Docking (molekuler): Perbedaan antara revisi
Konten dihapus Konten ditambahkan
k Bot: Mengganti kategori yang dialihkan Biologi molekular menjadi Biologi molekuler |
Fitur saranan suntingan: 3 pranala ditambahkan. Tag: VisualEditor Suntingan perangkat seluler Suntingan peramban seluler Suntingan seluler lanjutan Tugas pengguna baru Disarankan: tambahkan pranala |
||
Baris 1:
[[Berkas:Dokingan.jpg|jmpl|Interaksi idinavir dan protease HIV]]
Dalam ilmu [[biologi molekuler]] dan [[bioinformatika]], '''''docking''''' merupakan salah satu metode yang dapat memprediksi interaksi antar molekul, dapat berupa protein termasuk enzim, DNA, [[karbohidrat]], lemak terhadap [[substrat]], tetapi lebih banyak yang mengeksplorasi terhadap enzim.<ref name="Lengauer">{{en}} Lengauer T, Rarey M. 1996. Computational methods for biomolecular docking. ''Curr Opin Struct Biol 6(3): 402-406. </ref> Hasil yang diharapkan adalah dapat memprediksi interaksi yang stabil dan bersifat spontan, dapat dilihat melalui derajat [[energi bebas]] yang semakin negatif.<ref name="Feig">{{en}} Feig M, Onufriev A, Lee MS, Im W, Case DA, Brooks CL. 2004. Performance comparison of generalized born and Poisson methods in the calculation of electrostatic solvation energies for protein structures. ''J Computat Chem'' 25(2): 265–284.</ref>
Saat ini ''docking'' sudah digunakan dalam mendesain obat-obatan maupun [[antiviral]], dan digunakan sebagai tahap seleksi awal dari banyak substrat sehingga pada saat percobaan pada laboratorium basah akan semakin mudah karena jumlah sampel uji semakin sedikit, walaupun dapat terjadi ketidaksesuaian antara hasil bioinformatika dengan laboratorium basah (''false positive'' atau ''false negative'').<ref name="Kitchen">{{en}} Kitchen DB, Decornez H, Furr JR, Bajorath J 2004. Docking and scoring in virtual screening for drug discovery: methods and applications. ''Nat rev Drug disc'' 3(11): 935–949.</ref>
Baris 14:
== Aplikasi ==
Salah satu aplikasi yang telah ada yaitu penemuan antiviral baru seperti [[saquinavir]].<ref name="Madigan">{{en}} Madigan M ''et al''. 2012. ''Brock Biology of Microorganisms". New York: Pearson. </ref> Saquinavir dapat digunakan untuk menghambat kerja enzim [[protease]] [[HIV]].<ref name="Madigan"/> Protease HIV digunakan oleh virus HIV dalam proses pematangannya.<ref name="Madigan"/> Ketika komponen-komponen virus yang belum begitu jadi harus dicacah dahulu sehingga menjadi komponen-komponen yang siap dirakit.<ref name="Madigan"/>
Antiviral yang sedang diteliti tidak hanya menghambat enzim ini saja, tetapi melalui bioinformatika bisa mengeksplorasi penghambatan infeksi virus ini ditempat lainnya seperti mencegah virus ini dapat penetrasi, dan sebagainya.<ref name="Madigan"/>
| |||