Biokimia: Perbedaan antara revisi

Konten dihapus Konten ditambahkan
RianHS (bicara | kontrib)
→‎Protein: Merapikan
RianHS (bicara | kontrib)
→‎Protein: Merapikan, adopsi dari en:Biochemistry
Baris 65:
Meskipun secara umum bersifat nonpolar, mayoritas lipid juga memiliki beberapa sifat [[Polaritas (kimia)|polar]]. Sebagian besar strukturnya bersifat nonpolar atau [[hidrofobik]] ("takut air"), sedangkan bagian lain dari strukturnya bersifat polar atau [[hidrofilik]] ("suka air"). Hal ini menjadikan lipid sebagai molekul [[amfifilik]] (memiliki bagian hidrofobik dan hidrofilik). Pada [[kolesterol]], gugus polarnya hanyalah –OH (hidroksil atau alkohol). Pada fosfolipid, gugus polarnya jauh lebih besar dan lebih polar.
 
Lipid merupakan bagian integral dari makanan sehari-hari. Sebagian besar [[minyak]] dan [[produk susu]] yang digunakan untuk memasak dan makan seperti [[mentega]], [[keju]], [[Minyakminyak samin|ghee]], dan semacamnya terdiri dari [[lemak]]. [[Minyak nabati]] kaya akan berbagai [[asam lemak tak jenuh ganda]] (PUFA). Makanan yang mengandung lipid menjalani pencernaan di dalam tubuh dan dipecah menjadi asam lemak dan gliserol, yang merupakan produk degradasi akhir dari lemak dan lipid. Lipid, terutama [[fosfolipid]], juga digunakan dalam berbagai [[Obat|produk farmasi]], baik sebagai pelarut bersama (misalnya dalam infus parenteral) atau sebagai komponen [[pembawa obat]] (misalnya, dalam [[liposom]] atau [[Transfersome|transferomtransfersom]]).
 
=== Protein ===
Baris 71:
{{See also|Asam amino}}
[[Berkas:AminoAcidball.svg|jmpl|100px|kanan|Struktur umum dari asam α-amino, dengan grup [[amino]] di sebelah kiri dan grup [[karboksil]] di sebelah kanan.]]
[[Protein]] merupakan molekul yang sangat besar (biopolimer makro) yang tersusun dari monomer yang disebut ''asam amino''. Ada 20 [[Asam amino proteinogenik|asam amino standar]], yang masing-masing terdiri dari atom karbon alfa yang berikatan dengan empat gugus, yaitu [[Amina|gugus amino]] (-NH<sub>2</sub>), [[Asam alkanoat|gugus asam karboksilat]] (-COOH; meskipun gugus ini juga ada sebagai -NH<sub>3</sub><sup>+</sup> dan -COO <sup>-</sup> dalam kondisi fisiologis), atom hidrogen sederhana, dan [[Substituen|rantai samping]] (biasanya dilambangkan sebagai "-R"). Gugus "R" inilah yang menjadikan setiap asam amino berbeda, dan sifat rantai samping akan sangat memengaruhi bentuk tiga dimensi suatu protein. Beberapa asam amino memiliki fungsi sendiri-sendiri, misalnya [[glutamat]] berfungsi sebagai [[neurotransmiter]]. Sejumlah asam amino dapat digabungkan oleh [[ikatan peptida]] melalui sintesis dehidrasi. Dalam proses ini, molekul air akan dilepaskan dan ikatan peptida menghubungkan nitrogen dari satu gugus amino pada suatu asam amino ke karbon dari gugus asam karboksilat pada asam amino lainnya. Molekul yang dihasilkan disebut ''[[dipeptida]]. R''angkaian pendek asam amino (biasanya kurang dari tiga puluh) disebut ''peptida'' atau polipeptida. Rangkaian yang lebih panjang disebut ''protein''. Sebagai contoh, protein [[Albumin serum manusia|albumin]] pada [[Plasma darah|plasma]] darah terdiri dari 585 residu asam amino.<ref name="Metzler 2001">[[Biochemistry#Metzler|Metzler]] (2001), p. 58.</ref>[[Berkas:Amino acids 1.png|jmpl|ka|350px|Asam amino: (1) dalam bentuk netral, (2) dalam bentuk fisiologis, dan (3) dalam bentuk gabungan bersama sebagai dipeptida.|kiri]]
Protein memiliki peran struktural dan/atau fungsional. Contohnya, pergerakan dari protein [[aktin]] dan [[miosin]] sangat berperan dalam kontraksi otot rangka. Satu sifat yang dimiliki banyak protein adalah bahwa mereka mengikat molekul atau kelompok molekul tertentu secara khusus dan mungkin sangat selektif. [[Antibodi]] adalah contoh protein yang hanya dapat mengikat satu tipe molekul saja. Salah satu jenis protein yang paling penting adalah [[enzim]]. Molekul enzim hanya dapat mengenali satu jenis molekul reaktan saja, yang disebut sebagai ''[[substrat]]''. Enzim akan [[Katalisis enzim|mengkatalis]] reaksi sehingga [[energi aktivasi]] akan menurun dan kecepatan reaksi dapat berlangsung hingga 10<sup>11</sup> kali lebih cepat atau lebih. Sebuah reaksi mungkin akan memakan waktu 3.000 tahun untuk betul-betul selesai, tetapi dengan enzim reaksinya mungkin menjadi kurang dari satu detik. Enzim sendiri tidak digunakan dalam proses reaksinya sehingga akan langsung mengkatalis substrat lainnya.[[Berkas:1GZX Haemoglobin.png|jmpl|ka|150px|Skema dari [[hemoglobin]]. Pita warna merah dan biru adalah protein [[globin]]; sedangkan struktur hijau adalah grup [[heme]].]]
 
Struktur dari protein bisa dijelaskan melalui empat tingkatan. [[Struktur protein|Struktur primer]] dari protein terdiri dari rangkaian linearlinier asam amino, misalnya, "alanin-glisin-triptofan-serin-glutamat-asparagin-glisin-lisin-…". [[Struktur protein|Struktur sekunder]] lebih kepadaberkaitan dengan morfologi lokal (morfologi adalah studi tentang struktur). Beberapa kombinasi dari asam amino akan cenderung membentuk gulungan yang disebut dengan [[alphaPilinan helixalfa|pilinan alfa (''α-helix'')]] atau menjadi lembaran yang disebut dengan [[BetaLembaran sheetbeta|lembaran beta (''β-sheet'')]]. [[Struktur protein|Struktur tersier]] adalahmerupakan bentuk 3tiga dimensi protein tersebut secara keseluruhakeseluruhan. Bentuk ini akan ditentukan oleh urutan asam amino. Jika ada satu perubahan saja maka akan mengubah, keseluruhan struktur dapat berubah. RantaiSebagai contoh, rantai alfa pada [[hemoglobin]] terdiri dari 146 residu asam amino,; jika residu [[glutamat]] di posisi ke-6 digantikan dengan [[valin]], maka akan mengubah sifat hemoglobin tersebut,akan berubah dan mengakibatkan penyakit [[anemia sel sabit]]. Terakhir, [[Struktur protein|struktur kuartener]] lebihberkaitan memfokuskan padadengan struktur dari protein dengan beberapa subunit peptida. Contohnya, misalnya hemoglobin dengan keempat subunitnya. Tidak semua protein memiliki lebih dari satu subunit.<ref>[[Berkas:1GZX Haemoglobin.pngBiochemistry#Fromm|jmpl|ka|150px|SkemaFromm dariand [[hemoglobinHargrove]]. Pita(2012), warna merah dan biru adalah proteinpp. 35–51.</ref>
[[globin]]; sedangkanBerkas:Protein_structure_examples.png|pra=https://wiki-indonesia.club/wiki/Berkas:Protein_structure_examples.png|pus|jmpl|987x987px|Contoh struktur hijauprotein adalah grupdari [[hemeProtein Data Bank]].]]
Protein yang masuk ke dalam tubuh akan dipecah menjadi asam amino atau dipeptida di dalam [[usus halus]], baru kemudian bisa diserap oleh tubuh. Nantinya, asam amino ini dapat bergabung kembali untuk membentuk protein yang baru. Produk antara dari glikolisis, siklus asam sitrat, dan [[jalur fosfat pentosa]] dapat digunakan untuk membentuk kedua puluh macam asam amino. Manusia dan mamalia lainnya hanya dapat mensintesa separuh dari ke-20 macam amino tersebut. Tubuh manusia tidak dapat mensintesa [[isoleusin]], [[leusin]], [[lisin]], [[metionin]], [[fenilalanin]], [[treonin]], [[triptofan]], dan [[valin]]. Asam amino ini merupakan [[asam amino esensial]], karena penting bagi tubuh. Mamalia dapat mensintesa asam amino non esensial, yaitu [[alanin]], [[asparagin]], [[aspartat]], [[sistein]], [[glutamat]], [[glutamin]], [[glisin]], [[prolin]], [[serin]], dan [[tirosin]]. [[Arginin]] dan [[histidin]] juga dapat disintesa mamalia, tetapi hanya dapat diproduksi dalam jumlah terbatas, sehingga terkadang juga disebut sebagai asam amino esensial.
 
Jika gugus amino dilepaskan dari sebuah asam amino, maka akan menyisakan [[asam keto]]-α. Enzim [[transaminase]] akan mudah memindahkan gugus amino yang lepas ini ke asam keto-α lainnya. Hal ini penting di dalam biosintesis dari asam amino, seperti dalam banyak jalur, zat antara dari jalur biokimia lainnya akan diubah menjadi asam keto-α, lalu sebuah gugus amino ditambahkan lewat [[transaminasi]]. Maka, asam amino dapat digabung-gabungkan untuk membentuk protein.