antar umat beragama di tanah melayu ini.
Kantor Wilayah Kementerian Agama Provinsi Kepulauan Riau dahulunya bernama Kantor Wilayah Departemen Agama Provinsi Kepulauan Riau pembentukannya berdasarkan Peraturan Menteri Agama (PMA) Nomor. 7 tahun 2005 tanggal 04 April 2005. Kantor Wilayah Kementerian Agama Provinsi Kepulauan Riau berdasarkan PMA tersebut termasuk dalam tipologi III D. Keputusan Menteri Agama No. B.II/2/1351/2005 tanggal 01 Desember 2005 menunjuk Drs. H. Razali NIP : 150221799 dengan pangkat Pembina (IVa) sebagai Pemegang Jabatan Sementara (Pjs) Kepala Kantor Wilayah Kementerian Agama Provinsi Kepulauan Riau yang selanjutnya pada tanggal 07 Desember 2005, dikukuhkan oleh Gubernur Provinsi Kepulauan Riau. Perkembangan selanjutnya selaras dengan surat Sekretaris Jenderal Kementerian Agama RI Nomor : 51/B.IV/OT.00/604/2005 tanggal 05 April 2005 ayat (1) agar Kepala Kantor Wilayah melakukan koordinasi dengan Biro Kepegawaian tentang pengisian personalia bagi setiap satuan kerja tersebut, maka berdasarkan surat Kepala Kanwil Kementerian Agama Provinsi Kepulauan Riau Nomor : KW.31.1/2/KP.076/015/Rhs/2005 Tanggal 24 Desember 2005, telah ditetapkan keputusan Menteri Agama RI No. 150 B.II/2/1455/2005 tanggal 28 Desember 2005 tentang pengangkatan Pejabat Eselon III dan IV di lingkungan Kantor Wilayah Kementerian Agama Provinsi Kepulauan Riau.
Pada tanggal 17 Januari 2006 secara resmi Pejabat Eselon III dan IV di lingkungan Kantor Wilayah Kementerian Agama Provinsi Kepulauan Riau sebanyak 22 orang telah dilantik oleh Sekretaris Jenderal Kementerian Agama Republik Indonesia. Disaksikan oleh Gubernur Provinsi Kepulauan Riau (diwakili oleh Asisten I), Kapolda Kepri, Gubernur Provinsi Kepulauan Riau, Ka Kawil Kementerian Agama Provinsi Riau, Ketua Otorita Batam (diwakili oleh Biro Humas), Walikota Batam, Tokoh Masyarakat, Pemuka Agama dari majelis-majelis agama serta keluarga besar Kementerian Agama dari Kanwil Kementerian Agama Provinsi Kepulauan Riau dan Kepala Kementerian Agama Kabupaten/Kota se Provinsi Kepulauan Riau.
Sejak pelantikan tersebut, pembinaan umat beragama di Provinsi Kepulauan Riau dan tugas serta fungsi Kantor Wilayah Kementerian Agama Provinsi Kepulauan Riau telah dapat dilaksanakan sesuai dengan ketentuan dan peraturan yang berlaku. Berpusat di kantor sementara dengan alamat: Gedung Pusat Informasi Haji (PIH) Lt. 2 Jl. Engku Putri Batam Centre, Batam. Terhitung sejak tanggal 11 April 2006 Kantor Wilayah Kementerian Agama Provinsi Kepulauan Riau secara resmi pindah ke Ibu Kota Provinsi Kepulauan Riau di Kota Tanjungpinang dengan alamat Jalan MT. Haryono Km. 3,5 Tanjungpinang. Kepala Kantor Wilayah Kementerian Agama Provinsi Kepulauan Riau secara resmi dilantik menjadi kepala kantor definitif pada tanggal 11 Mei 2006 berdasarkan Surat Keputusan Menteri Agama Republik Indonesia Nomor : B.II/2/0385/2006 tanggal 03 April 2006. Sejak Tahun 2008 hingga sekarang, Kantor Wilayah Kementerian Agama Provinsi Kepulauan Riau telah menempati gedung perkantoran baru di Jalan Senggarang km 14 Kota Tanjungpinang, Provinsi Kepulauan Riau