Laut di sekeliling Dejima diurukdireklamasi pada tahun [[1940]] sewaktu renovasi pelabuhan Nagasaki, sehingga Dejima sudah menjadi satu dengan kota Nagasaki. Di wilayah sekitar Dejima dipasang marka pembatas, agar wisatawan masih bisa merasakan Dejima sebagai sebuah pulau.
Pemerintah kota Nagasaki memiliki anggaran 17 miliar [[yen]] untuk merekonstruksi Dejima. Pekerjaan rekonstruksi dimulai sejak tahun sejak [[1196]]. Tahap I berupa renovasi 5 bangunan termasuk kediaman wakil kepala kantor perdagangan VOC selesai tahun [[2000]]. Dalam tahap II yang selesai [[1 April]] [[2006]] berhasil diselesaikan jalur perairan untuk keluar masuk kapal Belanda, sejumlah 5 bangunan termasuk rumah Kapitan (rumah ''Opperhoofd'', kepala kantor perdagangan), dan kantor pejabat pengawas sekaligus wakil perdagangan pihak Jepang, danserta gudang gula dan minuman keras.
Bila proyek rekonstruksi selesai, di sekeliling Dejimaparit akan digali paritdi sekeliling Dejima, dan bentuk asal Dejima yang seperti kipas lipat akan dikembalikan seperti semula.
