Ia menyelesaikan pendidikan sarjananya di Jurusan [[Teknik sipil|Teknik Sipil]], [[Fakultas Teknik Universitas Gadjah Mada|Fakultas Teknik]], [[UniversitasDaerah GadjahIstimewa Mada]], [[Yogyakarta|Yogyakarta]] pada tahun [[1969]] dan pasca sarjananya di Land and Water Development, [[UNESCO-IHE|IHE-Delft]], [[Belanda]] pada tahun [[1977]].<ref name=":0">{{Cite web|title=Pejabat Kabinet - Situs Web Kepustakaan Presiden-Presiden Republik Indonesia|url=https://kepustakaan-presiden.perpusnas.go.id/cabinet_personnel/?box=detail&id=564&from_box=list&hlm=1&search_ruas=&search_keyword=&activation_status=&presiden_id=6&presiden=sby|website=kepustakaan-presiden.perpusnas.go.id|access-date=2021-09-25}}</ref>
Pada tahun [[2005]], Djoko dianugerahi gelar [[Doktor]] [[Honoris Causa]] (HC) dalam Ilmu Teknik Bidang Pembangunan Wilayah dan Kota oleh [[Universitas Diponegoro]], dan pada tahun 2014 dianugerahi Doktor Honoris Causa (DRDr. (H.C)) di bidang [[Sumber daya air|Sumber Daya Air]] dan Lingkungan oleh [[Universitas Gadjah Mada|Universitas Gajah Mada]] (UGM), [[Daerah Istimewa Yogyakarta|Yogyakarta]].<ref>{{Cite web|last=Marwati|first=|date=25 March 2014|title=Djoko Kirmanto Terima Gelar Doctor Honoris Causa dari UGM|url=https://ugm.ac.id/id/berita/8810-djoko-kirmanto-terima-gelar-doctor-honoris-causa-dari-ugm|website=|publisher=|access-date=25 September 2021}}</ref>
