Tetapi penyamaran Yamato terbongkar<ref>Naruto Shippuden chapter 290</ref> dan terjadilah pertarungan antara [[Kabuto Yakushi|Kabuto]] dan [[Orochimaru (Naruto)|Orochimaru]] melawan tim Yamato.<ref>Naruto Shippuden chapter 291</ref> Naruto yang dilanda amarah melepaskan kekuatan [[kyuubi]] hingga ekor 4. <ref>Naruto Shippuden chapter 292</ref><ref>Naruto Shippuden chapter 293</ref><ref>Naruto Shippuden chapter 294</ref>Kekuatannya yang dahsyat membuat Orochimaru yang sudah sembuh kewalahan. Akhirnya Orochimaru mundur bersama Kabuto dan Sai yang berkhianat. Naruto yang masih mengamuk akhirnya berhasil ditenangkan oleh Yamato menggunakan kekuatan pohon miliknya. Naruto yang sudah sadar dinasihati oleh Yamato agar jangan terlalu bergantung pada kekuatan Kyuubi.<ref>Naruto Shippuden chapter 299</ref> Mereka lalu meneruskan perjalanan dan menemukan buku harian Sai yang agak aneh.<ref>Naruto Shippuden chapter 300</ref> Setelah mereka sampai ke persembunyian Orochimaru, mereka dihadang oleh Kabuto. Tanpa diduga, Sai membantu tim Yamato karena tergugah dengan "ikatan" antara Naruto dan Sasuke.<ref>Naruto Shippuden chapter 303</ref> Mereka lalu mencari Sasuke. Naruto bersama sai malah bertemu dengan Orochimaru, dan Naruto menyuruh Sai (yang misi utamanya adalah membunuh Sasuke) untuk mencari Sasuke. Setelah bertemu Sasuke, Sasuke malah menyerang Sai dan mengatakan pada Naruto bahwa diantara mereka sudah tidak ada "ikatan".<ref>Naruto Shippuden chapter 308</ref> Orochimaru lalu menyuruh Sasuke dan Kabuto untuk menyingkir sementara waktu.<ref>Naruto Shippuden chapter 309</ref>
=== Konfrontasi Akatsuki ===
=== Konfrontasi Akatsuki === Setelah Naruto kembali dari persembunyian Orochimaru, dia menemui Kakashi di rumah sakit. Dia lalu diberi tahu bahwa dia bisa menjadi ninja yang amat kuat dengan metode latihan yang diberikan Kakashi.<ref>Naruto Shippuden chapter 311</ref> Dilain pihak, dua orang Akatsuki bernama [[Hidan]] dan [[Kakuzu]] menyerang kuil api desa Konoha dan menghabisi hampir semua pendeta disana. Naruto yang tidak tahu-menahu hal tersebut meneruskan latihannya. Pertama-tama dia harus bisa memotong daun menggunakan cakra miliknya. Setelah berhasil, dia lalu diberi ujian memotong air terjun yang dibuat oleh Yamato. Naruto lalu memasuki tahap akhir latihan, memasukkan ''cakra'' angin miliknya kedalam ''rasengan''. Awalnya dia kesulitan memasukkannya. Dia lalu menggunakan kagebunshin untuk membantunya memasukkan ''cakra'' miliknya. Setelah berhasil, dia lalu berangkat membantu tim Kakashi, Shikamaru, Chouji dan Ino menghadapi Hidan dan Kakuzu. Pertama-tama Naruto kesulitan mengenai musuhnya dengan ''rasenshuriken'', jurus barunya karena putarannya yang melemah sebelum sampai ke musuh.<ref>Naruto Shippuden chapter 340</ref> Setelah tubuh asli naruto ikut dalam jebakan,akhirnya dia berhasil mengenai Kakuzu dan membuatnya terkapar. Kakuzu akhirnya dihabisi oleh Kakashi. Kakashi mengatakan kalau Naruto benar-benar melampauinya dan penyebab tekadnya ialah keinginannya untuk menjadi lebih kuat dari [[Sasuke]] dan mengembalikannya ke Konoha.<ref>Naruto Shippuden chapter 341</ref> Setelah mengetahui tujuan Sasuke yang sebenarnya, Naruto bertekad untuk menemui Itachi, berharap bertemu kembali dengan Sasuke kembali. Naruto yang menjalankan misi mencari Sasuke dan mengembalikannya lagi, tanpa disangka, salah satu klon bayangan yang dilepaskan oleh Naruto berhasil menemukannya, tetapi segera dihancurkan oleh ''Chidori'' Sasuke. Naruto yang akhirnya menemukan teman lamanya, bergegas menuju kesana, tetapi dihadang oleh Tobi. Naruto segera menyerang Tobi dengan ''Rasengan'', tetapi yang diserang sepertinya tidak terpengaruh sama sekali.Setelah itu Tobi diberitahu bahwa Itachi telah mati ketika bertarung dengan Sasuke. ternyata Tobi adalah dalang dari Akatsuki. setelah Deidara mati oleh Sasuke, Tobi memerintahkan Pain. Pain dengan keenam tubuhnya berhasil menghancurkan desa [[Konoha]] demi mencari Naruto yang sedang berlatih teknik Sennin. Terjadilah kehebohan yang sangat besar di desa Konoha.
