Genomika: Perbedaan antara revisi
Konten dihapus Konten ditambahkan
k interwiki, stub |
Rescuing 1 sources and tagging 0 as dead.) #IABot (v2.0.9.5 |
||
| (41 revisi perantara oleh 27 pengguna tidak ditampilkan) | |||
Baris 1:
{{genetika}}
'''Genomika''' adalah ilmu yang mempelajari tentang bahan [[Genetika|genetik]] dari suatu [[organisme]] atau [[virus]]. Termasuk yang dikaji adalah struktur, organisasi serta fungsinya. Objek kajiannya adalah [[DNA]] secara keseluruhan (DNA nuklear/inti, [[cpDNA]], dan [[mtDNA]]) maupun sebagian ("[[gen]]"). [[RNA]] sebagai bahan genetik atau DNA yang dibuat berdasarkan RNA ([[cDNA]]) juga menjadi objek kajian genomika.▼
'''Genomika''' adalah cabang [[biologi]] yang mempelajari [[genom]] dari suatu [[organisme]] atau [[virus]]. Genomika dapat dikatakan sebagai cabang genetika apabila dilihat secara historik, meskipun dalam genomika digunakan banyak metode yang berasal dari cabang biologi lain, seperti [[bioinformatika]] dan [[biologi molekuler]]. Genomika tidak mungkin berdiri sebagai cabang ilmu tanpa bantuan bioinformatika karena objek kajiannya sangat besar (urutan basa nitrogen) dan memerlukan manajemen data yang rumit.
▲
[[Kategori:Genetika molekular]]▼
== SEJARAH ==
=== Etimologi ===
Dari bahasa Yunani <ref>{{Cite book|url=http://openlitreview.com/index.php/Genetic_engineering|title=Intermediate Greek-English Lexicon γίγνομαι|last=Liddell|first=Henry George|last2=Scott|first2=Robert|date=1889|publisher=Clarendon Press|isbn=978-1-61427-397-4|location=Oxford|name-list-format=vanc|access-date=2015-05-13|archive-url=https://web.archive.org/web/20180620231907/http://openlitreview.com/index.php/Genetic_engineering|archive-date=2018-06-20|url-status=dead}}</ref> ''gen'', "gen" (gamma, epsilon, nu, epsilon) yang berarti "menjadi, membuat, menciptakan, melahirkan", dan varian-varian berikutnya: genealogi, genesis, genetika, genik, genomere, genotipe, genus dll. Sementara kata ''genom'' (dari ''Genom'' [[Bahasa Jerman|Jerman]], dikaitkan dengan [[Hans Winkler]]) digunakan dalam [[bahasa Inggris]] pada awal 1926,<ref name="oxford"><cite class="citation encyclopaedia">[http://www.oed.com/view/Entry/7761 "Genome, n"] {{Webarchive|url=https://web.archive.org/web/20230731072258/https://www.oed.com/dictionary/animalish_adj |date=2023-07-31 }}. ''Oxford English Dictionary'' (Third ed.). Oxford University Press. 2008<span class="reference-accessdate">. Retrieved <span class="nowrap">2012-12-01</span></span>.</cite><span style="font-size:0.95em; font-size:90%; color:#555">(subscription required)</span></ref> istilah ''genomika'' diciptakan oleh Tom Roderick, seorang [[ahli genetika]] di [[Laboratorium Jackson]] ([[Bar Harbor, Maine]]), sambil minum bir di sebuah pertemuan yang diadakan di [[Maryland]] tentang pemetaan genom manusia pada tahun 1986.<ref name="Yadav_2007"><cite class="citation journal">Yadav SP (December 2007). [//www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC2392988 "The wholeness in suffix -omics, -omes, and the word om"]. ''Journal of Biomolecular Techniques''. '''18''' (5): 277. [[PubMed Central|PMC]] <span class="cs1-lock-free" title="Freely accessible">[//www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC2392988 2392988]</span>. [[PubMed Identifier|PMID]] [//www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/18166670 18166670].</cite></ref>
[[lt:Genomika]]▼
=== Upaya pengurutan awal ===
{{Multiple image|Caption 1=Frederick Sanger|Caption 2=Walter Gilbert|Image 1=[[Berkas:Frederick Sanger2.jpg|300px]]|Image 2=[[Berkas:WalterGilbert2.jpg|300px]]}}Menyusul konfirmasi [[Rosalind Franklin]] tentang struktur heliks DNA, [[James Dewey Watson|James D. Watson]] dan [[Francis Crick]] mempublikasikan struktur DNA pada tahun 1953 dan publikasi [[Frederick Sanger|Fred Sanger]] tentang sekuens insulin [[Asam amino|asam Amino]] pada tahun 1955, pengurutan asam nukleat menjadi target utama [[Biologi molekular|ahli biologi molekuler]] awal.<ref name="Ankeny_2003"><cite class="citation journal">Ankeny RA (June 2003). "Sequencing the genome from nematode to human: changing methods, changing science". ''Endeavour''. '''27''' (2): 87–92. [[Digital object identifier|doi]]:[[doi:10.1016/S0160-9327(03)00061-9|10.1016/S0160-9327(03)00061-9]]. [[PubMed Identifier|PMID]] [//www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/12798815 12798815].</cite></ref> Pada tahun 1964, [[Robert William Holley|Robert W. Holley]] dan rekannya mempublikasikan urutan asam nukleat pertama yang pernah ditentukan, urutan [[Asam ribonukleat|ribonukleotida]] dari [[Transfer RNA|RNA transfer]] [[Alanina|alanin]].<ref name="Holley_1965a"><cite class="citation journal">Holley RW, Everett GA, Madison JT, Zamir A (May 1965). [http://www.jbc.org/content/240/5/2122.full.pdf "Nucleotide sequences in the yeast alanine transfer ribonucleic acid"] {{Webarchive|url=https://web.archive.org/web/20190423035531/http://www.jbc.org/content/240/5/2122.full.pdf |date=2019-04-23 }} <span class="cs1-format">(PDF)</span>. ''The Journal of Biological Chemistry''. '''240''' (5): 2122–8. [[PubMed Identifier|PMID]] [//www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/14299636 14299636].</cite></ref><ref name="Holley_1965b"><cite class="citation journal">Holley RW, Apgar J, Everett GA, Madison JT, Marquisee M, Merrill SH, Penswick JR, Zamir A (March 1965). "Structure of a ribonucleic acid". ''Science''. '''147''' (3664): 1462–5. [[Bibcode]]:[https://ui.adsabs.harvard.edu/abs/1965Sci...147.1462H 1965Sci...147.1462H] {{Webarchive|url=https://web.archive.org/web/20190508082627/https://ui.adsabs.harvard.edu/abs/1965Sci...147.1462H |date=2019-05-08 }}. [[Digital object identifier|doi]]:[[doi:10.1126/science.147.3664.1462|10.1126/science.147.3664.1462]]. [[PubMed Identifier|PMID]] [//www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/14263761 14263761].</cite></ref> Memperluas karya ini, [[Marshall Nirenberg]] dan [[Philip Leder]] mengungkapkan sifat triplet dari [[Kodon|kode genetik]] dan mampu menentukan urutan 54 dari 64 [[kodon]] dalam percobaan mereka.<ref name="Nuremberg_1965"><cite class="citation journal">Nirenberg M, Leder P, Bernfield M, Brimacombe R, Trupin J, Rottman F, O'Neal C (May 1965). [//www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC301388 "RNA codewords and protein synthesis, VII. On the general nature of the RNA code"]. ''Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America''. '''53''' (5): 1161–8. [[Bibcode]]:[https://ui.adsabs.harvard.edu/abs/1965PNAS...53.1161N 1965PNAS...53.1161N] {{Webarchive|url=https://web.archive.org/web/20190903120439/https://ui.adsabs.harvard.edu/abs/1965PNAS...53.1161N |date=2019-09-03 }}. [[Digital object identifier|doi]]:[[doi:10.1073/pnas.53.5.1161|10.1073/pnas.53.5.1161]]. [[PubMed Central|PMC]] <span class="cs1-lock-free" title="Freely accessible">[//www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC301388 301388]</span>. [[PubMed Identifier|PMID]] [//www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/5330357 5330357].</cite></ref> Pada tahun 1972, [[Walter Fiers]] dan timnya di Laboratorium Biologi Molekuler [[Universitas Ghent]] ([[Gent|Ghent]], [[Belgia]]) adalah yang pertama untuk menentukan urutan gen: gen untuk protein mantel [[Bacteriophage MS2|Bakteriofag MS2]].<ref name="Min_1972"><cite class="citation journal">Min Jou W, Haegeman G, Ysebaert M, Fiers W (May 1972). "Nucleotide sequence of the gene coding for the bacteriophage MS2 coat protein". ''Nature''. '''237''' (5350): 82–8. [[Bibcode]]:[https://ui.adsabs.harvard.edu/abs/1972Natur.237...82J 1972Natur.237...82J] {{Webarchive|url=https://web.archive.org/web/20190906162808/https://ui.adsabs.harvard.edu/abs/1972Natur.237...82J |date=2019-09-06 }}. [[Digital object identifier|doi]]:[[doi:10.1038/237082a0|10.1038/237082a0]]. [[PubMed Identifier|PMID]] [//www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/4555447 4555447].</cite></ref> Kelompok Fiers memperluas kerja mengenai protein mantel MS2 mereka, menentukan urutan nukleotida lengkap bakteriofag MS2-RNA (yang genomnya mengkodekan hanya empat gen dalam 3569 [[pasangan basa]] [bp]) dan [[SV40|virus Simian 40]] masing-masing pada tahun 1976 dan 1978, secara berurutan.<ref name="Fiers_1976"><cite class="citation journal">Fiers W, Contreras R, Duerinck F, Haegeman G, Iserentant D, Merregaert J, et al. (April 1976). "Complete nucleotide sequence of bacteriophage MS2 RNA: primary and secondary structure of the replicase gene". ''Nature''. '''260''' (5551): 500–7. [[Bibcode]]:[https://ui.adsabs.harvard.edu/abs/1976Natur.260..500F 1976Natur.260..500F] {{Webarchive|url=https://web.archive.org/web/20190611123933/https://ui.adsabs.harvard.edu/abs/1976Natur.260..500F |date=2019-06-11 }}. [[Digital object identifier|doi]]:[[doi:10.1038/260500a0|10.1038/260500a0]]. [[PubMed Identifier|PMID]] [//www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/1264203 1264203].</cite></ref><ref name="Fiers_1978"><cite class="citation journal">Fiers W, Contreras R, Haegemann G, Rogiers R, Van de Voorde A, Van Heuverswyn H, Van Herreweghe J, Volckaert G, Ysebaert M (May 1978). "Complete nucleotide sequence of SV40 DNA". ''Nature''. '''273''' (5658): 113–20. [[Bibcode]]:[https://ui.adsabs.harvard.edu/abs/1978Natur.273..113F 1978Natur.273..113F] {{Webarchive|url=https://web.archive.org/web/20190903120453/https://ui.adsabs.harvard.edu/abs/1978Natur.273..113F |date=2019-09-03 }}. [[Digital object identifier|doi]]:[[doi:10.1038/273113a0|10.1038/273113a0]]. [[PubMed Identifier|PMID]] [//www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/205802 205802].</cite></ref>
=== Teknologi pengurutan DNA dikembangkan ===
Selain pekerjaan pada urutan asam amino insulin, [[Frederick Sanger]] dan rekan-rekannya memainkan peran kunci dalam pengembangan teknik pengurutan DNA yang memungkinkan pembentukan proyek pengurutan genom yang komprehensif.<ref name="Pevsner_2009"><cite class="citation book">Pevsner J (2009). <span class="cs1-lock-registration" title="Free registration required">[[iarchive:bioinformaticsfu00pevs 0|''Bioinformatics and functional genomics'']]</span> (2nd ed.). Hoboken, NJ: Wiley-Blackwell. [[International Standard Book Number|ISBN]] [[Istimewa:BookSources/978-0-470-08585-1|<bdi>978-0-470-08585-1</bdi>]].</cite></ref> Pada tahun 1975, ia dan Alan Coulson menerbitkan prosedur pengurutan menggunakan DNA polimerase dengan nukleotida radiolabelled yang ia sebut ''teknik Plus dan Minus''.<ref name="Tamarin_2004"><cite class="citation book">Tamarin RH (2004). ''Principles of genetics'' (7 ed.). London: McGraw Hill. [[International Standard Book Number|ISBN]] [[Istimewa:BookSources/978-0-07-124320-9|<bdi>978-0-07-124320-9</bdi>]].</cite></ref><ref name="Sanger_1980"><cite class="citation web">Sanger F (1980). [http://nobelprize.org/nobel_prizes/chemistry/laureates/1980/sanger-lecture.pdf "Nobel lecture: Determination of nucleotide sequences in DNA"] {{Webarchive|url=https://web.archive.org/web/20131207234635/http://www.nobelprize.org/nobel_prizes/chemistry/laureates/1980/sanger-lecture.pdf |date=2013-12-07 }} <span class="cs1-format">(PDF)</span>. Nobelprize.org<span class="reference-accessdate">. Retrieved <span class="nowrap">2010-10-18</span></span>.</cite></ref> Ini melibatkan dua metode terkait erat yang menghasilkan oligonukleotida pendek dengan termini 3' yang telah ditentukan. Ini dapat difraksinasi dengan [[elektroforesis]] pada gel [[poliakrilamida]] (disebut elektroforesis gel poliakrilamida) dan divisualisasikan menggunakan autoradiografi. Prosedur ini dapat mengurutkan hingga 80 nukleotida dalam sekali jalan dan merupakan perbaikan besar, tetapi masih sangat melelahkan. Namun demikian, pada tahun 1977 kelompoknya mampu mengurutkan sebagian besar 5.386 nukleotida dari [[bakteriofag]] untai tunggal [[Phi X 174|17X174]], menyelesaikan genom berbasis DNA yang sepenuhnya diurutkan.<ref name="Sanger_1977"><cite class="citation journal">Sanger F, Air GM, Barrell BG, Brown NL, Coulson AR, Fiddes CA, Hutchison CA, Slocombe PM, Smith M (February 1977). "Nucleotide sequence of bacteriophage phi X174 DNA". ''Nature''. '''265''' (5596): 687–95. [[Bibcode]]:[https://ui.adsabs.harvard.edu/abs/1977Natur.265..687S 1977Natur.265..687S] {{Webarchive|url=https://web.archive.org/web/20200304093643/https://ui.adsabs.harvard.edu/abs/1977Natur.265..687S |date=2020-03-04 }}. [[Digital object identifier|doi]]:[[doi:10.1038/265687a0|10.1038/265687a0]]. [[PubMed Identifier|PMID]] [//www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/870828 870828].</cite></ref> Penyempurnaan metode ''Plus dan Minus'' menghasilkan penghentian rantai, atau [[metode Sanger]], yang membentuk dasar teknik pengurutan DNA, pemetaan genom, penyimpanan data, dan analisis bioinformatika yang paling banyak digunakan pada penelitian 25 tahun setelahnya.<ref name="Kaiser_2003">Kaiser O, Bartels D, Bekel T, Goesmann A, Kespohl S, Pühler A, Meyer F (December 2003). [https://penyakittubuh.com/pdf/Whole_genome_shotgun_sequencing_guided_by_bioinfor.pdf "Whole genome shotgun sequencing guided by bioinformatics pipelines--an optimized approach for an established technique"] {{Webarchive|url=https://web.archive.org/web/20211027181845/https://penyakittubuh.com/pdf/Whole_genome_shotgun_sequencing_guided_by_bioinfor.pdf |date=2021-10-27 }} (PDF). Journal of Biotechnology. 106 (2-3): 121-33.
[[Digital object identifier|doi]]:[[doi:10.1016/j.jbiotec.2003.08.008|10.1016/j.jbiotec.2003.08.008]]. [[PubMed Identifier|PMID]] [https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/14651855 14651855] {{Webarchive|url=https://web.archive.org/web/20161021004020/https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/14651855 |date=2016-10-21 }}.</ref><ref name="Sanger_1977a"><cite class="citation journal">Sanger F, Nicklen S, Coulson AR (December 1977). [//www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC431765 "DNA sequencing with chain-terminating inhibitors"]. ''Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America''. '''74''' (12): 5463–7. [[Bibcode]]:[https://ui.adsabs.harvard.edu/abs/1977PNAS...74.5463S 1977PNAS...74.5463S] {{Webarchive|url=https://web.archive.org/web/20190903113905/https://ui.adsabs.harvard.edu/abs/1977PNAS...74.5463S |date=2019-09-03 }}. [[Digital object identifier|doi]]:[[doi:10.1073/pnas.74.12.5463|10.1073/pnas.74.12.5463]]. [[PubMed Central|PMC]] <span class="cs1-lock-free" title="Freely accessible">[//www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC431765 431765]</span>. [[PubMed Identifier|PMID]] [//www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/271968 271968].</cite></ref> Pada tahun yang sama [[Walter Gilbert]] dan [[Allan Maxam]] dari [[Universitas Harvard]] secara independen mengembangkan metode [[Urutan Maxam-Gilbert|Maxam-Gilbert]] (juga dikenal sebagai ''metode kimia'') dari pengurutan DNA, yang melibatkan pembelahan preferensial DNA pada basis yang diketahui, metode yang kurang efisien.<ref name="Gilbert_1977"><cite class="citation journal">Maxam AM, Gilbert W (February 1977). [//www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC392330 "A new method for sequencing DNA"]. ''Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America''. '''74''' (2): 560–4. [[Bibcode]]:[https://ui.adsabs.harvard.edu/abs/1977PNAS...74..560M 1977PNAS...74..560M] {{Webarchive|url=https://web.archive.org/web/20190610011823/https://ui.adsabs.harvard.edu/abs/1977PNAS...74..560M |date=2019-06-10 }}. [[Digital object identifier|doi]]:[[doi:10.1073/pnas.74.2.560|10.1073/pnas.74.2.560]]. [[PubMed Central|PMC]] <span class="cs1-lock-free" title="Freely accessible">[//www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC392330 392330]</span>. [[PubMed Identifier|PMID]] [//www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/265521 265521].</cite></ref><ref name="Darden_20102"><cite class="citation book">Darden L, James Tabery (2010). [http://plato.stanford.edu/archives/fall2010/entries/molecular-biology/ "Molecular Biology"] {{Webarchive|url=https://web.archive.org/web/20200522000823/https://plato.stanford.edu/archives/fall2010/entries/molecular-biology/ |date=2020-05-22 }}. In Zalta EN (ed.). ''The Stanford Encyclopedia of Philosophy'' (Fall 2010 ed.).</cite></ref> Untuk pekerjaan inovatif mereka dalam pengurutan asam nukleat, Gilbert dan Sanger berbagi setengah dari [[Penghargaan Nobel|Hadiah Nobel]] 1980 dalam bidang kimia dengan [[Paul Berg]] ([[DNA rekombinan]]).
=== Genom lengkap ===
[[Berkas:Number of prokaryotic genomes and sequencing costs.svg|jmpl|Jumlah proyek genom telah meningkat karena perbaikan teknologi terus mengurangi biaya pengurutan. '''(A)''' Pertumbuhan eksponensial dari database urutan genom sejak 1995. '''(B)''' Biaya dalam Dolar AS (USD) untuk mengurutkan satu juta basa. '''(C)''' Biaya dalam USD untuk mengurutkan genom 3.000 Mb (ukuran manusia) pada skala log-tertransformasi.]]
Munculnya teknologi ini menghasilkan intensifikasi cepat dalam ruang lingkup dan kecepatan penyelesaian [[Proyek genom|proyek pengurutan genom]]. Urutan genom lengkap pertama dari [[Organel|organel eukariotik]], [[mitokondria]] manusia (16.568 bp, sekitar 16,6 kb [kilobasa]), dilaporkan pada tahun 1981,<ref name="Anderson_1981"><cite class="citation journal">Anderson S, Bankier AT, Barrell BG, de Bruijn MH, Coulson AR, Drouin J, et al. (April 1981). "Sequence and organization of the human mitochondrial genome". ''Nature''. '''290''' (5806): 457–65. [[Bibcode]]:[https://ui.adsabs.harvard.edu/abs/1981Natur.290..457A 1981Natur.290..457A] {{Webarchive|url=https://web.archive.org/web/20190519104449/https://ui.adsabs.harvard.edu/abs/1981Natur.290..457A |date=2019-05-19 }}. [[Digital object identifier|doi]]:[[doi:10.1038/290457a0|10.1038/290457a0]]. [[PubMed Identifier|PMID]] [//www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/7219534 7219534].</cite><span style="font-size:0.95em; font-size:90%; color:#555">(subscription required)</span></ref> dan genom [[kloroplas]] pertama diikuti pada tahun 1986.<ref name="Shinozaki_1986"><cite class="citation journal">Shinozaki K, Ohme M, Tanaka M, Wakasugi T, Hayashida N, Matsubayashi T, et al. (September 1986). [//www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC1167080 "The complete nucleotide sequence of the tobacco chloroplast genome: its gene organization and expression"]. ''The EMBO Journal''. '''5''' (9): 2043–2049. [[Digital object identifier|doi]]:[[doi:10.1002/j.1460-2075.1986.tb04464.x|10.1002/j.1460-2075.1986.tb04464.x]]. [[PubMed Central|PMC]] <span class="cs1-lock-free" title="Freely accessible">[//www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC1167080 1167080]</span>. [[PubMed Identifier|PMID]] [//www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/16453699 16453699].</cite></ref><ref name="Ohyama_1986"><cite class="citation journal">Ohyama K, Fukuzawa H, Kohchi T, Shirai H, Sano T, Sano S, et al. (1986). "Chloroplast gene organization deduced from complete sequence of liverwort Marchantia polymorpha chloroplast DNA". ''Nature''. '''322''' (6079): 572–574. [[Bibcode]]:[https://ui.adsabs.harvard.edu/abs/1986Natur.322..572O 1986Natur.322..572O] {{Webarchive|url=https://web.archive.org/web/20190903151029/https://ui.adsabs.harvard.edu/abs/1986Natur.322..572O |date=2019-09-03 }}. [[Digital object identifier|doi]]:[[doi:10.1038/322572a0|10.1038/322572a0]].</cite></ref> Pada tahun 1992, [[kromosom]] eukariotik pertama, kromosom III ragi bir ''[[Saccharomyces cerevisiae]]'' (315 kb) diurutkan.<ref name="Oliver_1992"><cite class="citation journal">[[Stephen Oliver (scientist)|Oliver SG]], van der Aart QJ, Agostoni-Carbone ML, Aigle M, Alberghina L, Alexandraki D, Antoine G, Anwar R, Ballesta JP, Benit P (May 1992). "The complete DNA sequence of yeast chromosome III". ''Nature''. '''357''' (6373): 38–46. [[Bibcode]]:[https://ui.adsabs.harvard.edu/abs/1992Natur.357...38O 1992Natur.357...38O] {{Webarchive|url=https://web.archive.org/web/20200522000818/https://ui.adsabs.harvard.edu/abs/1992Natur.357...38O |date=2020-05-22 }}. [[Digital object identifier|doi]]:[[doi:10.1038/357038a0|10.1038/357038a0]]. [[PubMed Identifier|PMID]] [//www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/1574125 1574125].</cite></ref> Organisme hidup bebas pertama yang diurutkan adalah ''[[Haemophilus influenzae]]'' (1,8 Mb [megabasa]) pada tahun 1995.<ref name="Fleischmann_1995"><cite class="citation journal">Fleischmann RD, Adams MD, White O, Clayton RA, Kirkness EF, Kerlavage AR, et al. (July 1995). "Whole-genome random sequencing and assembly of Haemophilus influenzae Rd". ''Science''. '''269''' (5223): 496–512. [[Bibcode]]:[https://ui.adsabs.harvard.edu/abs/1995Sci...269..496F 1995Sci...269..496F] {{Webarchive|url=https://web.archive.org/web/20190609191929/https://ui.adsabs.harvard.edu/abs/1995Sci...269..496F |date=2019-06-09 }}. [[Digital object identifier|doi]]:[[doi:10.1126/science.7542800|10.1126/science.7542800]]. [[PubMed Identifier|PMID]] [//www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/7542800 7542800].</cite></ref> Tahun berikutnya konsorsium peneliti dari laboratorium di seluruh [[Amerika Utara]], [[Eropa]], dan [[Jepang]] mengumumkan penyelesaian urutan genom lengkap lengkap dari eukariota, ''[[Saccharomyces cerevisiae|S. cerevisiae]]'' (12,1 Mb), dan sejak itu genom terus diurutkan dengan pertumbuhan yang eksponensial.<ref name="Goffeau_1996"><cite class="citation journal">Goffeau A, Barrell BG, Bussey H, Davis RW, Dujon B, Feldmann H, Galibert F, Hoheisel JD, Jacq C, Johnston M, Louis EJ, Mewes HW, Murakami Y, Philippsen P, Tettelin H, Oliver SG (October 1996). "Life with 6000 genes". ''Science''. '''274''' (5287): 546, 563–7. [[Bibcode]]:[https://ui.adsabs.harvard.edu/abs/1996Sci...274..546G 1996Sci...274..546G] {{Webarchive|url=https://web.archive.org/web/20200122203217/https://ui.adsabs.harvard.edu/abs/1996Sci...274..546G |date=2020-01-22 }}. [[Digital object identifier|doi]]:[[doi:10.1126/science.274.5287.546|10.1126/science.274.5287.546]]. [[PubMed Identifier|PMID]] [//www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/8849441 8849441].</cite><span style="font-size:0.95em; font-size:90%; color:#555">(subscription required)</span></ref> {{As of|2011|October}}, urutan basa lengkap tersedia untuk: 2.719 [[virus]], 1.115 [[Arkea|archaea]] dan [[bakteri]], dan 36 [[eukariota]], di mana sekitar setengahnya merupakan [[Fungi|jamur]].<ref name="Viruses_2011"><cite class="citation web">[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/GenomesGroup.cgi?taxid=10239 "Complete genomes: Viruses"] {{Webarchive|url=https://web.archive.org/web/20211006070713/https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/GenomesGroup.cgi?taxid=10239 |date=2021-10-06 }}. ''NCBI''. 17 November 2011<span class="reference-accessdate">. Retrieved <span class="nowrap">2011-11-18</span></span>.</cite></ref><ref name="Entrez_2011"><cite class="citation web">[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/static/gpstat.html "Genome Project Statistics"] {{Webarchive|url=https://web.archive.org/web/20180409161437/https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/static/gpstat.html |date=2018-04-09 }}. ''Entrez Genome Project''. 7 October 2011<span class="reference-accessdate">. Retrieved <span class="nowrap">2011-11-18</span></span>.</cite></ref>
Sebagian besar mikroorganisme yang genomnya telah diurutkan sepenuhnya adalah [[Patogen|patogen yang]] bermasalah, seperti ''[[Haemophilus influenzae]]'', yang telah mengakibatkan bias yang jelas dalam distribusi filogenetik mereka dibandingkan dengan luasnya keanekaragaman mikrob.<ref name="Zimmer_2009a"><cite class="citation news">Zimmer C (29 December 2009). [https://www.nytimes.com/2009/12/29/science/29microbes.html "Scientists Start a Genomic Catalog of Earth's Abundant Microbes"] {{Webarchive|url=https://web.archive.org/web/20171012145948/http://www.nytimes.com/2009/12/29/science/29microbes.html |date=2017-10-12 }}. ''The New York Times''. [[International Standard Serial Number|ISSN]] [//www.worldcat.org/issn/0362-4331 0362-4331]<span class="reference-accessdate">. Retrieved <span class="nowrap">2012-12-21</span></span>.</cite></ref><ref name="Geba_2009"><cite class="citation journal">Wu D, Hugenholtz P, Mavromatis K, Pukall R, Dalin E, Ivanova NN, et al. (December 2009). [//www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3073058 "A phylogeny-driven genomic encyclopaedia of Bacteria and Archaea"]. ''Nature''. '''462''' (7276): 1056–60. [[Bibcode]]:[https://ui.adsabs.harvard.edu/abs/2009Natur.462.1056W 2009Natur.462.1056W] {{Webarchive|url=https://web.archive.org/web/20200522000816/https://ui.adsabs.harvard.edu/abs/2009Natur.462.1056W |date=2020-05-22 }}. [[Digital object identifier|doi]]:[[doi:10.1038/nature08656|10.1038/nature08656]]. [[PubMed Central|PMC]] <span class="cs1-lock-free" title="Freely accessible">[//www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3073058 3073058]</span>. [[PubMed Identifier|PMID]] [//www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/20033048 20033048].</cite></ref> Dari spesies yang telah diurutkan, sebagian besar dipilih karena mereka adalah organisme model yang dipelajari dengan baik atau potensial untuk menjadi model yang baik. Ragi (''[[Saccharomyces cerevisiae]]'') telah lama menjadi [[Organisme model|model organisme]] penting bagi [[Eukariota|sel eukariotik]], sedangkan lalat buah ''[[Drosophila melanogaster]]'' telah menjadi alat yang sangat penting (terutama pada [[genetika]] pra-molekul awal). Cacing ''[[Caenorhabditis elegans]]'' adalah model sederhana yang sering digunakan untuk [[organisme multiseluler]]. ''[[Brachydanio rerio|Zachrafis Brachydanio rerio]]'' digunakan untuk banyak studi perkembangan pada tingkat molekuler, dan tanaman ''[[Arabidopsis thaliana]]'' adalah model organisme untuk tanaman berbunga. Ikan [[Ikan buntal Jepang|buntal Jepang]] (''[[Rubif Takifugu|Takifugu rubripes]]'') dan [[ikan buntal hijau berbintik]]-[[Ikan buntal hijau berbintik|bintik]] (''[[Tetraodon nigroviridis]]'') menarik karena genomnya yang kecil dan padat, yang mengandung sangat sedikit [[DNA bukan kode|DNA nonkode]] dibandingkan dengan kebanyakan spesies.<ref name="BBC_2004"><cite class="citation news">[http://news.bbc.co.uk/2/hi/science/nature/3760766.stm "Human gene number slashed"] {{Webarchive|url=https://web.archive.org/web/20090328211213/http://news.bbc.co.uk/1/hi/sci/tech/3760766.stm |date=2009-03-28 }}. ''BBC''. 20 October 2004<span class="reference-accessdate">. Retrieved <span class="nowrap">2012-12-21</span></span>.</cite></ref><ref name="Yue_2001"><cite class="citation journal">Yue GH, Lo LC, Zhu ZY, Lin G, Feng F (April 2006). "The complete nucleotide sequence of the mitochondrial genome of Tetraodon nigroviridis". ''DNA Sequence''. '''17''' (2): 115–21. [[Digital object identifier|doi]]:[[doi:10.1080/10425170600700378|10.1080/10425170600700378]]. [[PubMed Identifier|PMID]] [//www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/17076253 17076253].</cite></ref> Anjing (''[[Anjing|Canis familiaris]]''),<ref name="nhgriDog2004"><cite class="citation web">[[National Human Genome Research Institute]] (14 July 2004). [http://www.genome.gov/12511476 "Dog Genome Assembled: Canine Genome Now Available to Research Community Worldwide"] {{Webarchive|url=https://web.archive.org/web/20171224213623/https://www.genome.gov/12511476/ |date=2017-12-24 }}. ''Genome.gov''<span class="reference-accessdate">. Retrieved <span class="nowrap">2012-01-20</span></span>.</cite></ref> tikus coklat (''[[Tikus got|Rattus norvegicus]])'', tikus (''[[Mencit|Mus musculus]]''), dan simpanse (''[[Geser troglodytes|Pan troglodytes]]'') adalah semua hewan model penting dalam penelitian medis.<ref name="Darden_20102"/>
Draf kasar [[genom manusia]] diselesaikan oleh [[Proyek Genom Manusia]] pada awal 2001, menciptakan banyak keriuhan.<ref name="McElheny_2010"><cite class="citation book">McElheny V (2010). ''Drawing the map of life : inside the Human Genome Project''. New York NY: Basic Books. [[International Standard Book Number|ISBN]] [[Istimewa:BookSources/978-0-465-04333-0|<bdi>978-0-465-04333-0</bdi>]].</cite></ref> Proyek ini, selesai pada tahun 2003, mengurutkan seluruh genom untuk satu orang tertentu, dan pada 2007 urutan ini dinyatakan "selesai" (kurang dari satu kesalahan dalam 20.000 basis dan semua kromosom terkumpul).<ref name="McElheny_2010" /> Pada tahun-tahun sejak saat itu, genom dari banyak individu lain telah diurutkan, sebagian di bawah naungan [[Proyek 1000 Genom]], yang mengumumkan pengurutan 1.092 genom pada Oktober 2012.<ref name="1000genomes2012"><cite class="citation journal">Abecasis GR, Auton A, Brooks LD, DePristo MA, Durbin RM, Handsaker RE, Kang HM, Marth GT, McVean GA (November 2012). [//www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3498066 "An integrated map of genetic variation from 1,092 human genomes"]. ''Nature''. '''491''' (7422): 56–65. [[Bibcode]]:[https://ui.adsabs.harvard.edu/abs/2012Natur.491...56T 2012Natur.491...56T] {{Webarchive|url=https://web.archive.org/web/20190903143318/https://ui.adsabs.harvard.edu/abs/2012Natur.491...56T |date=2019-09-03 }}. [[Digital object identifier|doi]]:[[doi:10.1038/nature11632|10.1038/nature11632]]. [[PubMed Central|PMC]] <span class="cs1-lock-free" title="Freely accessible">[//www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3498066 3498066]</span>. [[PubMed Identifier|PMID]] [//www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/23128226 23128226].</cite></ref> Penyelesaian proyek ini dimungkinkan oleh pengembangan teknologi pengurutan yang jauh lebih efisien dan membutuhkan komitmen sumber daya [[bioinformatika]] yang signifikan dari kolaborasi internasional besar.<ref name="Neilsen_2012"><cite class="citation journal">Nielsen R (October 2010). "Genomics: In search of rare human variants". ''Nature''. '''467''' (7319): 1050–1. [[Bibcode]]:[https://ui.adsabs.harvard.edu/abs/2010Natur.467.1050N 2010Natur.467.1050N] {{Webarchive|url=https://web.archive.org/web/20200519053547/https://ui.adsabs.harvard.edu/abs/2010Natur.467.1050N |date=2020-05-19 }}. [[Digital object identifier|doi]]:[[doi:10.1038/4671050a|10.1038/4671050a]]. [[PubMed Identifier|PMID]] [//www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/20981085 20981085].</cite></ref> Analisis lanjutan data genom manusia memiliki dampak politik dan sosial yang mendalam bagi masyarakat manusia.<ref name="Barnes_20082"><cite class="citation book">Barnes B, Dupré J (2008). ''Genomes and what to make of them''. Chicago: University of Chicago Press. [[International Standard Book Number|ISBN]] [[Istimewa:BookSources/978-0-226-17295-8|<bdi>978-0-226-17295-8</bdi>]].</cite></ref>
=== Revolusi "omika" ===
[[Berkas:The central dogma of biology showing the flow of information from DNA to the phenotype. Associated with each stage is the corresponding systems biology tool from genomics to genomics to metabolomics.png|jmpl|Alur umum menunjukkan hubungan genomika, [[transkriptomika]], [[proteomika]], dan [[metabolomika]] ([[Lipidome|lipidom]]).]]
'''"Omika"''' yaitu [[neologisme]] dari bahasa Inggris yang secara informal merujuk pada bidang studi biologi yang diakhiri dengan ''-omika'', seperti genomika, [[Proteomika|proteomik]]<nowiki/>a, atau [[metabolomika]]. Akhiran terkait '''-om''' digunakan untuk mengatasi objek studi bidang tersebut, seperti masing-masing [[genom]], [[proteom]] atau [[metabolom]] . Akhiran ''-om'' seperti yang digunakan dalam biologi molekuler mengacu pada ''totalitas'' terhadap sesuatu, sedangkan '''-omika''' merujuk secara umum pada studi kumpulan data biologis yang besar dan komprehensif. Sementara pertumbuhan dalam penggunaan istilah ini telah menyebabkan beberapa ilmuwan ([[Jonathan A. Eisen|Jonathan Eisen]]<ref name="Eisen_2012"><cite class="citation journal">Eisen JA (July 2012). [//www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3617454 "Badomics words and the power and peril of the ome-meme"]. ''GigaScience''. '''1''' (1): 6. [[Digital object identifier|doi]]:[[doi:10.1186/2047-217X-1-6|10.1186/2047-217X-1-6]]. [[PubMed Central|PMC]] <span class="cs1-lock-free" title="Freely accessible">[//www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3617454 3617454]</span>. [[PubMed Identifier|PMID]] [//www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/23587201 23587201].</cite></ref>) mengklaim bahwa istilah tersebut telah digunakan secara berlebih,<ref name="wsj_2012"><cite class="citation news">Hotz RL (13 August 2012). [https://www.wsj.com/articles/SB10000872396390444840104577551433143153716 "Here"s an Omical Tale: Scientists Discover Spreading Suffix"] {{Webarchive|url=https://web.archive.org/web/20190906205059/https://www.wsj.com/articles/SB10000872396390444840104577551433143153716 |date=2019-09-06 }}. ''Wall Street Journal''. [[International Standard Serial Number|ISSN]] [//www.worldcat.org/issn/0099-9660 0099-9660]<span class="reference-accessdate">. Retrieved <span class="nowrap">2013-01-04</span></span>.</cite></ref> itu mencerminkan perubahan dalam orientasi menuju analisis kuantitatif lengkap atau hampir lengkap bermacam-macam semua konstituen dari suatu sistem.<ref name="scudellari2011">{{Cite news|last=Scudellari|first=Megan|title=Data Deluge|work=The Scientist|access-date=2013-01-04|date=1 October 2011|url=http://www.the-scientist.com/?articles.view/articleNo/31212/title/Data-Deluge/|archive-date=2013-04-19|archive-url=https://web.archive.org/web/20130419061331/http://www.the-scientist.com/?articles.view/articleNo/31212/title/Data-Deluge/|dead-url=no}}</ref> Dalam studi [[simbiosis]], misalnya, para peneliti yang dulunya terbatas pada studi produk gen tunggal sekarang dapat secara bersamaan membandingkan total komplemen dari beberapa jenis molekul biologis.<ref name="Chaston_2012"><cite class="citation journal">Chaston J, Douglas AE (August 2012). [//www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3491573 "Making the most of "omics" for symbiosis research"]. ''The Biological Bulletin''. '''223''' (1): 21–9. [[Digital object identifier|doi]]:[[doi:10.1086/BBLv223n1p21|10.1086/BBLv223n1p21]]. [[PubMed Central|PMC]] <span class="cs1-lock-free" title="Freely accessible">[//www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3491573 3491573]</span>. [[PubMed Identifier|PMID]] [//www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/22983030 22983030].</cite></ref><ref name="McCutcheon_2011"><cite class="citation journal">McCutcheon JP, von Dohlen CD (August 2011). [//www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3169327 "An interdependent metabolic patchwork in the nested symbiosis of mealybugs"]. ''Current Biology''. '''21''' (16): 1366–72. [[Digital object identifier|doi]]:[[doi:10.1016/j.cub.2011.06.051|10.1016/j.cub.2011.06.051]]. [[PubMed Central|PMC]] <span class="cs1-lock-free" title="Freely accessible">[//www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3169327 3169327]</span>. [[PubMed Identifier|PMID]] [//www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/21835622 21835622].</cite></ref>
== Aplikasi genomika ==
Genomika telah menyediakan aplikasi di banyak bidang, termasuk [[kedokteran]], [[bioteknologi]], [[antropologi]], dan [[ilmu sosial]] lainnya.<ref name="Barnes_20082"/>
=== Genomika medis ===
Teknologi genomika generasi selanjutnya memungkinkan dokter dan peneliti biomedis untuk secara drastis meningkatkan jumlah data genom yang dikumpulkan pada populasi penelitian yang besar.<ref name="Feero_2011"><cite class="citation journal">Hudson KL (September 2011). "Genomics, health care, and society". ''The New England Journal of Medicine''. '''365''' (11): 1033–41. [[Digital object identifier|doi]]:[[doi:10.1056/NEJMra1010517|10.1056/NEJMra1010517]]. [[PubMed Identifier|PMID]] [//www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/21916641 21916641].</cite></ref> Ketika dikombinasikan dengan pendekatan informatika baru yang mengintegrasikan banyak jenis data dengan data genom dalam penelitian penyakit, ini memungkinkan para peneliti untuk lebih memahami dasar genetik dari respon obat dan penyakit.<ref name="Feero_2011a"><cite class="citation journal">O'Donnell CJ, Nabel EG (December 2011). "Genomics of cardiovascular disease". ''The New England Journal of Medicine''. '''365''' (22): 2098–109. [[Digital object identifier|doi]]:[[doi:10.1056/NEJMra1105239|10.1056/NEJMra1105239]]. [[PubMed Identifier|PMID]] [//www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/22129254 22129254].</cite></ref><ref name="Lu_2014"><cite class="citation journal">Lu YF, Goldstein DB, Angrist M, Cavalleri G (July 2014). [//www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4143101 "Personalized medicine and human genetic diversity"]. ''Cold Spring Harbor Perspectives in Medicine''. '''4''' (9): a008581. [[Digital object identifier|doi]]:[[doi:10.1101/cshperspect.a008581|10.1101/cshperspect.a008581]]. [[PubMed Central|PMC]] <span class="cs1-lock-free" title="Freely accessible">[//www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4143101 4143101]</span>. [[PubMed Identifier|PMID]] [//www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/25059740 25059740].</cite></ref> Sebagai contoh, program penelitian ''All of Us'' bertujuan untuk mengumpulkan data urutan genom dari 1 juta peserta untuk menjadi komponen penting dari platform penelitian obat presisi.<ref>{{Cite web|title=NIH-funded genome centers to accelerate precision medicine discoveries|website=National Institutes of Health: All of Us Research Program|publisher=National Institutes of Health}}</ref>
=== Biologi sintesis dan bioteknologi ===
Pertumbuhan pengetahuan genomik telah memungkinkan aplikasi [[Biologi sintetis|biologi sintetik]] yang semakin canggih.<ref name="Church_2012"><cite class="citation book">Church GM, Regis E (2012). ''Regenesis : how synthetic biology will reinvent nature and ourselves''. New York: Basic Books. [[International Standard Book Number|ISBN]] [[Istimewa:BookSources/978-0-465-02175-8|<bdi>978-0-465-02175-8</bdi>]].</cite></ref> Pada 2010, para peneliti di [[Institut J. Craig Venter|J. Craig Venter Institute]] mengumumkan penciptaan spesies [[Bakteri|bakteri yang]] sebagian sintetis, ''[[laboratorium Mycoplasma]]'', yang berasal dari [[genom]] ''[[Mycoplasma genitalium]]''.<ref name="Baker_2011"><cite class="citation journal">Baker M (May 2011). "Synthetic genomes: The next step for the synthetic genome". ''Nature''. '''473''' (7347): 403, 405–8. [[Bibcode]]:[https://ui.adsabs.harvard.edu/abs/2011Natur.473..403B 2011Natur.473..403B] {{Webarchive|url=https://web.archive.org/web/20200522000817/https://ui.adsabs.harvard.edu/abs/2011Natur.473..403B |date=2020-05-22 }}. [[Digital object identifier|doi]]:[[doi:10.1038/473403a|10.1038/473403a]]. [[PubMed Identifier|PMID]] [//www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/21593873 21593873].</cite></ref>
=== Genomika konservasi ===
Konservasionis dapat menggunakan informasi yang dikumpulkan oleh pengurutan genom untuk mengevaluasi faktor genetik kunci untuk konservasi spesies, seperti [[Keanekaragaman genetika|keragaman genetik]] populasi atau apakah individu heterozigot untuk kelainan genetik bawaan yang resesif.<ref name="Frankham 2010">{{Cite journal|last=Frankham|first=Richard|date=1 September 2010|title=Challenges and opportunities of genetic approaches to biological conservation|url=https://archive.org/details/sim_biological-conservation_2010-09_143_9/page/1922|journal=Biological Conservation|volume=143|issue=9|pages=1922–1923|doi=10.1016/j.biocon.2010.05.011}}</ref> Dengan menggunakan data genom untuk mengevaluasi efek dari [[Evolusi|proses evolusi]] dan untuk mendeteksi pola dalam variasi di seluruh populasi tertentu, para pelestari lingkungan dapat merumuskan rencana untuk membantu spesies tertentu tanpa banyak variabel yang tidak diketahui seperti yang tidak dapat ditangani oleh [[Genetika konservasi|pendekatan genetik]] standar.<ref name="Allendorf 2010">{{Cite journal|date=October 2010|title=Genomics and the future of conservation genetics|journal=Nature Reviews. Genetics|volume=11|issue=10|pages=697–709|doi=10.1038/nrg2844|pmid=20847747|vauthors=Allendorf FW, Hohenlohe PA, Luikart G}}</ref>
== Lihat pula ==
* [[Transkriptomika]]
* [[Proteomika]]
* [[Metabolomika]]
* [[Daftar cabang biologi]]
== Referensi ==
{{reflist|30em}}
{{Biologi nav}}
▲[[Kategori:Genetika molekular]]
[[Kategori:Omika]]
| |||